Cours

Microbiologie

Biologie des microorganismes
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Ce cours théorique et pratique de huit semaines présente les avancées les plus récentes en microbiologie moléculaire et cellulaire

Cette formation à la recherche en microbiologie comprend des conférences, des travaux pratiques et des sessions de discussions organisés en quatre modules​.

Informations pratiques

Institut Pasteur
3 septembre-29 octobre 2018
15 juin 2018
En Français

Diplômes

Unité d'enseignement de Master 2 Paris Descartes
Unité d'enseignement de Master 2 Sorbonne Université
Unité d'enseignement de Master 2 Paris Diderot
Diplôme de l'Institut Pasteur
Diplôme d'Université Paris Diderot
Paris-Diderot
Logo de Sorbonne Université - Institut Pasteur

1-Cycle de conférences (2 semaines)

Programme scientifique et encadrement : Françoise Norel et Christophe Beloin (Institut Pasteur)

Cet enseignement en anglais comporte, d'une part, des conférences ayant pour but d'actualiser les connaissances des participants sur les différents domaines de la microbiologie procaryote et eucaryote et d'autre part, des conférences plus spécialisées sur les thématiques en plein essor et les nouveaux outils permettant leur développement.

2-Travaux pratiques sur la biodiversité des communautés aquatiques microbiennes (2 semaines)

Programme scientifique et encadrement : Julie Leloup (Sorbonne Université, Institut de l’Ecologie et des Sciences de l’Environnement, Paris)

L'objectif de ces travaux pratiques est de présenter et mettre en oeuvre différentes approches méthodologiques utilisées dans l'étude comparée de la diversité de communautés microbiennes (cytométrie de flux, bactériologie, biologie moléculaire, spectrométrie de masse et bio-informatique). Une journée est organisée sur le site de Foljuif près de Nemours, afin d’effectuer des prélèvements  de différents écosystèmes aquatiques qui seront ensuite analysés. 

Microbiologie - Institut Pasteur

Ce site est une base d’enseignement et de recherche de l’ENS (Ecole Normale Supérieure), qui abrite des expérimentations de terrain et des laboratoires en Ecologie (CEREEP-Ecotron IleDeFrance ENS/CNRS) http://www.foljuif.ens.fr/index.php

3- Travaux pratiques sur les Archées : Aperçu de la biologie de leurs éléments génétiques mobiles (2 semaines)

Programme scientifique et encadrement: Unité Biologie Moléculaire du Gène Chez les Extrêmophiles dirigée par Patrick Forterre (Institut Pasteur)

Ce module comprendra trois parties. Premièrement, les participants se familiariseront avec le cycle infectieux du virus SIRV2 infectant l'archée hyperthermophile Sulfolobus islandicus. Deuxièmement, ils effectueront la mutagenèse dirigée d'une protéine virale qui forme des pyramides heptagonales à la surface de l'hôte. À la fin du cycle infectieux, les faces de ces pyramides s'écartent, laissant le passage pour la sortie des virions. Les mutants seront testés pour leur capacité à former des pyramides dans une souche de Escherichia coli recombinante. Troisièmement, les participants étudieront la spécificité de l'intégrase de casposon Cas1. Les casposons sont des éléments génétiques mobiles qui incluent un gène codant une intégrase dénommée Cas1, présentant des similitudes dans sa séquence et son mode d'action avec l'enzyme homonyme responsable de l'intégration de nouveaux spacers dans le système CRISPR. In vitro, l'intégration de casposons a lieu préférentiellement au niveau d'une séquence cible d'un vingtaine de nucléotides, qui se retrouve dupliquée à la fin du processus. Afin de déterminer quels nucléotides sont responsables de la spécificité d'intégration, des plasmides comprenant divers variants de la séquence cible seront construits et testés pour leur capacité à servir de cibles efficaces.

 

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Image colorisée d'un pore formé par l'ouverture d'une pyramide à 7 faces générée lors de l'infection de S. islandicus par SIRV2.

4- Travaux pratiques sur un nouveau mécanisme de transfert d’ADN récemment décrit chez Mycobacterium smegmatis (2 semaines)

Programme scientifique et encadrement: Unité Pathogénomique Mycobactérienne Intégrée dirigée par Roland Brosch (Institut Pasteur)

Au cours de ces travaux pratiques, les étudiants seront sensibilisés à un nouveau type de transfert d’ADN présent chez les mycobactéries, aux mécanismes encore obscurs, qui s’apparente à la conjugaison. Le transfert génétique via conjugaison a été relativement peu étudié chez les mycobactéries malgré leur abondance dans l’environnement et la présence en leur sein de pathogènes majeurs de l’homme, tel Mycobacterium tuberculosis, l’agent étiologique de la tuberculose, ou Mycobacterium leprae, agent de la lèpre. Des études récentes ont mis en évidence un mécanisme de transfert d’ADN chez les mycobactéries ayant pu avoir un rôle déterminant dans leur évolution. Au cours de ce TP, ce transfert sera étudié entre 2 souches de Mycobacterium smegmatis, l’une « donneuse » l’autre « receveuse ».

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M. smegmatis est une espèce non-pathogène utilisé comme modèle pour l’étude des mécanismes génétiques chez les mycobactéries. Grâce à diverses approches expérimentales (de bactériologie et de biologie moléculaire) nous explorerons différentes conditions de conjugaison pour lesquelles nous évaluerons l’efficacité du transfert d’ADN. Les « recombinants » générés seront caractérisés et ce, jusqu’au niveau génomique via une analyse comparée basée sur un séquençage à haut débit.

Les candidats doivent avoir de bonnes connaissances en génétique, biologie moléculaire et biochimie du niveau de la fin de première année de Master.

Les candidatures sont évaluées par le Comité du cours.

Le programme du Cours de Microbiologie de l’année précédente 2016 est téléchargeable ici à titre d’information. Certains sujets de conférences et le travail des travaux pratiques peuvent changer d’une année sur l’autre sans pour autant changer les grandes lignes et la philosophie de l’enseignement apporté.

 

Plus d'informations

Directeurs

Françoise Norel, Unité Biochimie des interactions macromoléculaires, Institut Pasteur

Christophe Beloin, Unité de Génétique des biofilms, Institut Pasteur

Chef de travaux

Ingrid Guilvout,

Unité Biochimie des interactions macromoléculaires, Institut Pasteur

Participants
20
Durée
8 semaines
Membres du comité de cours

C. Beloin (Institut Pasteur),

I. Guilvout (Institut Pasteur),

M. Lucas-Hourani (Institut Pasteur),

S. Malot (Institut Pasteur),

X. Nassif* (Université Paris-Descartes),

F. Norel (Institut Pasteur),

V. Ponticelli (Institut Pasteur).

M. Sala (Institut Pasteur),

G. Sezonov* (Sorbonne Université),

I. Verstraete-Martin* (Université Paris-Diderot),

H. Waxin (Institut Pasteur).

 

* Représentants des Universités

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