Avant tout envoi, consulter la rubrique " Envoyer un échantillon/un isolat "

Toute demande d’analyse adressée au CNR n’est prise en compte que si l’échantillon est accompagné de la feuille de demande d'analyse (ou fiche de renseignement) fournie par le CNR et recueillant des renseignements notamment cliniques, relatifs à l’échantillon.

ANALYSES

Le CNR ne réalise pas de PCR à visée diagnostic de première intention à partir d’échantillons cliniques. Ces tests sont effectués en pratique courante par les laboratoires de biologie médicale.

Le CNR réalise :

1) POUR UN ISOLAT : Confirmation de l’identification selon les méthodes de référence.

2) POUR UN ECHANTILLON RESPIRATOIRE* SUSPECTÉ DE CONTENIR UNE BORDETELLE :

a. Confirmation de l’identification moléculaire du genre Bordetella par PCR en temps réel (cibles IS481/IS1001).

b. Dans un deuxième temps, si la PCR IS481 ou/et IS1001 est (sont) positive(s) : identification de l’espèce de Bordetella par PCR en temps réel (cibles spécifiques d’espèce). Les espèces concernées sont B. pertussis, B. parapertussis, B. holmesii et B. bronchiseptica.

3) POUR UN ECHANTILLON RESPIRATOIRE* CONTENANT UNE BORDETELLE DONT IL EST DEMANDÉ AU CNR D’IDENTIFIER L’ESPECE AU SEIN DU GENRE BORDETELLA :

Identification de l’espèce de Bordetella par PCR en temps réel (cibles spécifiques d’espèce). Les espèces concernées sont B. pertussis, B. parapertussis, B. holmesii et B. bronchiseptica.

*  Le CNR recommande de lui envoyer l’ADN extrait du prélèvement plutôt que le prélèvement.

EXPERTISES

Techniques de caractérisation des souches bactériennes :

• Analyse de la production des déterminants de virulence des isolats, en particulier les toxines et adhésines bactériennes. Cette mise en évidence est faite par l’utilisation de sérums polyclonaux ou monoclonaux spécifiques des antigènes. Les toxines recherchées sont la toxine de pertussis ou PT, et l’adényl cyclase-hémolysine ou AC-Hly. Les adhésines recherchées sont l’hémaglutinine filamenteuse ou FHA, la pertactine ou PRN et les protéines fimbriales ou FIM.
• Typage des antigènes vaccinaux par séquençage : a) promoteur de la toxine pertussis, b) pertactine et c) sous-unité S1 de la PT. Depuis 2016, ce typage est fait par séquençage à haut débit (technologie Illumina).
• Génotypage des souches bactériennes. Il est réalisé à partir des données de séquençage Illumina.

Vérification de la sensibilité des souches bactériennes aux antibiotiques

Pour les isolats cliniques envoyés ou isolés au CNR, la sensibilité aux antibiotiques (ampicilline, céfalexine, streptomycine, érythromycine, azithromycine, clarithromycine, trimétroprime/sulfaméthoxazole = cotrimoxazole) est testée par la méthode de diffusion en gélose à partir de disques (BIORAD).

Activités d’expertise 

• Evaluation des milieux de cultures mis sur le marché
• Evaluation des techniques de diagnostic
• Evaluation des trousses mises sur le marché pour le diagnostic par PCR en temps réel.

Recommandations sur les techniques de diagnostic biologique

• Aide à la mise en place des techniques de diagnostic biologique dans les laboratoires: PCR en temps réel et culture.

 Nous recommandons les trousses commercialisées par : 

• ARGENE (distribuées par bioMérieux) : Coffret R-gene (détection avec cible IS418) et coffret r-gene (détection avec cible IS1001). Les 2 coffrets proposent un contrôle interne d’inhibition (utilisé lors de l’étape d’extraction).
• CEPHEID (cibles IS481 et IS1001)  avec contrôle interne inclus dans la trousse.
• BIO-EVOLUTION : Détection multiplexée avec les cibles IS481, IS1001 et contrôle interne inclus dans le coffret
• EUROBIOPLEX : Détection multiplexée avec les cibles IS481, IS1001 et contrôle interne inclus dans le coffret
• DIAGENODE: Détection multiplexée avec les cibles IS481, IS1001 et contrôle interne inclus dans le coffret

Organisation de contrôle qualité externe :

Les laboratoires de microbiologie hospitaliers ayant effectué en 2016 un contrôle qualité organisé par le CNR sont :

• Le CHU Robert-Debré à Paris,
• Le CHU Necker Enfants Malades à Paris,
• Le CHU Cochin à Paris,
• le CHU de Nantes,
• le CHU de Poitiers,
• l’hôpital Jean Minjoz à Besançon,
• le CHU de Saint-Etienne - Hôpital Nord,
• le CH Métropole Savoie - Site de Chambéry,
• l’hôpital d’instruction des armées Robert Picqué à Bordeaux,
• le CHRU de Limoges,
• le CHU de Reims - Hôpital Robert Debré,
• le CHRU de Tours - Hôpital Bretonneau,
• le CHU de Bordeaux - Groupe Hospitalier Pellegrin - Hôpital des Enfants,
• l’HU de Strasbourg,
• le CH de Charleville Mézières,
• le CHRU de Nancy - Hôpital Central,
• le CHU d'Angers,
• le CH de Saint Brieuc,
• le CHU de Caen,
• le CHR d'Orléans,
• le CH de Cahors,
• le CHU Gabriel Montpied à Clermont-Ferrand,
• le CHU de Toulouse - hôpital Purpan
• le CHI d’Aix-en-Provence,
• le CH d’Avignon,
• l’hôpital de la Timone à Marseille,
• l’hôpital de la Croix Rousse - Hospices Civils de Lyon,
• l’hôpital civil de Colmar,
• le CHRU de Dijon Bourgogne,
• le CHU d’Amiens,
• le CHRU de Lille,
• le CHU de Rouen,
• le CHU de Grenoble – Hôpital Michallon,
• le CH d’Annecy Genevois,
• l'hôpital d'instruction des Armées de Bégin,
• le CHU de Montpellier,
• l'hôpital Antoine Béclère à Clamart,
• le CH de Versailles,
• l'hôpital Louis Mourier à Colombes,
• le CH du Mans,
• le laboratoire d’analyses médicales Cerba à Saint-Ouen l'Aumône,
• le laboratoire d’analyses médicales Biomnis à Lyon

Si vous souhaitez participer à un contrôle qualité, merci de nous contacter.

SURVEILLANCE

L’analyse des activités du CNR permet d’établir des tendances et d’en fournir les résultats aux autorités sanitaires. Un rapport détaillé des activités du CNR est ainsi fourni annuellement à  Santé publique France. Il est accessible en ligne l’année suivante après validation par les autorités de tutelle.

COLLECTION D’ISOLATS CLINIQUES

Le CNR conserve tous les isolats cliniques de Bordetella reçus ou isolés et possède une collection de plus de 3000 isolats. Ils sont conservés dans un mélange SPGlycerol/BSA entre -65°C et -90°C et dans l’azote liquide.

FORMATION

• Cours de formation pour les professions médicales et formation de stagiaires issus du milieu hospitalier ;
• Activité de vulgarisation dans le cadre des journées portes ouvertes ou visites des écoles.
• Transfert de techniques de diagnostic mises au point par le CNR dans les centres hospitaliers contribuant à la surveillance épidémiologique de la coqueluche en France et à l’étranger.
• Accueil de stagiaires, doctorants, post-doctorants et scientifiques extérieurs

COLLABORATIONS ET RESEAUX

Nationales

1. Avec Santé publique France (SpF) : participation au Réseau National de Surveillance Hospitalier pédiatrique de la Coqueluche (RENACOQ), mis en place depuis avril 1996. Outre SPF et le CNR, ce réseau comprend 42 groupes de bactériologistes et de pédiatres de Centres hospitaliers répartis dans toute la France.
2. Avec le réseau du Collège de Bactériologie, de Virologie et d’Hygiène des Hôpitaux Généraux de France (Col BVH).

 Internationales (dont européennes)

1. Avec le réseau européen EUpertStrain : collaborations européennes pour le développement :
- de techniques d’analyse des isolats cliniques ;
- de diagnostic biologique des bordetelloses.
2. Avec le Réseau International des Instituts Pasteur: le CNR reçoit des isolats à identifier et accueille des chercheurs extérieurs.

Mis à jour le 14/04/2021