Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Envoyer un échantillon/une souche au CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

  1. Escherichia coli, Shigella, Salmonella
  2. Envoyer un échantillon/une souche au CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Toute demande d’analyse sur souche et/ou prélèvement envoyée au CNR-ESS n’est prise en compte qu’en présence d’une des fiches de renseignements ci-dessous correctement remplie. 

LA FICHE DE RENSEIGNEMENTS ÉPIDÉMIOLOGIQUES

Il en existe quatre :

- deux pour l’envoi de souches E. coli, de prélèvements de selles pour la recherche des facteurs de pathogénicité des EHEC.


Fiche de renseignements E. coli intestinaux (EHEC/STEC)

Fiche de renseignement E. coli extra-intestinaux

ATTENTION : l’ensemble des prélèvements sont à adresser au CNR associé de l’hôpital Robert Debré et la sérologie E. coli anti-LPS n’est plus réalisée

Courrier d’information sur la réorganisation des activités du CNR et son Laboratoire Associé pour les activités Escherichia coli du 24 mars 2017

A cet effet, il est donc rappelé aux laboratoires de biologie médicale que l’envoi de souches pour confirmation du genre Escherichia , de souches de E. coli pour un simple sérotypage sans qu’il n’y ait un contexte clinique particulier ou de souches de E. coli appartenant à un autre pathovar que EHEC ou STEC ne peut être réalisé au CNR qu’après entente préalable (par téléphone ou e-mail avec le CNR associé de l’hôpital Robert Debré).

- une pour l’envoi de souches de Shigella 
Fiche de renseignements Shigella (PDF - 222 Ko)

à envoyer au CNR de l’Institut Pasteur avec la souche

- une pour l’envoi des souches de Salmonella
Fiche de renseignements Salmonella (PDF - 205 Ko)

à envoyer au CNR de l’Institut Pasteur avec la souche

Transmission de renseignements épidémiologiques sans envoi de souches (Shigella et Salmonella)
Les laboratoires collaborateurs souhaitant transmettre des informations épidémiologiques sur les souches qu’ils ont identifiées sont invités à les saisir directement en se connectant sur le site de fiche info Voozanoo Salmonella et Shigella accessible sur : https://epidemio.pasteur.fr/salm-shig/
Pour y avoir accès, il faut obtenir au préalable l’identifiant de son laboratoire ainsi que son mot de passe. Pour cela, vous avez dû recevoir un courrier vous spécifiant les codes d’accès si vous êtes habitués à nous transmettre les renseignements sans envoi de souches ou les obtenir en nous les demandant à salmonella@pasteur.fr ou colishig@pasteur.fr.
Vous pouvez toujours compléter les fiches de renseignements du CNR (indiquées ci-dessus) et nous les envoyer par voie postale dans un délai n’excédant pas 4 semaines. Ces informations peuvent être utilisées pour la détection des épidémies si elles sont reçues rapidement après l’isolement de la souche.

RECOMMANDATIONS POUR LE PRÉLÈVEMENT ET CONDITIONS PRÉ-ANALYTIQUES

(mise à jour : 12/01/2018)

Prélèvements biologiques et souches de E. coli

Les prélèvements biologiques et les souches pour le diagnostic des infections à E. coli doivent être envoyés au CNR associé de l’hôpital Robert Debré :

Destinataire:
Hôpital Robert-Debré
CNR associé Escherichia coli
Service de Microbiologie
48 Boulevard Sérurier
75019 Paris
France

Selon les modalités précisées sur son site  internet (à consulter impérativement)

http://cnr-escherichiacoli-robertdebre.aphp.fr/procedure-envoi-echantillon-cnr/

Les souches  de shigelles et de salmonelles doivent  être envoyées au CNR de l’Institut Pasteur.

Souches bactériennes

Concernant les souches de E. coli, de Shigella et de Salmonella, celles-ci doivent être envoyées en tubes de gélose de conservation ou cultivées en pente sur des géloses nutritives type TCS (Tryptone Caséine Soja) ou gélose nutritive ou tout autre milieu adapté à la croissance des entérobactéries, de préférence non sélectif. 
La mission principale du CNR est épidémiologique dans le cadre d’une action de santé publique. La vitesse de détection des épidémies est directement liée au délai de transmission au CNR. Les informations de pré-agglutinations effectuées par les laboratoires expéditeurs permettent au CNR d’anticiper, de rendre un résultat et d’alerter tout phénomène anormal plus rapidement.

Pour les salmonelles, le CNR conseille de posséder les anti-sérums suivants dans un but de détection des principaux sérotypes isolés en France et des sérotypes à déclaration obligatoire (Salmonella Typhi et Paratyphi A, B ou C) : 


- Sérums mélanges :

  • OMA : agglutine les groupes O:2 (anciennement groupe A), O:4 (anc. B), O:9 (anc. D)
  • OMB: agglutine les groupes O:6,7,8 (anc. C)
  • HG: agglutine les flagelles f, g, p, m, s et t
  • HMA : agglutine les flagelles a, b, d, i et z10
  • HMB : agglutine les flagelles e et h
  • HMC : agglutine les flagelles l, r, et v

- Sérums anti-O pour la détermination des groupes somatiques :

  • 1,2
  • 4,5
  • 6,7,8
  • 9

- Sérums anti-H pour la détermination des antigènes flagellaires de phase 1 :

  • H-a
  • H-b
  • H-d
  • H-i
  • H-m
  • H-p

- Sérum pour la détermination de la capsule :

  • Vi


Formules antigéniques des sérotypes mineurs les plus fréquemment associés aux salmonelloses en France et formules des sérotypes majeurs (d’après le schéma de White-Kaufmann-Le Minor)

Sérotypes mineurs
 

Groupe O:4

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

 

 

Phase 1

Phase 2

Typhimurium

4,[5],12

i

1,2

Variant monophasique de Typhimurium

4,[5],12

i

-

Derby

4,[5],12

f,g

[1,2]

 

Groupe O:9

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

 

 

Phase 1

Phase 2

Enteritidis

9,12

g,m

-

Dublin

9,12,[Vi]

g,p

-

Panama

9,12

l,v

1,5

 

Groupe O:7

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

Infantis

6,7

r

1,5

 

Groupe O:8

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

Kentucky

8,20

i

z6

Newport

6,8

e,h

1,2

Hadar

6,8

z10

e,n,x

 Sérotypes majeurs

 

Groupe O:2

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

Paratyphi A

2,12

a

[1,5]

 

Groupe O:4

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

Paratyphi B

4,[5],12

b

1,2

 

Groupe O:7

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

Paratyphi C

6,7,[Vi]

c

1,5

 

Groupe O:9

 

Antigènes somatiques O

Antigènes flagellaires H

Typhi

9,12,[Vi]

d

-

[] : les antigènes O ou H entre crochets peuvent être présents ou absents sans que le diagnostic de sérotype ne soit changé. Par exemple, la plupart des souches de Paratyphi A possèdent une seule phase flagellaire 1, H:a. Dans de rares cas des souches diphasiques avec une phase 2, H :1,5, ont été observées.
Remarques :
Les sérotypes Typhi et Paratyphi A peuvent être orientés biochimiquement par les automates de bactériologie du fait de caractéristiques biochimiques intrinsèques :
Sérotype Typhi: LDC+, ODC-, gaz-, H2S traces, Citrate de Simmons +
Sérotype Paratyphi A: LDC-, ODC+, gaz + , H2S-, Citrate de Simmons +
Autres sérotypes : LDC+, ODC+, gaz +, H2S++, Citrate de Simmons -
Les antiserums permettent ensuite de les confirmer.

Diagnostic des infections à E. coli entérohémorragiques (EHEC ou STEC)

Type d’échantillon

Milieu de transport

T°C de transport

Délai d’acheminement

Adresse d’envoi

Délai de rendu de résultat

Informations spécifiques (ex : conditions de transport)

Prélèvement de selles*

 

Pot stérile

+4°C

< 48 heures

CNR associé

Robert Debré

     6 jours

Envoi de matériel biologique

Souche de Escherichia coli

 

Tube de conservation gélosé (pas de milieu liquide)

 

Température ambiante

 

< une semaine

CNR associé

Robert Debré

 

6 jours

 

Envoi de matériel biologique

Sérum

 

La sérologie anti-LPS d’E. coli est désormais arrêté

Autres pathovars

 

 

 

 

 

 

Contacter le CNR

 

Identification des Shigella

Type d’échantillon

Milieu de transport

T°C de transport

Délai d’acheminement

adresse

Délai de rendu de résultat

Informations spécifiques (ex : conditions de transport)

Souche de Shigella

 

Tube de conservation gélosé (pas de milieu liquide ni boîte de Petri**)

 

Température ambiante

 

< une semaine

 

CNR de l’Institut Pasteur

 

6 jours

 

Envoi de matériel biologique

 

Sérotypage des Salmonella

Type d’échantillon

Milieu de transport

T°C de transport

Délai d’acheminement

adresse

Délai de rendu de résultat

Informations spécifiques (ex : conditions de transport)

Souche de Salmonella

 

Tube de conservation gélosé (pas de milieu liquide ni boîte de Petri**)

 

Température ambiante

 

< une semaine

 

CNR de l’Institut Pasteur

 

10 jours

 

Envoi de matériel biologique

*Les pots pour coprocultures et les tubes doivent être hermétiques fermés, étiquetés. L’étiquette doit comporter l’identité du patient.
**Ces deux supports pouvant être à l’origine de contaminations du personnel assurant le déballage des échantillons biologiques et ne permettent  pas toujours des conditions optimales de récupération des bactéries (dessiccation des boites de Pétri)

Cas des souches de Salmonella envoyées au CNR en doublon :


Au décours de gastro-entérite (GEI) à Salmonelles, une excrétion fécale prolongée est fréquemment observée malgré l’administration d’une antibiothérapie et/ou l’observation d’une guérison clinique du patient. Buchwald and Blaser[1] ont réalisé une revue de 32 études, incluant près de 3000 patients ayant présenté une salmonellose non-typhique, et ils ont estimé que la médiane d’excrétion était approximativement de 5 semaines. Une excrétion persistante était retrouvée pendant plus d’un an chez près d’1% des sujets.  A ces données s’ajoute une hypersensibilité de détection des souches de salmonelle dans une coproculture standard suite à l’utilisation de milieux d’enrichissement.


Ainsi, en dehors de toute persistance ou aggravation du tableau clinique, la coproculture de contrôle est à éviter, afin de limiter tout risque de prolongation inutile du traitement et/ou de l’hospitalisation.
Un portage chronique de Salmonella a également été observé suite à la formation de biofilm à la surface de calculs biliaires et/ou au niveau de l’épithélium de la vésicule biliaire de certains patients[2][3].
Au regard des données actuelles de la littérature, présentées ci-dessus, et afin de faire la distinction entre nouvelle infection, portage chronique, lié à un portage biliaire par exemple, ou simple excrétion post-GEI, le CNR a pris la décision d’étudier désormais exclusivement les souches isolées dans un délai supérieur à 2 mois . Toute demande de sérotypage concernant des souches isolées chez un même patient dans un délai inférieur à 2 mois, n’est plus prise en charge par le CNR.


Cas particulier : toutefois si vous isolez une souche présentant un phénotype de résistance différent, vous pouvez toujours nous transmettre votre demande motivée pour vérification du sérotypage et suivi de l’évolution des mécanismes de résistance.


[1] Buchwald DS, Blaser MJ. 1984. A review of human salmonellosis: II. Duration of excretion following infection with nontyphi Salmonella. Rev Infect Dis. May-Jun;6(3):345-56.
[2]W. Crawford RW et al. 2010. Gallstones play a significant role in Salmonella spp. gallbladder colonization and carriage. PNAS. 107(9):4353–4358.
[3]Gonzalez-Escobedo G., Gunn, J.S. 2013. Gallbladder epithelium as a niche for chronic Salmonella carriage. Infection and Immunity. 81 (8) :2920–2930

ENVOI DU MATÉRIEL BIOLOGIQUE

Les prélèvements (selles, écouvillonnages rectaux, ainsi que les souches bactériennes doivent être envoyées dans les meilleurs délais au CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella à l’adresse suivante :

  • Pour Shigella et Salmonella :


Centre National de Référence Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Institut Pasteur 25-28 rue du Docteur Roux

75724 Paris Cedex 15

France

Téléphone du secrétariat du CNR : 33 (0)1 45 68 83 39
Télécopie du CNR : 33 (0)1 45 68 88 37
Email: salmonella@pasteur.fr et colishig@pasteur.fr

  • Pour E. coli :

Hôpital Robert-Debré - CNR associé Escherichia coli - Service de Microbiologie
48 Boulevard Sérurier

75019 Paris

France

Téléphone du secrétariat du CNR associé: 33 (0)1 40 03 23 40

Télécopie du CNR associé : 33 ( 0)1 40 03 24 50

Email : e.coli@aphp.fr

http://cnr-escherichiacoli-robertdebre.aphp.fr/

Étiquette à coller sur le carton : Etiquettes

 

Législation : Tout transport de matériels biologiques potentiellement infectieux demeure sous l’entière responsabilité de l’expéditeur. Les modalités de transport des matières infectieuses sont fixées par l’arrêté français du 5 août 2009 modifiant l'arrêté du 29 mai 2009 relatif au transport des marchandises dangereuses par voies terrestres (dit « arrêté TMD »). Il est recommandé de suivre le Guide sur la sécurité du transport des matières infectieuses et des échantillons de diagnostic publié par l'OMS.

PRESTATION DE CONSEIL, SUGGESTION ET RÉCLAMATION

Pour E. coli : contacter le CNR associé à l’hôpital Robert Debré.

Pour Shigella ou Salmonella contacter le CNR de l’Institut Pasteur.
Ou le service de Coordination des Centres de Référence.

MODALITÉS DE CONSERVATION ET RESTITUTION DES ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES TRAITÉS

Toutes les souches bactériennes ré isolées au CNR de l’Institut Pasteur sont conservées pour une durée illimitée à température ambiante en gélose de conservation. Les échantillons originaux sont détruits une semaine après analyse.

CONFIDENTIALITÉ ET PROTECTION DES INFORMATIONS

Les fichiers informatisés du CNR sont déclarés à la Commission Informatique et Libertés (CNIL) : Loi n°78-17 du 06 janvier 1978.
Voir aussi Organisation des CNR – Confidentialité et protection des informations

CONDITIONS FINANCIÈRES

Le typage des E. coli, Shigella et Salmonella est effectué gratuitement pour tous les laboratoires à condition que les critères suivants soient remplis :

  • souche pure d’origine humaine appartenant au taxon " Escherichia coli - Shigella " ou en rapport avec une enquête épidémiologique,
  • souche pure et appartenant au genre Salmonella, idéalement pré-agglutinée
  • souche d’origine humaine (ou non humaine mais en rapport avec une enquête épidémiologique),
  • Fiche de renseignements correctement remplie.


Le typage des souches d’origine non humaine envoyées par les laboratoires vétérinaires nationaux, départementaux ou privés agrées est habituellement facturé :

Tarification de sérotypage Salmonella

​Voir aussi :
Organisation des Centres Nationaux de Référence,
Système du Management de la Qualité des Laboratoires de Référence et d’Expertise

Mis à jour le 13/01/2017


 
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