L'Institut Pasteur héberge 14 centres nationaux de référence (à Paris et à Lyon) et 4 CNR-laboratoires associés (en Guyane).
Nommés pour 5 ans par le ministère chargé de la Santé, ces laboratoires experts sont des observatoires des maladies transmissibles sur le territoire français. Ils interagissent étroitement avec la Cellule d'intervention biologique d'urgence de l'Institut Pasteur.
Un centre collaborateur de l'OMS (CCOMS) est une institution qui a été désignée par le directeur général de l’OMS pour faire partie d’un réseau international de laboratoires menant des activités collectives à l’appui du programme de l’OMS. Il peut s’agir d’un laboratoire de recherche ou de formation appartenant à une institution.
Ce centre collaborateur de l’OIE (Organisation mondiale de la santé animale) est abrité à l’Institut Pasteur. Il propose, élabore et compare de nouvelles méthodes et procédures d’analyses de laboratoire pour la détection et l’identification chez l’homme de pathogènes animaux émergents.
Le CRBIP (Centre de Ressources Biologiques de l'Institut Pasteur) conserve des collections de matériels biologiques et les informations qui leur sont associées.