Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/un isolat »

Toute demande au CNR n’est prise en compte que si elle est accompagnée des renseignements notamment cliniques, à mentionner sur la feuille de demande d'analyse (ou fiche de renseignement) fournie par le CNR et devant accompagner l’échantillon

ANALYSES

- Recherche et identification moléculaire des bactéries du genre Bordetella par PCR en temps réel (PCR-TR)

• Typage moléculaire de Bordetella pertussis par PCR-TR
• Typage moléculaire de Bordetella parapertussis par PCR-TR
• Typage moléculaire de Bordetella holmesii par PCR-TR
• Typage moléculaire de Bordetella bronchiseptica par PCR-TR

- Identification moléculaire des espèces particulières de Bordetella par séquençage de l’ARN 16S
- Identification bactérienne par spectrométrie de masse (MALDI Biotyper)
- Antibiogramme (méthode des disques et si besoin détermination de la CMI avec les Etest)

EXPERTISES

Techniques utilisées: 

• Analyse de la production des déterminants de virulence des isolats, en particulier les toxines et adhésines bactériennes. Cette mise en évidence est faite soit par des dosages enzymatiques soit grâce à l’utilisation de sérums polyclonaux ou monoclonaux spécifiques des antigènes. Les toxines sont la toxine de pertussis ou PT, l’adényl cyclase-hémolysine ou AC-Hly. Les adhésines sont l’hémaglutinine filamenteuse ou FHA, la pertactine ou PRN et les protéines fimbriales ou FIM.
• Electrophorèse en champs pulsés ou ECP qui permet l’analyse du chromosome des isolats reçus. Les profils de restriction du chromosome obtenus après coupure par une enzyme de restriction sont d’une part, comparés entre eux, et d’autre part, aux souches vaccinales. Lorsque des profils différents sont observés, ils sont comparés à ceux obtenus à partir d’isolats collectés dans les pays étrangers. Lorsqu’un isolat particulier est collecté, les gènes codant certaines toxines et adhésines sont séquencés dans l’unité Prévention et Thérapie Moléculaires des Maladies Humaines (PTMMH).
• Multi Locus Sequence Typing ou MLST pour l’étude phylogénétique de l’espèce bronchiseptica, afin de comparer notamment  les isolats d’origine humaine et ceux d’origine animale.

Collection des échantillons cliniques

Activités d’expertise: 
- Evaluation des milieux de cultures mis sur le marché,
- Evaluation des techniques de diagnostic,
- Evaluation des trousses mises sur le marché pour le diagnostic par PCR TR.

Renseignements sur les techniques de diagnostics biologiques:

• Aide à la mise en place des techniques de diagnostics biologiques dans les laboratoires : PCR en temps réel, culture. 
• Plusieurs trousses commerciales pour réaliser un diagnostic de détection du matériel génétique des espèces soit de B. pertussis, de B. bronchiseptica, de B. holmesii (pas de différentiation possible) soit de B. parapertussis, ont été testées par le CNR seul ou en collaboration avec des laboratoires de bactériologie du réseau RENACOQ (Réf. article Ph. Lanotte, JCM, 2011).
• Nous recommandons d'utiliser les trousses commercialisées par : 
• Biomérieux (fabricant ARGENE) avec contrôle d'extraction et d'inhibition de l'amplification génique inclus dans la trousse.
• Cepheid avec contrôle interne inclus dans la trousse.
• Bio-Evolution avec contrôle cellulaire d'extraction inclus dans le coffret.

Organisation de contrôle qualité (CQ), nous contacter.

SURVEILLANCE

L’analyse des activités du CNR permet d’établir des tendances et d’en fournir les résultats aux autorités sanitaires. Un rapport détaillé des activités du CNR est ainsi fourni annuellement à la La Direction Générale de la Santé (DGS) et à Santé Publique France (SPF). Il est accessible en ligne l’année suivante après validation par les autorités de tutelles.

COLLECTION D’ISOLATS CLINIQUES

Le CNR conserve tous les isolats cliniques de Bordetella reçus et possède une collection de plus de 3000 isolats. Ils sont conservés dans un mélange SPGlycerol/BSA entre -65°C et -90°C (4/5 des tubes) et dans l’azote liquide (1/5 des tubes).

FORMATION

• Cours de formation pour les professions médicales et formation de stagiaires issus du milieu hospitalier,
• Cours de formation pour les professions médicales,
• Activité de vulgarisation dans le cadre des journées portes ouvertes ou visites des écoles.

Transfert de techniques de diagnostic mises au point par le CNR dans les centres hospitaliers contribuant à la surveillance épidémiologique de la coqueluche en France et au Laboratoire Cerba.

Les laboratoires de microbiologie hospitaliers effectuant régulièrement des contrôles qualité avec le CNR sont :

• le laboratoire Cerba à Saint-Ouen l'Aumône,
• le laboratoire Hautepierre à Strasbourg,
• l’hôpital Universitaire Robert-Debré à Paris,
• le centre hospitalier Universitaire Necker - enfants malades à Paris
• le centre hospitalier Universitaire de Nantes,
• le centre hospitalier Universitaire de Poitiers,
• le centre hospitalier Universitaire Jean Minjoz de Besançon,
• le centre hospitalier Universitaire de Saint-Etienne,
• le centre hospitalier de Chambéry,
• l’hôpital d’instruction des armées Robert Picqué à Bordeaux,
• le centre hospitalier Universitaire de Brest,
• le centre hospitalier Universitaire de Limoges,
• le centre hospitalier Universitaire de Reims,
• le centre hospitalier Universitaire de Tours,
• le centre hospitalier Universitaire de Bordeaux,
• le centre hospitalier Universitaire de Nancy,
• le centre hospitalier universitaire d'Angers,
• le centre hospitalier universitaire de Caen,
• le centre hospitalier régional d'Orléans,
• le centre hospitalier de Cahors,
• le centre hospitalier universitaire de Clermont-Ferrand,
• le centre hospitalier universitaire de Toulouse,
• le centre hospitalier universitaire de Aix-en-Provence,
• le centre hospitalier universitaire de Lyon,
• les hôpitaux civils de Colmar,
• le centre hospitalier universitaire de Dijon,
• le centre hospitalier universitaire de Amiens,
• le centre hospitalier universitaire de Lille,
• le centre hospitalier universitaire de Rouen,
• l'hôpital Antoine Béclère à Clamart,
• l'hôpital d'instruction des Armées de Bégin,
• le centre hospitalier Universitaire de Montpellier,
• le centre hospitalier de Versailles,
• l'hôpital L. Mourier à Colombes,
• le centre hospitalier Universitaire de Toulon,
• le laboratoire Lavergne à Paris.

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

National
1. Avec Santé Publique France (SPF) et la DGS : participation au Réseau National de Surveillance Hospitalier de la Coqueluche (R.E.N.A.C.O.Q.), mis en place depuis avril 1996. Outre Santé Publique France (SPF) et le CNR, ce réseau comprend 42 bactériologistes et 42 pédiatres de Centres hospitaliers.
2. Avec le réseau du Collège de Bactériologie, de Virologie et d’Hygiène des Hôpitaux Généraux de France

 Internationales (dont européennes)
1. Avec le réseau européen EUPERTSTRAIN : Organisation de réunions européennes pour le développement :
- de techniques des analyses des isolats cliniques et,
- de diagnostics biologiques des bordetelloses.
2. Avec le Réseau International des Instituts Pasteur: le CNR reçoit des isolats à identifier et accueille des jeunes chercheurs en formation.

Réseau International des Instituts Pasteur

Mis à jour le 09/12/2014