La grippe aviaire est une maladie virale qui sévit chez les oiseaux, et dont le taux de mortalité est très élevé chez les oiseaux d’élevage (poulet, oies, etc.). Si la plupart des virus aviaires n’infectent pas l’homme, certains sous-types parviennent parfois à franchir la barrière des espèces : c’est le cas du virus H5N1, pathogène pour l’homme et présent en Asie. A l’heure actuelle, la transmission du virus ne se fait que de l’animal à l’homme, mais les autorités sanitaires redoutent une évolution du virus vers une forme transmissible d’homme à homme, porte ouverte à une pandémie.

La grippe est une infection respiratoire contagieuse due aux virus influenza, dont la particularité est la grande variabilité génétique. C’est un enjeu de santé publique du fait des épidémies saisonnières qui touchent chaque hiver 2 à 6 millions de personnes en France, avec un excès de mortalité attribuable à la grippe d’environ 10 000 décès, principalement chez les sujets fragiles. Le risque pandémique associé à la grippe zoonotique constitue également un enjeu majeur de santé publique. En dehors des mesures d’hygiène la vaccination annuelle contre la grippe reste le moyen le plus efficace de se protéger.  

Les fièvres typhoïde et paratyphoïde sont des maladies infectieuses potentiellement mortelles en l’absence de traitement. Ces fièvres surviennent le plus souvent dans des zones où l’hygiène est précaire et frappent principalement les pays en voie de développement. En France, de 100 à 150 cas sont répertoriés chaque année chez des voyageurs ou des personnes originaires de zones d’endémie (Afrique, Asie, Amérique latine).

Escherichia coli (E. coli) est une bactérie qui réside dans le tube digestif de l’être humain et des animaux à sang chaud. La majorité des souches de E. coli sont inoffensives, quelques-unes seulement sont pathogènes pour l’humain. C’est le cas des souches de E. coli dites entérohémorragiques (ECEH). Régulièrement, des souches de ECEH sont la cause d’intoxications alimentaires via la consommation de produits animaux (viande ou produits laitiers) mal cuits ou consommés crus. Les fruits et les légumes frais, ayant été en contact avec des ECEH peuvent être également à risque. 

Le virus Ebola est responsable de fortes fièvres et d'hémorragies souvent mortelles pour l'homme. Le taux de létalité se situe entre 30 et 90% selon les épidémies et l'espèce virale. Le réservoir naturel du virus serait la chauve-souris. Le virus Ebola a été découvert en 1976, lors des deux flambées épidémiques au Soudan et en République démocratique du Congo. Depuis, une vingtaine de flambées épidémiques sont apparues en Afrique Centrale. En décembre 2013, le virus a atteint l’Afrique de l’Ouest, région qui était jusqu’alors épargnée par la maladie. En 2014, il provoque la plus grande épidémie connue jusqu’à présent. Depuis, il a réémergé à plusieurs reprises en RDC, mais aussi en Guinée en 2021. L’enjeu des recherches actuelles est de poursuivre le développement des traitements et des outils diagnostiques pour le traitement et le dépistage de la maladie.

La Diphtérie est une maladie causée par plusieurs espèces de corynebactéries du complexe diphtheriae. La diphtérie typique est une infection respiratoire qui induit des atteintes du système nerveux central,  de la gorge ou d’autres organes, entraînant la mort par asphyxie. Plus fréquentes, les infections cutanées sont souvent moins graves. Il existe un vaccin efficace, obligatoire pour les enfants et les professionnels de santé, pour lequel il est recommandé de suivre le calendrier vaccinal toute sa vie.

Considérée longtemps par erreur comme une maladie de la petite enfance, la coqueluche peut être sévère à tout âge. Cette infection bactérienne est particulièrement dramatique, voire mortelle, pour les jeunes nourrissons, non ou partiellement vaccinés, et les personnes à risque telles que les femmes enceintes et les personnes âgées. 

La cryptococcose est une infection fongique grave. Elle survient chez les patients immunodéprimés. La forme clinique la plus fréquente de cette infection est une méningo-encéphalite, fatale en l’absence de traitement.

Le choléra est une maladie diarrhéique épidémique, strictement humaine, due à des bactéries appartenant aux sérogroupes O1 et O139 de l’espèce Vibrio cholerae. Ce bacille fût initialement observé par Pacini en 1854 puis isolé en 1883 par Robert Koch en Inde. La bactérie V. cholerae sérogroupe O1, biotype El Tor, est répandue sur toute la planète, qui subit actuellement la septième pandémie de choléra. L’Organisation mondiale de la santé estime à près de 3 millions le nombre de cas et à plus de 95 000 le nombre de décès dus à cette maladie chaque année dans le monde. Toutes les régions du monde déclarent des cas de choléra, l’Afrique est le continent le plus touché et concentre plus de 50% des cas. Le taux global de létalité a été de 1,8%, en 2016, mais a dépassé les 6% parmi les groupes vulnérables résidant dans des zones à haut risque.

Le virus du chikungunya, transmis à l’homme par la piqûre du moustique tigre (Aedes albopictus) ou du moustique Aedes aegypti, provoque chez les patients des douleurs articulaires aiguës qui peuvent être persistantes. Les traitements existants sont uniquement symptomatiques. La maladie est endémique principalement en Asie du Sud et en Afrique. En 2005, une importante épidémie de chikungunya a touché les îles de l’Océan Indien et notamment, l’Île de La Réunion, avec plusieurs centaines de milliers de cas déclarés. En 2007, la maladie a fait son apparition en Europe, où un des moustiques vecteurs, Aedes albopictus, s’est établi. Les premiers cas autochtones dans le Sud de la France ont été recensés en 2010. Fin 2013 et en 2014, le chikungunya s’est propagé aux Antilles et a atteint le continent américain.  Actuellement en France, 64 départements rassemblent toutes les conditions propices à l’émergence du chikungunya : la présence du moustique vecteur dans la région, la température et l’humidité favorables à l’éclosion des œufs et de nombreux voyageurs revenant de pays où le virus du chikungunya circule.