Activités du CNR de la Peste et autres Yersinioses

YERSINIA AUTRES QUE Y. PESTIS 

1. Caractérisation génotypique

Une méthode de caractérisation génotypique a été développée au CNR et mise en place en 2017. Elle permet de confirmer l’appartenance des souches au genre Yersinia, de déterminer leur espèce et sous-espèce et leur pouvoir pathogène.

Elle repose sur le séquençage du génome complet des souches suivi d’une analyse bioinformatique par cgMLST (core genome Multi Locus Sequence Typing) dont le schéma comprend 500 gènes communs à l’ensemble des espèces du genre Yersinia. Pour chaque souche, un numéro d’allèle est attribué pour chacun des 500 gènes du schéma cgMLST Yersinia. Chaque souche se voit attribué un profil allélique. La comparaison de ce profil allélique à une base de données de plus de 25000 souches de référence de toutes les espèces et sous-espèces de Yersinia permet d’obtenir l’assignation taxonomique : confirmation de l’appartenance des souches au genre Yersinia, détermination de l’espèce et éventuellement du génotype ainsi que du pouvoir pathogène.

2. Caractérisation phénotypique

Cette méthode n’est plus utilisée en routine au CNR. Elle reste toutefois maintenue en tant que technique phénotypique de référence et est utilisée notamment lors de la caractérisation d’une nouvelle espèce.  Elle représente aussi une alternative en cas de problème de mise en œuvre de la méthode génotypique.

L’étude des caractères phénotypiques et biochimiques (galeries Api 20E et Api 50CH) des souches de Yersinia envoyées au CNR permet de confirmer leur appartenance au genre Yersinia puis de déterminer leur espèce.

Biotypage

S’il s’agit de Y. enterocolitica, des tests biochimiques supplémentaires sont effectués pour déterminer leur biotype (tests tween-estérase et pyrazinamidase).

Sérotypage

Toutes les souches deYersinia pathogènes sont sérotypées grâce à : 

• 5 antisérums spécifiques des différentes espèces de Yersinia (autres que Y. pseudotuberculosis).
• 5 antisérums spécifiques de Y. pseudotuberculosis.

Il existe une correspondance entre les résultats obtenus par les 2 méthodes :

3. Interprétation des résultats

Sont potentiellement pathogènes pour l’homme :

• Les Y. enterocolitica des génotypes 1B, 2/3-9a, 2/3-9b, 2/3-5a, 2/3-5b, 3-3a, 3-3b, 3-3c, 3-3d, 4 et 5 (en caractérisation génotypique)
• Les Y. enterocolitica des biotypes 1B, 2, 3, 4 et 5 (en caractérisation phénotypique)
• Toutes les Y. pseudotuberculosis, quel que soit leur génotype ou leur sérotype.
• Potentiellement les Y. wautersii (pathogénicité encore non complètement établie).

Sont non pathogènes pour l’homme :

• Les souches de Y. enterocolitica des génotypes 1Aa et 1Ab (caractérisation génotypique) et du biotype 1A (caractérisation phénotypique).
• Toutes les autres espèces de Yersinia.

4. Résistance aux antibiotiques

Un antibiogramme est réalisé pour toutes les souches potentiellement pathogènes dans un but de surveillance épidémiologique des yersinioses.

5. Caractérisation de souches atypiques

Elle est effectuée :

• A la demande de laboratoires étrangers ayant rencontré des problèmes d’identification des souches de Yersinia isolées dans leur pays.
• Lorsque des souches ne répondent pas aux critères classiques d’identification mais semblent cependant pathogènes.

Elle repose sur la caractérisation génotypique et la recherche de gènes de virulence.

6. Typage moléculaire 

Le typage moléculaire est effectué systématiquement lorsqu’une souche pathogène est identifiée.

Pour les 2 espèces entéropathogènes (Y. enterocolitica et Y. pseudotuberculosis), le typage moléculaire repose sur une cgMLST spécifique de chaque espèce, suivi d’un clustering permettant de regrouper les souches présentant une distance génétique faible entre elles.

Si besoin, cette analyse peut être complétée par une analyse de SNPs entre les génomes des souches étudiées et d’une analyse phylogénétique.

Ce typage moléculaire systématique des souches pathogènes permet d’identifier rapidement des cas groupés et d’alerter les autorités sanitaires afin d’identifier une potentielle source commune de contamination ou lors d'enquêtes épidémiologiques.

YERSINIA PESTIS

Dans le cas particulier de Y. pestis, non seulement les souches isolées mais aussi, si besoin, les échantillons potentiellement infectés (aspiration de bubons, expectorations, sang, organes) sont analysés.

1. Diagnostic à partir d’un prélèvement

Test de diagnostic rapide

Des bandelettes pour la détection de l’antigène F1, spécifique de Y. pestis, sont disponibles et permettent de porter un diagnostic de peste en moins de 10 minutes à partir d’échantillons biologiques (aspiration de bubon, expectorations, sang lors de la phase septicémique).

PCRs

Une PCR en temps réel ciblant les gènes pla,caf1 et yopM peut être pratiquée après extraction de l’ADN d’échantillons potentiellement infectés. Cette technique permet de dépister un cas de peste dans un délai de 3 heures.

Une PCR conventionnelle ciblant les gènes pla, caf1 et inv peut être pratiquée après extraction d’ADN pour confirmer la présence d’ADN de Y. pestis dans l’échantillon. Cette technique est plus longue (5h).

Culture

L’ensemencement du prélèvement sur des milieux de culture permet en quelques jours d’isoler la souche de Y. pestis. L’identification est effectuée à l’aide des caractères culturaux et des galeries Api 20E et 50CH et peut être complétée par une caractérisation génotypique. La sensibilité au phage pesteux et les PCRs sont utilisées pour confirmer le diagnostic.

2. Caractérisation et typage des souches

Une fois la souche identifiée, sa sensibilité à différents antibiotiques est déterminée et son génome est séquencé.

La souche est caractérisée génotypiquement par la cgMLST-Yersinia, la cgMLST-Y.  pseudotuberculosis et par la recherche de ses gènes de virulence.

Le typage de la souche par comparaison de génomes (analyse de SNPs) peut être effectué dans un but épidémiologique si besoin. Il repose sur une analyse de SNPs entre les génomes des souches étudiées.

3. Sérodiagnostic de la peste

Un sérodiagnostic de peste par ELISA-F1 peut également être effectué par le CNR. Cependant ce test n'est fait que lorsque le diagnostic porté semble justifié sur la base des données clinico-épidémiologiques.

SURVEILLANCE

1. Alerte

Le CNR déclenche une alerte auprès de Santé publique France (SpF) lors de la survenue de cas groupés de yersinioses entériques ou d’un seul cas confirmé d’infection à Y. pestis.

2. Réseau National de Surveillance des Yersinia entéropathogènes

A la demande de la DGS et en partenariat avec SpF, un réseau national de surveillance des Yersinia entéropathogènes (RNSY), créé et coordonné par le CNR des Yersinia a été mis en place en juin 2003.

Réseau National de Surveillance des Yersinia entéropathogènes (RNSY) – 2026

107 laboratoires

Le RNSY est actuellement composé de 107 laboratoires de biologie médicale (62 laboratoires hospitaliers et 45 laboratoires de ville) répartis sur l’ensemble de la France hexagonale et à la Réunion.

Ce réseau constitue un maillage national de relais techniques auprès du CNR et une source de données permettant l’épidémio- surveillance des yersinioses en France.
Les missions du RNSY sont :

• de déterminer par extrapolation l’incidence annuelle des yersinioses en France.
• d’estimer les tendances temporelles et spatiales des infections.
• de mettre en place des enquêtes sur des aspects spécifiques de ces infections

Contact : Cyril Savin - Téléphone : 01 40 61 37 67

Conseils aux cliniciens et acteurs de la santé publique 

Les cliniciens, biologistes médicaux et autres acteurs de la santé publique peuvent contacter le CNR pour toute question concernant les Yersinia.

Mis à jour le 27 mars 2026