Activités du CNR des Méningocoques et haemophilus influenzae

Avant tout envoi, consulter la rubrique " Envoyer un échantillon/une souche"

Toute demande au CNR doit être accompagnée des renseignements notamment cliniques, à mentionner sur la fiche de renseignement (PDF - 17 Ko) fournie par le CNR et devant accompagner l’échantillon.

ANALYSES

L’isolement du méningocoque et d’Haemophilus influenzae à partir des prélèvements biologiques reste délicat à cause de la fragilité de ces bactéries, de la nécessité de conditions de transport et de conservation contraignantes ainsi que de l’antibiothérapie précoce de plus en plus pratiquée. Les méthodes moléculaires (PCR) permettent désormais un diagnostic, même en cas d’échec de la culture, avec indication du sérogroupe du méningocoque ou du sérotype d’H. influenzae. Le CNR des méningocoques et Haemophilus influenzae a mis au point une technique de PCR en temps réel de diagnostic direct sur produit pathologique permettant d’établir l’étiologie lorsque la culture a échoué. Cette technique est utilisable par tout laboratoire disposant des compétences et installations pour le diagnostic par PCR. Cette technique permet de détecter la présence de l’ADN du méningocoque ou d’H. influenzae et de déterminer les types capsulaires.
 

Diagnostic par PCR effectué par le CNR à la disposition des centres hospitaliers

EXPERTISES

Le typage complet des souches et prélèvements primaires est réalisé par une approche moléculaire selon les recommandations de l’EMGM.
 

Techniques utilisées 

- Pour N. meningitidis :

• Identification conventionnelle et moléculaire

• Détermination du sérogroupe: A, B, C, Y, W et sérogroupes rares

• Amplification génique (PCR) à partir des prélèvements primaires des sites normalement stériles (Sang, liquide cérébrospinal (LCS), liquide articulaire, liquide péricardique, biopsie cutanée...) en cas d’échec de la culture

• Antibiogramme standardisé, techniques spécifiques aux Neisseria + CMI (concentration minimale inhibitrice) de la pénicilline G, l’amoxicilline, la céfotaxime, la rifampicine, la ciprofloxacine et la kanamycine.

• Typages génétiques: Pour les souches isolées d’infections invasives sont soumises au séquençage du génome entier (Whole genome sequencing, WGS). Les données de séquençages permettent d’extraire les informations nécessaires pour déterminer le génotype de la souche. Pour les prélèvements biologiques dont le diagnostic est positif pour méningocoque, le typage est effectué par MLST (Multilocus sequence typing) et le séquençage des régions variables VR1 et VR2 du gène porA et de la région variable du gène fetA.

- Pour Neisseria sp.

• Identification bactériologique approfondie (caractères biochimiques)

•  Antibiogramme standardisé, pour la détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) de la pénicilline G, l’amoxicilline, la céfotaxime et la rifampicine.

- Pour H.influenzae :

• Identification bactériologique et moléculaire

• Détermination du sérotype capsulaire : a, b, c, d, e et f ou non typable.

• Amplification génique (PCR) à de prélèvements primaires de sites normalement stériles (Sang, liquide cérébrospinal (LCS), liquide articulaire, liquide péricardique, biopsie cutanée…) en cas d’échec de la culture.

• Antibiogramme standardisé, techniques spécifiques aux H.influenzae +CMI (concentration minimale inhibitrice) de l’ampicilline, l’amoxicilline, l’amoxicilline/acide clavulinique, la céfotaxime, la ciprofloxacine, la rifampicine et trimethoprime-sulfamethoxazole.

• Typages génétiques: Séquençage du génome entier des souches invasives pour déterminer la séquence type et explorer les mécanismes de résistance aux antibiotiques.

Expertises effectuées par le CNR à la disposition des centres hospitaliers

ECHEC VACCINAL

On parle d’échec vaccinal lors de la survenue d’une infection invasive à méningocoque ou à H.influenzae b chez un sujet vacciné. Différentes causes pouvant en être responsables, ces échecs doivent être inventoriés et répertoriés pour un bénéfice à la fois individuel et collectif. Nous avons élaboré avec SpF un algorithme d’explorations à réaliser. Ces explorations sont intégrées dans la circulaire de la Direction Générale de la Santé (Instruction nº DGS/SP/2018/163 du 27 juillet 2018 relative à la prophylaxie des infections invasives à méningocoque).

Fiche de renseignements en cas d'échec vaccinal

VOLUME D’ACTIVITÉ MOYEN

Environ 500 souches de méningocoque, dont plus de 75% sont isolées à partir du liquide cérébrospinal (LCS) et du sang, et environ 500 souches d’H. influenzae dont 50% correspondent à des souches invasives isolées dans le sang sont analysée chaque année au CNR. En plus, environ 250 prélèvements primaires (en majorité LCS et sang) ont été traités en 2018. Les souches comme les prélèvements sont envoyés essentiellement par des laboratoires hospitaliers (Centres Hospitalo-Universitaires - Centres Hospitaliers Régionaux ou Généraux) et par des laboratoires d'analyses médicales.

Fiche de renseignements en cas d'échec vaccinal

SURVEILLANCE

• Grâce à l’expertise des souches/prélèvements adressés par ses principaux laboratoires correspondants, et aux informations cliniques et épidémiologiques les accompagnants, le CNRMHi peut en lien avec Santé Publique France contribuer à :

• Documenter les tendances spatiales et temporelles des souches de méningocoques et H. influenzae isolées en France.

• Documenter la distribution des souches en fonction de leurs phénotypes et génotypes.

• Documenter la fréquence des souches ayant des résistances aux antibiotiques.

• Détecter précocement l’augmentation anormale du nombre de cas au niveau national ou international.

• Alerter les autorités sanitaires (DGS et SpF) sur la survenue de cas groupés (regroupement de cas de même infection, dues à la même souche sans liens identifiés) et d’épidémies (filiation évidente entre les cas).

COLLECTION DE SOUCHES

Le CNRM dispose d’une collection de plus de 30000 souches entre Neisseria et H. influenzae. La collection des souches d’H. influenzae toute récente remonte à la nomination du CNR pour un nouveau mandat en 2017, date à partir de laquelle le périmètre d’activité du CNR s’est étendu à H. influenzae.

FORMATION

Le CNRMHi participe régulièrement aux formations organisées par SpF pour les acteurs de terrain sur l'épidémiologie moléculaire appliquée à la surveillance et au contrôle des maladies infectieuses. Le CNR répond favorablement à toute sollicitation de formation par les agences régionales de la santé (ARS) pour répondre aux interrogations pratiques des professionnels de la santé. Nous répondons également à toute demande d’intervention sur le terrain, soit pour l’investigation de cas groupés ou supposés tels, soit pour toute demande de formation.

Le CNRMHI reçoit régulièrement des stagiaires de santé publique et participe activement à leur formation. Les travaux de recherche et les synthèses de travaux et d’expertises sont régulièrement publiés dans la presse scientifique et médicale et communiqués dans des congrès à l’échelle nationale et internationale.

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

Nationales

• Avec SpF, les ARS et la DGS

• Le réseau de correspondants nationaux comporte plus de 700 laboratoires hospitaliers ou privés qui adressent les souches/prélèvements primaires pour confirmation et typage complet.

Internationales

• Le CNRMHi est un centre Collaborateur OMS (ccOMS) pour les méningites bactériennes depuis Novembre 2011. Il participe à ce titre à des études épidémiologiques à l'étranger, notamment en Afrique, en collaboration avec certains Instituts Pasteur du Réseau International de l’Institut Pasteur et avec les autres Centres Collaborateurs OMS pour les méningities bactériennes. 

• Le CNRMHi fait également partie d’un réseau Européen " European Monitoring Group on Meningococci and H. influenzae" (EMGM) pour la surveillance des infections invasives à méningocoque et H. influenzae en Europe. Au sein de ce réseau le CNRMHi est particulièrement concerné par :

• La mise au point de méthodes rapides de diagnostic et de typages directement sur produits pathologiques : PCR et séquences d'ADN.

• La surveillance de l'antibiosensibilité et la standardisation des antibiogrammes.

Mis à jour le 05/06/2020