Vibrions et choléra

Activités du CNR des Vibrions et du Choléra

  1. Vibrions et choléra
  2. Activités du CNR des Vibrions et du Choléra

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/une souche »

Toute demande au CNR n’est prise en compte que si elle est accompagnée des renseignements notamment cliniques, à mentionner sur la feuille de demande d'analyse (PDF - 273 Ko) fournie par le CNR et devant accompagner l’échantillon.

ANALYSES

  • Identification par des techniques bactériologiques classiques et moléculaires et par des techniques sérologiques (agglutination) des vibrions cholériques (V. cholerae O1 et O139)
  • Identification par des techniques bactériologiques classiques et moléculaires des espèces de vibrions non cholériques pathogènes pour l’homme.
  • Recherche par PCR des gènes codant pour des facteurs de pathogénicité des espèces de vibrions pathogènes pour l’homme .

EXPERTISES

  • Recherche des vibrions cholériques à partir de prélèvements
  • Évaluation de la sensibilité des souches aux anti-infectieux.
  • Mesure du titre d’anticorps vibriocides de sérums vis à vis des vibrions cholériques
  • Typage moléculaire des souches de vibrions.
  • Sérotypage des souches de V. parahaemolyticus d’origine humaine.

1. Techniques disponibles

  • Recherche des vibrions cholériques à partir de prélèvements par des techniques classiques d’enrichissement/isolement en milieux sélectifs. Cette recherche est effectuée en fonction du contexte épidémiologique ; sont essentiellement concernés des prélèvements en provenance de l’étranger, reçus d’organisations non gouvernementales (ONG) internationales comme Médecins Sans Frontières (MSF)
  • Recherche par PCR classique ou en temps réel des gènes i) spécifiques de l’espèce V. cholerae, ii) codant pour la toxine cholérique iii) codant pour les gènes responsables de la spécificité antigénique O du LPS (O1 et O39), à partir des prélèvemens.
  • Identification par des techniques bactériologiques classiques et moléculaires et par des techniques sérologiques (agglutination) des espèces de vibrions pathogènes pour l’homme.
  • Recherche par PCR des gènes codant pour des facteurs de pathogénicité : larecherche par PCR des facteurs de pathogénicité est appliquée à toutes les souches, qu’elles soient d’origine humaine, alimentaire ou environnementale, appartenant aux espèces V. cholerae (sous-unités A et B de la toxine cholérique) et V. parahaemolyticus (hémolysines TDH et TRH). 
  • Évaluation de la sensibilité aux anti-infectieux.
  • Diagnostic sérologique basé sur la mesure du titre d’anticorps vibriocides de sérums vis à vis des vibrions cholériques
  • Typage moléculaire des souches de vibrions :

           - Electrophorèse en champ pulsé après macrorestriction enzymatique de l’ADN

           - Analyse des régions VNTR (MLVA) pour toutes les souches d’origine humaine.

  • Détermination de la résistance aux agents antibactériens par la réalisation d’un antibiogramme par diffusion en milieu gélosé pour toutes les souches isolées chez l’homme, à des fins de suivi épidémiologique, éventuellement détermination de CMI par Etest®

SURVEILLANCE

Vibrions cholériques
Le CNR est chargé de l’identification des souches de vibrions cholériques responsables de cas de choléra survenant en France, où, comme dans de nombreux pays, cette maladie est à déclaration obligatoire. Un faible nombre de cas de choléra (0 à 5) surviennent chaque année en France et sont presque toujours importés. Lorsqu’une souche suspectée d’être un vibrion cholérique est adressée au CNR, celui-ci contacte immédiatement par téléphone le microbiologiste afin de connaître le contexte clinique et épidémiologique de l’isolement de la souche et de pouvoir évaluer rapidement le risque pour l’entourage immédiat du malade ainsi que pour la collectivité. Toute identification d’une souche de vibrion cholérique sur le territoire français fait l’objet d’un signalement par le CNR, le jour même, par télécopie avec confirmation par courrier, à la DGS et à l’InVS.

Le CNR étudie des souches de vibrions cholériques qui lui sont adressées par des microbiologistes étrangers ainsi que des prélèvements de selles qui lui sont adressés par des organisations humanitaires. Cela lui permet d’étudier les souches de vibrions cholériques circulant dans le monde et donc susceptibles d’être importées en France.

Vibrions non cholériques
Le CNR identifie aussi des souches de vibrions non cholériques d’origine humaine (10 à 15 cas par an). L’espèce V. cholerae (sérogroupes non-O1/non-O139) est prédominante, responsable de septicémies, de gastro-entérites ou d’infections suppuratives. Viennent ensuite l’espèce V. parahaemolyticus, responsable de gastro-entérites, et l’espèce V. vulnificus, responsable de septicémies ou d’infections suppuratives. Pour chaque souche de vibrion non cholérique d’origine humaine identifiée, il est demandé au microbiologiste et/ou au clinicien de remplir une fiche détaillée de recueil de renseignements cliniques et épidémiologiques sur l’exposition du patient (PDF - 273 Ko). Les données ainsi recueillies révèlent, dans la majorité des cas, un contact des patients avec l’eau de mer ou avec des produits de la mer.
A la demande du Ministère de l’Agriculture et de la Pêche et plus particulièrement de la DGAL, le CNR identifie et recherche les facteurs de pathogénicité des souches de vibrions isolées de produits de la mer importés en France, qui lui sont adressées par des laboratoires vétérinaires départementaux. Les espèces V. cholerae, V. parahaemolyticus et V. alginolyticus sont le plus souvent rencontrées. Jusqu’à présent, aucune souche de V. cholerae non-O1/non-O139 possédant les gènes de la toxine cholérique n’a été mise en évidence. Quelques souches de V. parahaemolyticus possèdent les gènes des hémolysines.
Enfin, le CNR étudie, dans le cadre de collaborations, des souches de vibrions non cholériques isolées de l’environnement côtier français.

COLLECTION DE SOUCHES

Toutes les souches reçues au CNR et appartenant au genre Vibrio sont mises en conservation par congélation à -80°C et en azote liquide. Le CNR peut être amené à assurer une distribution de certaines souches, utilisées comme souches de référence (souches témoins de PCR par exemple). Pour toute demande, contacter le responsable du CNR ou la Collection de l’Institut Pasteur (CIP).

FORMATION

Le CNR participe à des enseignements post-universitaires en France et à l’étranger en donnant des cours sur le choléra et sur les vibrions non cholériques. Il participe aussi à des travaux pratiques sur ces thèmes. Ces interventions sont l’occasion de faire connaître le rôle du CNR, de rappeler que le choléra est une maladie à déclaration obligatoire, et que toutes les souches suspectes doivent obligatoirement être envoyées au CNR pour identification ou confirmation de l’identification.
Le CNR reçoit de nombreux stagiaires français ou étrangers pour les former aux méthodes classiques et moléculaires d’étude des vibrions cholériques et non cholériques. Pour tout renseignement sur ces stages, contacter directement le CNR.

Le CNR a publié des revues générales 
- sur le choléra : 
Fournier J.-M., Quilici M.-L. (2007). « Choléra ». La Presse Médicale, Dossier thématique Diarrhées Tropicales, 36, 727-739. 
Quilici M.-L. (2011). Le diagnostic bactériologique du choléra. Revue Francophone des Laboratoires (Elsevier Masson SAS), Dossier Les Maladies Tropicales, 431, 51-65.

- sur les infections à vibrions non cholériques :
Quilici M.-L, Robert-Pillot A. (2011). Infections à vibrions non-cholériques. EMC (Elsevier Masson SAS, Paris), Maladies infectieuses, 8-026-F-15, 2011, 12 p.

En l’absence d’une norme ISO validée (Les normes expérimentales XP ISO/TS 21872-1:2007 et XP ISO/TS 21872-2:2007, Méthodes horizontales pour la recherche des Vibrio spp. potentiellement entéropathogènes, sont en cours de revision), un protocole provisoire de détection de V. cholerae et de V. parahaemolyticus dans les produits de la mer a été élaboré en 2003 en collaboration avec l’Ecole Nationale de la Santé Publique (Rennes) et l’AFSSA (Boulogne-sur-Mer), et remis à jour en 2010.

Enfin, le CNR répond régulièrement par téléphone ou par courrier électronique aux questions posées par des laboratoires de biologie médicale ou des laboratoires vétérinaires sur les méthodes d’isolement et d’identification des vibrions.

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

Au niveau national

  • l’InVS, la DGS,
  •  l’Anses - Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail - la DGAL : Direction Générale de l’Alimentation
  • la DGCCRF : Direction Générale de la Consommation, de la Concurrence et de la Répression des Fraudes
  • l’IFREMER : Institut français de Recherche pour l’Exploitation de la mer
  • Le Laboratoire National Vétérinaire
  • Des laboratoires d’analyses vétérinaires départementaux
  • Des laboratoires français, publics ou privés, de biologie médicale ou d’hygiène des aliments.

Au niveau international

  • l’OMS (Global Task Force on Cholera Control),
  • les Instituts du Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts associés
  • des organisations humanitaires non gouvernementales impliquées dans la prise en charge d’épidémies de choléra, comme MSF.

Mis à jour le 29/05/2015

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