Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Missions du CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

  1. Escherichia coli, Shigella, Salmonella
  2. Missions du CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Pour la période du premier avril 2017 au 31 mars 2022 : le CNR Escherichia coli, Shigella, Salmonella s’engage à assurer les missions définies par le décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et par l’arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et, plus particulièrement, pour assurer la surveillance microbiologique de maladies entériques transmissibles : dysenterie bacillaire, shigelloses, syndrome hémolytique et urémique, diarrhées dues aux E. coli entérohémorragiques, toxi-infections alimentaires collectives, ainsi que la surveillance des fièvres typhoïde et paratyphoïdes, et des salmonelloses communautaires et hospitalières. 

Concernant les activités Shigella et Salmonella, de E. coli  responsable de méningite, 1'activité reste inchangée avec l'identification gratuite des souches bactériennes sous réserve d'avoir toutes les informations ép idémiologiques. Les fiches sont téléchargeables en bas de cette page.

Au CNR des Escherichia coliShigella et Salmonella, situé à l’Institut Pasteur à Paris, est associé  le laboratoire de Microbiologie de l’Hôpital Robert-Debré pour la surveillance des syndromes hémolytiques et urémiques grâce à un réseau de pédiatres-néphrologues. 

Conformément à l'arrêté du 7 mars 2017 fixant la liste des CNR-LA pour la période du 1er avril 2017 au 31 mars 2022 et à l’arrêté du 16 juin 2016 fixant leurs cahiers des charges, 1 'activité de surveillance des infections à E. coli entéro-hémorragiques/E. coli producteur de Shiga-toxines (E HEC/STEC) a été réorganisée de la façon suivante :

  • l'arrêt définitif de la sérologie des EHEC. Cette technique à visée épidémiologique n'était pas valide pour le diagnostic. Le CNR n'a pas connaissance à l'heure actuelle d'autres laboratoires réalisant cette sérologie.
  • l'isolement et l'identification des EHEC sur souches et sur prélèvements biologiques, et ce   quel que soit l'âge du patient (adulte ou enfant), sont désormais exclusivement réalisés sur le site du CNR associé : Service de microbiologie, Hôpital Robert Debré, 48 boulevard Sérurier, 75019 Paris cedex 19.

Courriel : e.coli@aphp.fr
RAPPEL : les  échantillons devront obligatoirement  être accompagnés de la fiche de renseignement téléchargeable sur http://cnr-escherichiacoli-robertdebre.aphp.fr/

  • les souches de STEC du CNR associé seront ensuite envoyées au CNR de l’Institut Pasteur pour séquençage complet du génome.


Pour toute demande concernant les autres pathovars entériques de E. coli, l'analyse se fera après entente préalable avec le CNR-IP ou le L A-RD.
 


Les missions spécifiques du CNR, telles que définies au cahier des charges :

Pour les Escherichia coli  responsables d’infections digestives

1.   Apporter une expertise microbiologique :

  • pour le diagnostic des infections à E. coli entérohémorragiques (EHEC)  (isolements, mise en évidence et caractérisation des E. coli producteurs de Shigatoxines (STEC), y compris l’identification des facteurs de virulence, etc.) ;
  • en typant en routine par une méthode discriminante fondée sur le typage moléculaire ou génomique les souches isolées dans le cadre de la surveillance des SHU et des infections à STEC ;
  • en développant de nouvelles méthodes de diagnostic des infections à EHEC et en particulier des STEC, pouvant être utilisées en routine dans des laboratoires de biologie médicale ;
  • en mettant ces méthodes à la disposition des laboratoires intéressés et en contribuant à leur diffusion large,
  • en développant l’information et la formation des laboratoires par la diffusion de guides techniques.

2.  Avoir une activité de conseil :

  • auprès des professionnels de santé ;
  • auprès de Santé publique France, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute autorité de santé (HAS) et du ministère chargé de la santé :
  • en participant à l'élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
  • en répondant aux demandes d'expertise ou à des enquêtes.

3. Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec Santé publique France :

  • en  transmettant en temps réel les résultats concernant les infections à STEC à Santé Publique France,
  • en participant, en lien avec Santé publique France, à l’investigation de cas groupés (typage des souches, comparaison de souches isolées chez les malades et dans d’autres sources, etc.),
  • en contribuant avec Santé publique France aux réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens notamment dans le cadre de l’application de la directive zoonoses 2003/99/CE,
  • en collaborant avec les structures en charge de la surveillance ou d’études ponctuelles sur les STEC chez l’animal, dans les aliments et dans l’environnement (échanges de souches, etc.) et notamment le LNR de VetAgroSup (Anses Maison Alfort).

4.   Contribuer à l’alerte en signalant à Santé publique France​ tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, modification des formes cliniques (répartition, modification de leur expression clinique, formes inhabituelles) ; survenue de cas groupés, apparition de souches inhabituelles, etc.

Pour les Escherichia coli  responsables de méningites néonatales :

1.  Apporter une expertise microbiologique :

  • en développant  et mettant en œuvre des techniques de typage des souches permettant de les caractériser (notamment génotypage, empreinte de virulence) et de distinguer les souches responsables de cas groupés de celles  responsables de cas sporadiques et l’affiliation des souches aux différents clones ;
  • en apportant une expertise pour une aide au diagnostic des méningites décapitées par antibiothérapie ;

en étudiant et suivant la résistance des souches aux antibiotiques, en lien avec le CNR des résistances aux antibiotiques ;

2.   Avoir une activité de conseil :

  • auprès des professionnels de santé ;
  • auprès de Santé publique France, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute Autorité de Santé (HAS) et du ministère chargé de la santé :
  • en participant à l'élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
  • en répondant aux demandes d'expertise ou à des enquêtes.

3.   Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec Santé publique France :

Développer un réseau de surveillance basé sur les laboratoires correspondants hospitaliers permettant de constituer une banque de souches isolées dans le LCR et de décrire l’épidémiologie des infections néonatales à E. coli.

4.   Contribuer à l’alerte  en signalant à Santé publique France tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, cas groupés, formes cliniques ou souches inhabituelles, émergence de clones responsables d’infections intestinales présentant des gènes de virulence extra-intestinal, etc.

POUR LES SHIGELLA ET SALMONELLA

1.  Apporter une expertise microbiologique :

  • en contribuant au développement des méthodes de typage, en particulier moléculaire et génomique,
  • en identifiant et typant les souches,
  • en suivant l’évolution de la résistance des shigelles et salmonelles aux antibiotiques et en étudiant leurs mécanismes de résistance, en collaboration avec le CNR des résistances aux antibiotiques.

2.  Avoir une activité de conseil :

  • auprès des professionnels de santé ;
  • auprès de Santé publique France, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute autorité de santé (HAS) et du ministère chargé de la santé :
  • en participant à l'élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
  • en répondant aux demandes d'expertise ou à des enquêtes.

3. Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec Santé publique France  :

  • en participant à la surveillance et à l’investigation des toxi-infections alimentaires collectives,
  • en signalant à Santé publique France les foyers de cas groupés notifiés au CNR,
  • en détectant précocement les épisodes épidémiques, par la caractérisation des souches par la méthode de typage la plus adaptée (sérotypage classique ou génomique) et par le développement de seuils d’alerte,
  • en développant la capacité, lors de la survenue d’une épidémie, de réaliser rapidement un typage génomique, qui est le plus discriminant possible, des souches concernées afin de différencier les cas épidémiques et non épidémiques et de  comparer des souches isolées chez les malades et dans d’autres sources en particulier alimentaire,
  • en suivant les tendances évolutives temporelles des différentes espèces de shigelles et sérotypes de salmonelles, en s’appuyant sur un réseau de laboratoires de biologie médicale sur tout le territoire,
  • en collaborant avec les organismes compétents dans le domaine des salmonelles chez l’animal, dans les aliments et l’environnement, en particulier les LNR Salmonella et salmonelloses aviaires,
  • en collaborant avec les réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens notamment dans le cadre de l’application de la directive zoonoses 2003/99/CE.

4. Contribuer à l’alerte en signalant à Santé publique France, tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, survenue de cas groupés, modification des profils de résistance, apparition de souches inhabituelles, modification des formes cliniques (répartition, modification de leur expression clinique, formes inhabituelles) etc.

INTÉRÊT POUR LA SANTÉ PUBLIQUE

Un algorithme de surveillance et d’alerte des infections à Salmonella mis au point au CNR-ESS permet de détecter précocement au niveau national, régional ou départemental toute augmentation anormale du nombre d’isolements de ces pathogènes. En cas de survenue d’une augmentation de cas ou de cas groupés, le CNR communique à Santé publique France  les informations épidémiologiques essentielles pour chaque nouvelle souche du sérotype incriminé reçue au CNR. Santé publique France peut ainsi déclencher, si nécessaire, les investigations épidémiques visant à rechercher l’origine de l’épidémie afin d’en éviter l’extension. Le CNR-ESS est sollicité ensuite dans l’investigation microbiologique afin de distinguer les souches épidémiques des souches sporadiques et de faire le lien avec des souches alimentaires ou vétérinaires.

Depuis le nouveau mandat des CNR (effectif depuis le 1er avril 2017) le CNR-ESS applique une sélection représentative des souches reçues afin de privilégier un typage par séquençage complet du génome permettant une meilleure détection et une investigation rapide. Toutes les souches sont conservées et peuvent être reprises pour les besoins des investigations. Ainsi, les laboratoires participent à la surveillance des infections à Salmonella  en envoyant leurs souches au CNR même si la souche n’est pas typée.

Lorsqu’une souche n’est pas sérotypée le laboratoire correspondant en est averti rapidement.

Les cas groupés (épidémies familiales, hospitalières, scolaires, toxi-infections alimentaires collectives, infections collectives) signalés au CNR-ESS par les laboratoires sont notifiés aux autorités sanitaires (Santé publique France).

Mis à jour le 13/01/2018

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