Missions du CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Pour la période 2023 – 2027, le CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella s’engage à assurer les missions définies par le décret no 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et par l’arrêté du 8 mars 2022 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles.

Il sera en outre particulièrement demandé à ce CNR les missions suivantes :

Pour les Escherichia coli responsables d’infections digestives

1. Expertise

• pour le diagnostic des infections à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) (mise en évidence et caractérisation des STEC, y compris l’identification des facteurs de virulence, etc.) ;
• en typant en routine par une méthode discriminante fondée sur le typage moléculaire ou génomique les souches isolées dans le cadre de la surveillance des SHU et des infections à STEC ;
• en développant de nouvelles méthodes de diagnostic des infections à STEC pouvant être utilisées en routine dans des laboratoires de biologie médicale ;
• en mettant ces méthodes à la disposition des laboratoires intéressés et en contribuant à leur diffusion large,
• en développant l’information et la formation des laboratoires par la diffusion de guides techniques.

2. Conseil

• aux professionnels de santé ;
• auprès du ministère chargé de la santé, des agences régionales de santé, de l’Agence nationale de santé publique, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute Autorité de santé (HAS), du Haut Conseil pour la santé publique (HCSP);
• participation à l’élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
• réponse aux demandes d’expertise, d’investigation ou à des enquêtes.

3. Contribution à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’agence nationale de santé publique

• en transmettant en temps réel les résultats concernant les infections à STEC à l’agence nationale de santé publique ;
• en participant, en lien avec l’agence nationale de santé publique, à l’investigation de cas groupés (typage des souches, comparaison de souches isolées chez les malades et dans d’autres sources, etc.) ;
• en contribuant avec l’agence nationale de santé publique aux réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens notamment dans le cadre de l’application de la directive zoonoses 2003/99/CE ;
• en collaborant avec les structures en charge de la surveillance ou d’études ponctuelles sur les STEC chez l’animal, dans les aliments et dans l’environnement (échanges de souches, etc.), et notamment le LNR-STEC.

4. Contribution à l’alerte

• en signalant à l’agence nationale de santé publique tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, modification des formes cliniques (répartition, modification de leur expression clinique, formes inhabituelles) survenue de cas groupés, apparition de souches inhabituelles, informations concernant des événements de même nature dans des pays étrangers, etc.

Pour les Escherichia coli responsables de méningites néonatales

1. Expertise

• en développant et mettant en œuvre des techniques de typage des souches permettant de les caractériser (notamment génotypage, empreinte de virulence) et de distinguer les souches responsables de cas groupés de celles responsables de cas sporadiques et l’affiliation des souches aux différents clones ;
• en apportant une expertise pour une aide au diagnostic des méningites décapitées par antibiothérapie ;
• en étudiant et suivant la résistance des souches aux antibiotiques, en lien avec le CNR résistances aux antibiotiques.

2. Conseil

• aux professionnels de santé ;
• auprès du ministère chargé de la santé, des agences régionales de santé, de l’Agence nationale de santé publique, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute Autorité de santé (HAS), du Haut Conseil pour la santé publique (HCSP);
• participation à l’élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
• réponse aux demandes d’expertise, d’investigation ou à des enquêtes.

3. Contribution à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’agence nationale de santé publique

• en développant un réseau de surveillance basé sur les laboratoires correspondants hospitaliers permettant de constituer une banque de souches isolées dans le LCR et de décrire l’épidémiologie des infections néonatales à E. coli.

4. Contribution à l’alerte

• en signalant à l’agence nationale de santé publique tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, cas groupés, formes cliniques ou souches inhabituelles, émergence de clones responsables d’infections intestinales présentant des gènes de virulence extra-intestinale, informations concernant des événements de même nature dans des pays étrangers, etc.

Pour les Shigella et Salmonella

1. Expertise

• en contribuant au développement des méthodes de typage, en particulier moléculaire et génomique ;
• en identifiant et typant les souches ;
• en suivant l’évolution de la résistance des shigelles et salmonelles aux antibiotiques et en étudiant les mécanismes de résistance, en collaboration avec le CNR résistances aux antibiotiques.

2. Conseil

• aux professionnels de santé ;
• auprès du ministère chargé de la santé, des agences régionales de santé, de l’Agence nationale de santé publique, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute Autorité de santé (HAS), du Haut Conseil pour la santé publique (HCSP);
• participation à l’élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
• réponse aux demandes d’expertise, d’investigation ou à des enquêtes.

3. Contribution à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’agence nationale de santé publique

• en suivant les tendances évolutives spatio-temporelles des différentes espèces de shigelles et sérotypes de salmonelles, en s’appuyant sur un réseau de laboratoires de biologie médicale sur tout le territoire ;
• en détectant précocement les épisodes épidémiques, par la caractérisation des souches par la méthode de typage la plus adaptée, en particulier génomique, et par le développement de seuils d’alerte ;
• en signalant à l’agence nationale de santé publique les foyers de cas groupés et les suspicions de toxi–infections alimentaires collectives notifiés au CNR ;
• en participant à l’investigation des épisodes épidémiques et en réalisant la comparaison des souches isolées chez les malades et dans d’autres sources notamment alimentaires avec des méthodes discriminantes, en particulier génomiques ;
• en développant la capacité, lors de la survenue d’une épidémie, de réaliser un typage le plus discriminant possible (adapté en fonction du sérotype en cause) des souches concernées afin de rapidement différencier les cas épidémiques et non épidémiques ;
• en collaborant avec les organismes compétents dans le domaine des salmonelles chez l’animal, dans les aliments et l’environnement, en particulier les LNR Salmonella spp et Salmonelloses aviaires ;
• en collaborant avec les réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens notamment dans le cadre de l’application de la directive zoonoses 2003/99/CE.

4. Contribution à l’alerte

• en signalant à l’agence nationale de santé publique tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, survenue de cas groupés, modification des profils de résistance, apparition de souches inhabituelles, modification des formes cliniques (répartition, modification de leur expression clinique, formes inhabituelles), informations concernant des événements de même nature dans des pays étrangers, etc.

INTÉRÊT POUR LA SANTÉ PUBLIQUE

Un algorithme de surveillance et d’alerte des infections à Salmonella mis au point au CNR-ESS permet de détecter précocement au niveau national, régional ou départemental toute augmentation anormale du nombre d’isolements de ces pathogènes. En cas de survenue d’une augmentation de cas ou de cas groupés, le CNR communique à Santé publique France  les informations épidémiologiques essentielles pour chaque nouvelle souche du sérotype incriminé reçue au CNR. Santé publique France peut ainsi déclencher, si nécessaire, les investigations épidémiques visant à rechercher l’origine de l’épidémie afin d’en éviter l’extension. Le CNR-ESS est sollicité ensuite dans l’investigation microbiologique afin de distinguer les souches épidémiques des souches sporadiques et de faire le lien avec des souches alimentaires ou vétérinaires.

Depuis juillet 2018 TOUTES les souches de Shigella/EIEC et Salmonella reçues au CNR-ESS sont analysées par séquençage complet du génome (WGS) en première intention. Cette analyse permet non seulement de typer les souches reçues, mais aussi d’affiner les investigations épidémiques et la surveillance des résistances aux antibiotiques.

La réception des souches de Shigella/EIEC et de Salmonella est essentielle pour les activités de surveillance. Nous vous encourageons à nous envoyer toute souche d’origine humaine (voir la partie « Envoyer une souche »).

Les cas groupés (épidémies familiales, hospitalières, scolaires, toxi-infections alimentaires collectives, infections collectives) signalés au CNR-ESS par les laboratoires sont notifiés aux autorités sanitaires (Santé publique France).

Les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) font objet d’une Déclaration Obligatoire à être envoyée à l’ARS sans attendre au résultat du CNR-ESS

Mis à jour le 20 mars 2024