Les micro-organismes procaryotes (bactéries, archées et leur virus), associés pour certains aux maladies, sont aussi des modèles précieux pour explorer les mécanismes du vivant. Au département de Microbiologie, les scientifiques étudient comment ces micro-organismes interagissent avec leur environnement et préviennent pour les uns, ou déclenchent pour les autres, des infections. Nos recherches visent à disséquer et comprendre les stratégies d’adaptation, la résistance aux antibiotiques, les mécanismes de virulence et d’évasion du système immunitaire. Grâce à une large palette d’expertises, ces recherches contribuent à mieux comprendre le monde procaryote et ouvrent la voie à de nouvelles découvertes, thérapies et outils de diagnostic.
Nos principaux travaux récemment publiés
Les effets hors cible de Cas9 sur l’expression des gènes bactériens
De puissants outils de manipulation génétique provenant du système CRISPR-Cas9 permettent de modifier l’expression des gènes. Leur spécificité est un enjeu critique, les effets dit "hors-cible" pouvant conduire à des effets non-spécifiques, et fausser l'interprétation des résultats d’expériences. Ainsi, cette étude menée chez la bactérie a mis en évidence un effet inattendu : Cas9 peut bloquer l’expression de gènes de manière imprévisible en se fixant en amont de ceux-ci de manière non spécifique.
Nucleic Acid Research, 24 avril 2023.
Comment le microbiome des voies respiratoires influence la gravité des pneumonies bactériennes
Des scientifiques ont analysé la diversité et la composition inter-domaine (bactéries, archées, champignons, protozoaires) du microbiome des voies respiratoires (MVR) de patients atteints d’une pneumonie causée par Legionella pneumophila. Après un traitement antibiotique, la niche vide du MVR est rapidement occupée par d’autres bactéries. Ainsi, une biomasse élevée apparaît comme un biomarqueur pour les infections secondaires / co-infections. L’interaction entre l’équilibre du MVR, la dynamique de la charge en agents pathogènes et les interventions cliniques joue un rôle essentiel dans le rétablissement des patients atteints de pneumonie.
Cell Reports Medicine, 19 septembre 2023.
Un pont pour le trafic des phospholipides
Comprendre comment les bactéries fabriquent et conservent leur enveloppe cellulaire constitue un domaine d’étude majeur de la lutte contre les pathogènes. Cependant, les connaissances actuelles reposent essentiellement sur une poignée de modèles. Grâce au diderme Firmicute V. parvula, des scientifiques sont parvenus à identifier un nouveau mécanisme responsable du trafic des phospholipides, qui forme un pont trans-enveloppe entre les membranes interne et externe et qui est largement répandu dans les bactéries à Gram-négatif.
Nature Communications, 23 novembre 2023.
La découverte d’une famille de systèmes de défense bactériens
Un système de défense a été découvert chez les bactéries Escherichia coli, par un doctorant et sa directrice Isabelle Rosinski-Chupin. Dans ce système, un plasmide, une molécule d’ADN porteuse d'un gène de résistance aux antibiotiques, est éliminé mais le gène de résistance est intégré dans le chromosome bactérien. En se défendant, la bactérie fixe la résistance. Une avancée vers une meilleure compréhension de la dissémination de la résistance aux antibiotiques, véritable enjeu de santé publique.
Nature communications, 15 mai 2024.
Des RNA viraux neutralisent les défenses bactériennes.
Les phages sont des virus infectant les bactéries, qui se défendent avec des systèmes immunitaires comme PARIS. Ce dernier empêche le phage de produire ses protéines en détruisant un ARN de transfert de la bactérie. Mais certains phages déjouent cette défense en produisant une version modifiée de cet ARN, leur permettant d’infecter malgré tout.
Nature, 7 août 2024.
