The chikungunya virus, transmitted by Aedes mosquitoes, AKA tiger mosquitos, causes severe, and sometimes persistent, joint pain in affected patients. Both Aedes albopictus and Aedes aegypti mosquitos transmit the virus. Existing treatment options are purely symptomatic. The disease is mainly endemic in South Asia and Africa. In 2005, a major chikungunya epidemic struck the islands in the Indian Ocean, particularly Reunion Island, with hundreds of thousands of reported cases. In 2007, the disease arrived in Europe for the first time, and the mosquito vector Aedes albopictus established itself on the continent. The first indigenous cases in the south of France were reported in 2010. At the end of 2013 and during 2014 chikungunya spread in the West Indies and reached the American continent. Currently in France, 64 departments present all of the conditions conducive to the emergence of chikungunya: the vector mosquito's presence in the region, temperature and humidity that support the hatching of eggs, and many travelers returning from countries where the chikungunya virus circulates.

Aspergillosis is a term that refers to any infection caused by fungus (mold) belonging to the genus Aspergillus, whose spores are present in the air and breathed in by people every day. While Aspergillus is entirely harmless for most individuals, the spores can cause various forms of mycosis. The species Aspergillus fumigatus is responsible for more than 80% of human cases of aspergillosis.

Amebiasis is one of the most deadly parasitic diseases in the world (after malaria and schistosomiasis). Around 10% of the global population is thought to be infected with parasitic amoebae of the genus Entamoeba, the most pathogenic of which is Entamoeba histolytica, the amebiasis agent. Infection is often asymptomatic but it may result in multiple complications.

En 2012, un nouveau virus respiratoire fait son apparition en Arabie Saoudite. Baptisé MERS-CoV pour Coronavirus du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient, il touche le tractus respiratoire et est responsable de fièvre et de toux, pouvant entrainer la mort dans environ 30% des cas. Le virus est alors détecté dans plusieurs pays du Moyen-Orient. Depuis, 1219 cas ont été diagnostiqués, provoquant 449 morts. Quelques cas ont été détectés en Europe, dont 2 cas en France en 2013. Le 20 mai 2015, un cas provenant du Moyen-Orient est identifié en Corée du Sud, contaminant à ce jour (16 juin 2015) indirectement 154 personnes, dont 19 mortellement. A l’heure actuelle, aucun traitement spécifique ou vaccin n’est disponible contre ce virus. L’enjeu actuel est de contenir l’épidémie, puis de poursuivre les efforts de recherche pour mettre au point un vaccin et un traitement.

Le virus West Nile (ou virus du Nil occidental) est transmis à l’homme par les moustiques. Il entraîne une fièvre brutale, parfois associée à des complications neurologiques qui peuvent être sévères chez de nombreuses espèces animales. Depuis sa première identification en Afrique de l’Est, le virus a été identifié sur l’ensemble des continents. Aujourd’hui, il est endémique dans le pourtour méditerranéen, en Europe Central et en Amérique du Nord où il est responsable de cas humains mortels comme il a été observé en Grèce continental, en Italie du Sud et aux Etats-Unis.

La tuberculose reste une maladie infectieuse de première importance au niveau mondiale, avec plus que 10 millions de cas, entraînant 1,4 millions de morts chaque année. La synergie avec l’épidémie de sida et l’émergence de souches de Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch) multirésistantes aux antibiotiques et aux agents chémothérapeutiques contribuent à aggraver l’impact de cette maladie, considérée par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme une urgence sanitaire au niveau planétaire. Malgré l’énorme problématique sanitaire et sociale autour de la tuberculose, il y a certains progrès à noter. En effet, l’OMS estime qu’entre 2000 et 2019, 63 millions de vie ont été sauvées grâce au diagnostic et traitement de cette maladie, mais le futur de ce bilan prometteur risque d’être impacté par le pandémie de COVID-19, qui entraîne de nombreuses perturbations aux centre de dépistages et traitements.

L’Institut Pasteur est également promoteur d’un essai de thérapie génique pour le syndrome de Sanfilippo de type B, qui a débuté en octobre 2013, et qui a concerné quatre enfants âgés d’un an et demi à quatre ans. Des résultats ont été publiés le 13 juillet 2017 dans la revue Lancet Neurology. Après un suivi de 48 mois des quatre enfants traités, les scientifiques ont conclu que le traitement est sûr et bien toléré. Il est associé à une modification de l’évolution naturelle de la maladie chez certains des enfants traités. L’amélioration des performances neurocognitives semble être corrélée au traitement dès le plus jeune âge.Le syndrome de Sanfilippo est une maladie neurologique rare, incurable, d’origine génétique. Les premières manifestations dans l’enfance sont un retard d’acquisition cognitive et des troubles du comportement, qui évoluent progressivement vers une régression sévère des acquis psychomoteurs et un polyhandicap. La maladie est responsable d’une mort prématurée au début de l’âge adulte.

Les infections à streptocoques A (Streptococcus pyogenes) et B  (Streptococcus agalactiae) sont fréquentes. Ces deux bactéries font partie de la flore commensale et ne causent des symptômes que dans certaines conditions (pathogène opportuniste) ou chez des personnes à risque. Le streptocoque A est responsable de nombreuses infections bénignes (angine, impétigo) mais peut également être responsable d’infections invasives parfois mortelles (syndrome de choc toxique, fasciite nécrosante). Le streptocoque B est responsable d’infections invasives graves (bactériémie, méningite) chez les nouveau-nés.

Le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) est la première maladie grave et transmissible à émerger en ce XXIe siècle. L’épidémie, partie de Chine fin 2002, a éclaté au niveau mondial en 2003 faisant plus de 8000 cas et près de 800 morts. Grâce à une mobilisation internationale sans précédent, motivée par l’alerte mondiale déclenchée le 12 mars 2003 par l’OMS, l’épidémie a pu être endiguée par des mesures d’isolement et de quarantaine. De même, l’agent causal du SRAS, un coronavirus inconnu jusqu’alors, a pu être rapidement identifié.

Le sepsis est le terme anglo-saxon et international employé pour caractériser une réponse inflammatoire généralisée associée à une infection grave. Le terme septicémie, créé en 1837 par le médecin français Pierre Piorry, à partir des mots grecs « Σήψις » (sêptikós), putrefaction, et « αίμα » (haîma), sang, désigne la présence de bactéries (voire de champignons ou de virus) dans le sang. Le sepsis affecte principalement les individus déjà fragilisés, les nouveau-nés et les personnes âgées, mais peut atteindre des personnes sans affection préalable. Au niveau mondial, on estime à 11 millions le nombre de décès par an des suites d’un sepsis. Les projections dans l’avenir suggèrent un doublement du nombre de cas d’ici cinquante ans, en particulier en raison du vieillissement de la population.