Envoyer un échantillon/une souche au CNR des Mycoses invasives et antifongiques

La fiche de demande d’expertise doit être complétée pour tout envoi au CNRMA. Toute fiche incomplète entraînera la mise en attente du dossier jusqu’à l’obtention des renseignements manquants ou l’archivage définitif en l’absence de réponse dans un délai d’un mois. Les demandes particulières (recherche de champignon dans un prélèvement biologique, typage moléculaire, ...) et les demandes d’expertise en urgence doivent faire l’objet d’un accord préalable de l’un des responsables du CNR (mail à cnrma@pasteur.fr ou contact téléphonique).

CONDITIONS PRÉ-ANALYTIQUES

Le mélange de plusieurs espèces et les repiquages sur tube de transport retardant les analyses, il est recommandé de n’envoyer au CNRMA que des souches « pures » dont une identification, au moins partielle, a été obtenue et sous forme d’un repiquage récent sur gélose de Sabouraud par exemple (pas de tube de transport).

Si l’échantillon transmis ne respecte pas les conditions pré-analytiques citées ci-dessous, le CNR se réserve le droit de refuser la prestation et/ou demander un nouveau prélèvement.

*Le résultat définitif de caractérisation de la souche peut prendre plusieurs semaines, voire plusieurs mois. Le délai moyen est d'une dizaine de jours pour les espèces communes, en particulier celles de levures. Dans tous les autres cas, un rapport intermédiaire est envoyé dans les 10 jours qui suivent la réception de la souche.

Envoi d'une souche

• Les souches doivent être envoyées pures sur milieu de culture (en respectant la législation) et toujours accompagnées de la fiche de demande d’expertise. Un repiquage récent (et non une gélose de stockage) est souhaitable pour éviter les retards d’analyse liés aux délais de croissance à partir d’un tube de conservation.
• Si les souches sont envoyées pour participer à la surveillance des mycoses invasives, elles doivent être accompagnées de la fiche de surveillance (Déclaration des mycoses invasives ou Cryptococcose) en mentionnant clairement le site et la date d’isolement, ou de la fiche de demande d’expertise si la fiche épidémiologique n’est pas encore complétée

Envoi d'un échantillon biologique

Les échantillons (tissu, liquide biologique, bloc, lames) doivent être adressés accompagnés d'une fiche de demande d’expertise et leur envoi nécessite l'accord préalable de l'un des responsables.

Le diagnostic moléculaire des mycoses invasives peut être réalisé, après accord des responsables du CNRMA (contact téléphonique ou mail à cnrma@pasteur.fr), sur le site Saint-Louis. Les demandes et les échantillons doivent être adressés directement à l’Hôpital Saint Louis en prévenant par mail / téléphone de l'envoi.

Collecte d’informations sans matériel biologique
 

Nos missions de surveillance des mycoses invasives impliquent de collecter souches et renseignements épidémiologiques.

Les informations peuvent être complétées sur des fiches téléchargeables sur le site  (Déclaration des mycoses invasives ou Cryptococcose) ou directement en ligne sur le site sécurisé autorisé par la CNIL. Un mail à l'administrateur du serveur (dromer@pasteur.fr) permet d'obtenir les paramètres de connexion.

Législation

Tout transport de matériels biologiques potentiellement infectieux demeure sous l’entière responsabilité de l’expéditeur. Les modalités de transport des matières infectieuses sont fixées par l’arrêté français du 5 août 2009 modifiant l'arrêté du 29 mai 2009 relatif au transport des marchandises dangereuses par voies terrestres (dit « arrêté TMD »). Il est recommandé de suivre le Guide sur la sécurité du transport des matières infectieuses et des échantillons de diagnostic publié par l'OMS.

PRESTATION DE CONSEIL, SUGGESTION ET RÉCLAMATION

Contacter le CNR des Mycoses invasives et antifongiques cnrma@pasteur.fr ou le service de Coordination des centres de référence ccr@pasteur.fr.

MODALITÉS DE CONSERVATION ET RESTITUTION DES ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES TRAITÉS

Le CNR conserve toutes les souches envoyées dans le cadre de ses missions d'expertise et de surveillance. Les souches sont conservées selon la technique appropriée à l'espèce. Les correspondants peuvent demander un repiquage de la souche s'ils le souhaitent.

CONFIDENTIALITÉ ET PROTECTION DES INFORMATIONS

 Les fichiers informatisés du CNR sont déclarés à la Commission Informatique et Libertés (CNIL) : Loi n°78-17 du 06 janvier 1978.

CONDITIONS FINANCIÈRES

Les activités de service effectuées au CNRMA sont faites gratuitement à condition :

• Que les demandes soient accompagnées par la fiche de renseignements complétée
• Qu’elles concernent des patients (et non l'environnement ou une contamination industrielle)
• Qu’une pré-identification ait été entreprise

Les identifications de souches isolées de l’environnement sont considérées comme des expertises hors mission du CNRMA lorsqu'elles sont effectuées hors du cadre de l'investigation de cas groupés, et sont donc facturées.

​Voir aussi :
Organisation des Centres Nationaux de Référence,
Système du Management de la Qualité des Laboratoires de Référence et d’Expertise

Mis à jour le 15/06/2022