Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Activités du CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

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  2. Activités du CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/une souche »


EXPERTISES

Typage des souches de Escherichia coli, Shigella et Salmonella envoyées par les laboratoires d’analyses de biologie médicale privés (LABM) et publics (hospitaliers) dans le contexte de détection et d’investigation microbiologique de tout phénomène anormal : épidémies, cas groupés, cas cliniques, etc….

Techniques utilisées

Pour les E. coli – Shigella

  • CNR associé à l’hôpital Robert Debré : Recherche des facteurs de pathogénicité des E. coli entérohémorragiques (Stx1, Stx2, eae, ehxA) à partir d’un prélèvement de selles ou d’une souche de E. coli isolée.
     
  • CNR de l’Institut Pasteur : séquençage complet du génome des Shigella et des STEC isolés au CNR-LA. Les techniques conventionnelles de bactériologie classiques sont toujours présentes au CNR mais sont utilisées en seconde intention après séquençage complet du génome. Ces techniques biochimiques, d’agglutination ou parfois moléculaires complètent l’identification lorsque la souche présente une atypie ou un génotype nouveau.

Pour les Salmonella

Chaque souche reçue est ré-isolée puis identifiée par séquençage complet du génome. Du fait du délai d’obtention et d’analyse des séquences, ou devant des atypies ou des génotypes nouveaux certaines souches sont identifiées par l’étude des caractères biochimiques conventionnels et sérotypées par agglutination à l’aide de sérums spécifiques. Nous utilisons les formules antigéniques du schéma de White-Kauffmann-Le Minor
Toute notion d’urgence (épidémies, toxi-infections alimentaires collectives, cas clinique (fièvres typhoïde et paratyphoïdes), isolement de sang etc… doivent être stipulées sur la fiche d’information accompagnant les souches afin de les prioriser au CNR.

Volume moyen d’activité
Pour E. coli, le CNR a reçu sur le précédent mandat (2011-2015) 2000 à 3000 prélèvements annuels (selles, écouvillonnage rectal, sérum et souches), réparties entre le CNR à l’Institut Pasteur et le CNR associé à l’hôpital Robert Debré. Pour le mandat 2017-2021 l’ensemble des prélèvements (quel que soit l’âge du patient) sont à envoyer au CNR associé à l’hôpital Robert Debré, qui adressera lui-même les souches STEC caractérisées pour séquençage du génome au CNR de l’Institut Pasteur, et l’activité de sérologie des EHEC est définitivement arrêtée.

Pour Shigella, le CNR reçoit entre 600 et 1000 souches chaque année, dont 100 à 200 en provenance des DOM-TOM. A cela s’ajoute environ 200 cas de shigellose déclarés via l’envoi (mail-fax-voie postale) d’une fiche d’information sans envoi de souche ou directement sur le site de déclaration internet : code de connexion fourni sur demande par le secrétariat du CNR-ESS).  
Pour Salmonella, le CNR-ESS reçoit en moyenne 8.000 à 10.000 souches pour sérotypage par an. A cela s’ajoute, les fiches d’informations épidémiologiques sur les souches complètement étudiées et sérotypées par les laboratoires collaborateurs sans envoi de souche, ou directement sur le site de déclaration internet. Ce qui représente 10 000 à 12 000 souches par an, répertoriées et renseignées.

SURVEILLANCE

L’analyse des activités du CNR Escherichia coli, Shigella, Salmonella permet d’établir des tendances épidémiologiques et d’en fournir les résultats aux autorités sanitaires. Un rapport détaillé des activités du CNR est ainsi fourni annuellement à Santé publique France. Il est accessible en ligne l’année suivante après validation par les autorités de tutelles.
 

Pour les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC), notamment responsables du Syndrome Hémolytique et Urémique (SHU), le CNR de l’Institut Pasteur et le CNR associé de l’hôpital Robert Debré ont contribué à la mise en place depuis 1996, d’un système de surveillance microbiologique. 

Ce réseau signale en temps réel à Santé publique France :

  • Tout cas confirmé d’infections à EHEC
  • Un bilan ou un point de situation à tout moment par sérogroupe ou sérotype et par département.

Et adresse régulièrement à Santé publique France, en collaboration avec le CNR associé, un bilan des cas positifs d’infections à EHEC et un suivi en temps réel en cas de survenue de cas groupés ou d’épidémies.

Pour les shigelles, le CNR réalise une surveillance continue  spatio-temporelle des cas de shigellose isolés de France métropolitaine et DOM-TOM, basée sur les souches transmises par le réseau de laboratoires partenaires associée à la collecte de fiches d’information sans envoi de souches associés : suivi de la distribution des différents sérotypes et de la résistance aux anti-infectieux par département et par type de population (répartition par age et sexe). Tout cas groupé détecté est immédiatement signalé à Santé publique France.

Pour les salmonelles, le CNR exerce une surveillance continue des salmonelloses en France grâce aux souches d’origine humaine envoyées pour sérotypage par les laboratoires et grâce à la collecte des informations épidémiologiques sur les souches complètement identifiées par les laboratoires correspondants (France métropolitaine et DOM-TOM).
Le système informatisé et automatisé de surveillance et d’alerte des salmonelloses humaines du CNR permet de :

  • documenter les tendances spatio-temporelles de tous les sérotypes sous surveillance (depuis 1992),
  • détecter précocement au niveau national, régional ou départemental ou dans certaines classes d’âge (par exemple les nourrissons de moins de un an) toute augmentation anormale du nombre d’isolements de Salmonella (trois algorithmes différents utilisés),
  • produire des documents (courbes, graphiques à barre,..) illustrant les tendances ou la répartition des sérotypes sous surveillance.

Il adresse à Santé publique France.:

  • la liste des sérotypes de Salmonella à déclaration obligatoire, à savoir, les cas de salmonelloses à sérotypes majeurs que sont Typhi, Paratyphi A, B et C ainsi que les cas groupés de salmonelloses quel que soit le sérotype (épidémies familiales, hospitalières, scolaires, toxi-infections alimentaires collectives, infections collectives) qui lui sont signalés par les laboratoires correspondants,
  • un relevé hebdomadaire de surveillance provisoire signalant le(s) sérotype(s) et les clusters génomiques dépassant les valeurs attendues (algorithme de détection sur la base des souches reçues au CNR),
  • des inventaires annuels par sérotype.

En cas de survenue d’une épidémie : le CNR communique à Santé publique France les informations épidémiologiques essentielles sur les souches impliquées.

De plus entre juillet et septembre chaque année, les bouffées saisonnières usuelles d’infections à Salmonella contraignent le CNR à modifier son système de surveillance passive en priorisant le typage des souches réceptionnées comme suit :

  • Isolées du sang
  • Enfant < 5 ans
  • Pré-orientées Typhi ou Paratyphi
  • Entrant dans le cadre d’une  TIAC et d’une investigation d’épidémie par Santé publique France.

Le délai des résultats de sérotypage des autres souches n’entrant pas dans cette priorisation peut donc être allongé durant cette période. Cependant nous vous rappelons que, quel que soit le sérotype rendu, pour un sérotype mineur, la prise en charge du patient n’est pas modifiée, car le diagnostic de salmonelle et l’antibiogramme ont été remis par vos soins au clinicien qui n’attend pas de sérotype.

Depuis le nouveau mandat des CNR (effectif depuis le 1er avril 2017), une sélection est réalisée sur les souches reçues selon des critères démographiques et géographiques afin de maintenir la surveillance épidémiologique nationale des salmonelloses. Sur ces souches, le CNR réalise une méthode de typage par séquençage complet du génome permettant d’effectuer, en une seule étape, la détection et l’investigation des phénomènes anormaux (épidémies, émergences etc…). Environ 6000 des 9000 souches de Salmonelle reçues annuellement peuvent être analysées selon cette méthode, qui nécessite un plus grand délai (3 semaines) et dont le coût est supérieur par rapport aux méthodes de typages classiques. Afin de conserver une réactivité face aux urgences, les souches pour lesquelles le CNR identifie sur la feuille de renseignements certains critères épidémiologiques sont sérotypées par agglutination (suspicion de salmonellose majeure, critères de gravité cliniques, âge du patient, TIAC, etc…). Il est donc essentiel de bien renseigner tous les items de la fiche de renseignements.

Pour rappel la prise en charge médicale d’un patient souffrant d’une infection par une salmonellose mineure ne change pas en fonction du sérotype. Le résultat du sérotype effectué dans le CNR est transmis au laboratoire correspondant à titre épidémiologique et non à titre diagnostic.

Le CNR a une mission de surveillance épidémiologique permettant la détection d'épidémies et la surveillance des sérotypes circulants.

COLLECTION DE SOUCHES

Toutes les souches adressées au CNR depuis 1947 ont été conservées en tubes gélosés gardés à température ambiante. La collection du CNR comprend ainsi plus de 300.000 souches. L’ensemble de tous les sérotypes connus de Salmonella est conservé sous forme lyophilisée au Centre Collaborateur OMS de référence et de Recherche sur les Salmonella (CCOMS). Les souches particulières ou de sérotype rares sont également conservées congelées à -80°C.

FORMATION 

Des conseils à la fois pratiques (milieu de transport, feuille d’information...), diagnostic (importance des gènes de pathogénicité ou du sérotype détecté…), thérapeutiques et/ou épidémiologiques sont données par les biologistes du CNR-ESS par téléphone ou courrier électronique (pour Shigella et Salmonella au CNR de l’Institut Pasteur : colishig@pasteur.fr ou salmonella@pasteur.fr et pour E. coli au CNR associé à l’hôpital Robert Debré : e.coli@aphp.fr).


Les biologistes participent aux réunions, missions et conférences nationales et internationales. Le CNR-ESS reçoit des stagiaires dans le cadre de projets définis, dont certains du réseau international des Instituts Pasteur.

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

 Nationaux

  • Depuis la création du CNR-ESS, plus de 2200 laboratoires collaborateurs ont adressé des souches et/ou des informations. Ils se répartissent de la manière suivante: centres hospitaliers (417), centres médico-chirurgicaux, cliniques (14), centres de biologie (23), laboratoires d’analyses de biologie médicale (1729), laboratoires vétérinaires départementaux (4), laboratoires de l’agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES) (2), laboratoires de IFREMER (1), autres laboratoires (23). En 2015, les 1222 laboratoires correspondants du CNR se répartissaient de la façon suivante : 338 laboratoires de centres hospitaliers et 884 laboratoires de biologie médicale privés. 
  • Avec Santé publique France, la direction générale de l’alimentation (DGAL) ou l’ANSES.

 

Internationales

  • Avec le « European Centre for Disease Prevention and Control » (ECDC) :
    Le CNR-ESS participe au Réseau Européen de surveillance de l’ECDC en répondant aux demandes d’information et en transmettant les données épidémiologiques essentielles sur les souches d’origine humaine identifiées au CNR.
     
  • Avec l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) :
    L’unité héberge le Centre Collaborateur de l’OMS (CCOMS) pour la Référence et la Recherche sur les Salmonella  qui est en charge de la nomenclature internationale des sérotypes de Salmonella et de mettre à jour régulièrement le schéma de White-Kauffmann-Le Minor. Les cadres du CNR, également responsables du CCOMS effectuent des missions à la demande de l’OMS (workshops ou cours GFN). Le CNR-ESS transmet au CCOMS, pour homologation, tous les sérotypes nouveaux de Salmonella qu’il a identifiés.
     
  • Avec le Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP) :
    L’Unité collabore dans des projets impliquant le RIIP en typant et sous-typant les souches isolées et en accueillant de jeunes chercheurs en formation
    Par ailleurs le CNR-ESS apporte son expertise microbiologique aux laboratoires de biologie médicale et aux laboratoires de sécurité alimentaire travaillant sur les pathogènes entériques (envoi de protocoles, accueil de stagiaires qui sont formés sur les techniques de typage moléculaire).

Mis à jour le 13/01/2018


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