Activités du CNR de la coqueluche et autres bordetelloses

Avant tout envoi, consulter la rubrique " Envoyer un échantillon/un isolat "

Toute demande d’analyse adressée au CNR n’est prise en compte que si l’échantillon est accompagné de la feuille de demande d'analyse (ou fiche de renseignement) fournie par le CNR et recueillant des renseignements notamment cliniques, relatifs à l’échantillon.

ANALYSES QUI PEUVENT ÊTRE DEMANDÉES AU CNR

Le CNR ne réalise pas de PCR à visée diagnostic de première intention à partir d’échantillons cliniques. Ces tests sont effectués en pratique courante par les laboratoires de biologie médicale.

Le CNR réalise :

1) POUR UN ISOLAT : Confirmation de l’identification selon les méthodes de référence (MALDI-TOF et séquençage génomique en cas d’une nouvelle espèce).

2) POUR UN PRÉLÈVEMENT SUSPECTÉ DE CONTENIR OU CONTENANT UNE BORDETELLE 

a. Confirmation de l’identification moléculaire du genre Bordetella par PCR en temps réel (cibles IS481/IS1001) si nécessaire.

b. Si la PCR IS481 ou/et IS1001 est (sont) positive(s) : identification de l’espèce de Bordetella par PCR en temps réel (cibles spécifiques d’espèce). Les espèces concernées sont B. pertussis, B. parapertussis, B. holmesii et B. bronchiseptica.

c. Mise en culture de B. pertussis et B. parapertussis pour caractérisation des souches circulantes et suivi de l'évolution des espèces

* Il est demandé d’envoyer l’ADN extrait du prélèvement au CNR plutôt que le prélèvement.

EXPERTISES REALISÉES

Dans le cadre de ses activités de surveillance épidémiologique et de recherche le CNR réalise :

1. La caractérisation des souches bactériennes 
   - Génotypage des souches bactériennes par séquençage génomique : analyse du core génome (cgMLST ; Bouchez et al. 2018, EID 24(6):988-994 ; https://bigsdb.pasteur.fr/bordetella/).
   - Typage des gènes d’antigènes vaccinaux : les séquences des gènes d’intérêt (promoteur de la toxine pertussis (PT) et sous-unité S1 de la PT; l’hémagglutinine filamenteuse (FHA) ;  fimbriae)  sont extraites des données génomiques et comparées à celles des souches de référence et des souches vaccinales à l’aide de la plateforme BIGSdb (https://bigsdb.pasteur.fr/bordetella/).
   - Vérification de la production des protéines vaccinales déterminants de virulence : avec des anticorps monoclonaux spécifiques, par agglutination et/ou immunofluorescence pour les protéines fimbriales (FIM2/FIM3) ; avec des anticorps polyclonaux spécifiques, par immuno-empreinte (Western blot) pour la PT, FHA et la pertactine (PRN).
   - Vérification de la sensibilité des souches bactériennes aux antibiotiques et de l’absence de mutation induisant une résistance aux macrolides : pour les isolats cliniques envoyés ou isolés au CNR, la sensibilité aux antibiotiques (ampicilline, céfalexine, streptomycine, érythromycine, azithromycine, clarithromycine, triméthoprime/sulfaméthoxazole = cotrimoxazole) est testée par la méthode de diffusion en gélose à partir de disques. Nous réalisons aussi la vérification de l’absence de mutation induisant une résistance aux macrolides directement à partir des données génomiques via la plateforme BIGSdb.
   - Vérification de la production des autres déterminants de virulence : par visualisation sur gélose au sang de l’hémolyse, qui est une des activités de la toxine adényl cyclase-hémolysine.

2. Des recommandations sur les techniques de diagnostic biologique
   Le CNR peut dans certains cas évaluer des milieux de culture mis sur le marché ; ou des nouvelles techniques ou trousses de diagnostic et aider à la mise en place des techniques de diagnostic biologique dans les laboratoires (PCR en temps réel et culture).

Le CNR ne réalise pas de contrôles qualité externes, mais si vous souhaitez participer à un contrôle qualité, le CNR peut vous indiquer des fournisseurs. Merci de nous contacter.

SURVEILLANCE

• L’analyse des activités du CNR permet d’établir des tendances et d’en fournir les résultats aux autorités sanitaires. Un rapport détaillé des activités du CNR est ainsi fourni annuellement à  Santé publique France. Il est accessible en ligne l’année suivante après validation par les autorités de tutelle
• Le CNR participe à l’investigation de phénomènes épidémiques (mise en culture de prélèvement, séquençage génomique et génotypage de souches)
• Le CNR contribue aux réseaux de surveillance nationaux (RENACOQ) et internationaux, en particulier européens (EUpertStrain)

COLLECTION D’ISOLATS CLINIQUES

Le CNR conserve tous les isolats cliniques de Bordetella reçus ou isolés et possède une collection de plus de 3000 isolats. Ils sont conservés dans un mélange SPG/BSA entre -65°C et -90°C et dans l’azote liquide.

FORMATION

• Les membres des CNR participent à de la formation universitaire ou professionnelle continue. N’hésitez pas à nous contacter.
• Accueil de stagiaires, doctorants, post-doctorants et scientifiques extérieurs
• Transfert de techniques de diagnostic mises au point par le CNR dans les centres hospitaliers contribuant à la surveillance épidémiologique de la coqueluche en France et à l’étranger.
   

COLLABORATIONS ET RESEAUX

Nationales

1. Avec Santé publique France (SpF) : participation au Réseau National de Surveillance Hospitalier pédiatrique de la Coqueluche (RENACOQ), mis en place depuis avril 1996. Outre SPF et le CNR, ce réseau comprend 42 groupes de bactériologistes et de pédiatres de Centres hospitaliers répartis dans toute la France.
2. Avec le réseau du Collège de Bactériologie, de Virologie et d’Hygiène des Hôpitaux Généraux de France (Col BVH).

 Internationales (dont européennes)

1. Avec le réseau européen EUpertStrain : collaborations européennes pour le développement :
- de techniques d’analyse des isolats cliniques ;
- de diagnostic biologique des bordetelloses.
2. Avec le Réseau International des Instituts Pasteur: le CNR reçoit des isolats à identifier et accueille des chercheurs extérieurs.

Mis à jour le 21/07/2023