Les équipes du département étudient différents aspects de l'architecture, de l'expression et de l'évolution des génomes en analysant l'information génétique des micro-organismes, tels que les levures et les bactéries, ainsi que celle de l'être humain et de la souris. Elles étudient comment cette information est structurée, influencée par ou influence les processus cellulaires. Cela nous permet de comprendre comment l'évolution du génome reflète la sélection pour l'adaptation, notamment dans le contrôle des processus cellulaires, la réponse immunitaire chez l'être humain, la résistance aux antibiotiques chez les microbes, ou encore les dynamiques des systèmes de défense-antidéfense entre phages et bactéries. Ces recherches reposent en grande partie sur des approches de séquençage, du génotypage et des techniques microfluidiques.
Nos principaux travaux récemment publiés
Quels sont les premiers ancêtres de nos poissons modernes ?
Comprendre l’arbre généalogique des espèces est essentiel pour étudier leur évolution. En analysant les schémas de mutations et d’évolution chromosomique dans des génomes de poissons à ramification précoce récemment séquencés, nous avons résolu un débat de longue date sur les premiers stades d’évolution des poissons téléostéens, l’un des clades de vertébrés les plus riches en espèces, dont plusieurs espèces modèles pour la recherche biomédicale (zebrafish, killifish).
Science, 9 février 2023.
SARS-CoV-2, comment l’histoire des populations influence leur réponse immunitaire
L'infection au SARS-CoV-2 induit des réponses immunes très variables. Par le séquençage d'ARN en cellule unique, cette étude révèle le rôle de la composition cellulaire et des facteurs génétiques dans cette variabilité et permet d’identifier des variants sous sélection qui participent aux disparités du risque de COVID-19 sévère entre populations humaines.
Nature, 9 août 2023.
Prédisposition à la susceptibilité au virus Zika
Le virus Zika est responsable d’infections humaines de gravité variable. Pour en identifier les gènes de prédisposition, nous avons utilisé des souris de la ressource Collaborative Cross, génétiquement diverses. En combinant cartographie génétique, RNA-seq et test de complémentation quantitative, nous avons montré que la prédisposition élevée de la souche CC071 résultait d’une mutation dans le gène Irf3 et d’autres loci à l’étude.
Plos Pathogens, 21 septembre 2023.
De nouveaux sites d’insertion pour les intégrons
Les intégrons, outils génétiques bactériens, capturent et expriment des gènes d'adaptation contenus dans des cassettes. L'intégrase, enzyme clé, peut insérer ces cassettes au-delà des sites classiques connus dans une grande diversité de sites du génome bactérien. Ces études élargissant le rôle des intégrons dans l'évolution bactérienne.
Nature Microbiology, 9 janvier 2024.
Découverte de systèmes antiphages chez l'humain
En comparant l'histoire évolutive des protéines bactériennes et humaines, nos laboratoires ont identifié des gènes immunitaires humains inédits et confirmé leur rôle à travers des expériences en laboratoire.
Cell Host Microbe, 11 septembre 2024.