Cours

Introduction à la Phylogénie Moléculaire

Mécanismes du vivant
|

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels de l’Institut Pasteur à Paris et sur le Réseau International. Il sera réalisé en français.

Informations pratiques

Institut Pasteur
18-22 février 2019
15 décembre 2018
En Français

https://www.pasteur.fr/sites/default/files/styles/media-wide/public/enseignement/nos_programmes_et_nos_cours/cours_pasteur/inceptioncoul_medium.png?itok=zLx0fjOb

Pour le personnel de l'institut pasteur, l'inscription se fait via le service : drh-formation

Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux sous-tendant ces méthodes. Comment maîtriser choix, paramètres et interpréter les résultats des programmes de phylogénie. Enfin, les méthodes bayésiennes abordées sur un plan théorique et pratique, et mettant en œuvre une analyse complexe des données, introduiront des compétences avancées en phylogénie.

Réalisé à l’Institut Pasteur, les travaux pratiques porteront principalement sur l’analyse phylogénétique de (gènes) marqueurs pour l’identification, la caractérisation et le suivi épidémiologique des microorganismes pathogènes.
 

Programme général du cours

Alternance de cours : Acquisition de notions théoriques concernant la phylogénie (15 h) et de TP : Maîtrise des outils et logiciels pour la phylogénie (15 h)

  • Introduction à la phylogénie : principes généraux de l’inférence d’arbres et applications au suivi des maladies infectieuses
  • Manipulation d’arbres, enracinement, lecture et interprétation des arbres
  • Mathématique (simple) des arbres et modèles d'évolution
  • Méthodes de distance et estimation de la fiabilité (bootstrap, consensus …)
  • Méthodes de parcimonie, algorithmes, attraction des longues branches
  • Méthodes de maximum de vraisemblance, tests de branche rapides
  • Approche Bayésienne : le théorème de Bayes, les MCMC, et les probabilités postérieures
  • Processus évolutifs et détection de sélection positive
  • Choix des méthodes, artéfacts et conflits phylogénétiques

Inscription

Ce cours est ouvert aux étudiants en doctorat, aux post-doctorants en stage à l’Institut Pasteur et aux ingénieurs et chercheurs de l’Institut à Paris ou sur le réseau international. Il est ouvert en module optionnel pour les étudiants de master des grandes écoles.

Prérequis :

  • Etre familiarisé avec les banques de données de séquences
  • Avoir déjà utilisé des logiciels de base en bioinformatique (BLAST, alignement, multiple .....)
  • Connaître les notions de base en probabilités et statistiques (tests, distributions usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)

Les demandes seront acceptées dans la limite des 20 places disponibles.

Pour les pasteuriens, il est possible aussi de suivre seulement la formation théorique dans la limite de 10 places disponibles, mais l’inscription par Googledoc : goo.gl/25SD3v (au plus tard le 13 décembre) reste obligatoire.

 

Plus d'informations

Directeurs

Olivier Gascuel (directeur honoraire)

Centre Bioinformatique, Biostatistiques et Biologie Intégrative (C3BI) Institut Pasteur

Chef de travaux

Catherine Dauga

Centre Bioinformatique, Biostatistiques et Biologie Intégrative (C3BI) Institut Pasteur

Participants
20
Durée
5 jours
Membres du comité de cours

C. Boursaux Eudes (Institut Pasteur),
A. Criscuolo (Institut Pasteur),
C. Dauga (Institut Pasteur),
O. Gascuel (Institut Pasteur),
J. Guglielmini (Institut Pasteur),
F. Lemoine (Institut Pasteur),
S. Malot (Institut Pasteur),
V. Ponticelli (Institut Pasteur),
M. Sala (Institut Pasteur),
H. Waxin (Institut Pasteur),
A. Zhukova (Institut Pasteur).

Retour en haut