Introductions et circulation initiale du SARS-CoV-2 en France

Flash Presse
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Suite à l'émergence de la maladie COVID-19 à Wuhan en décembre 2019, une surveillance syndromique a été lancée en France dès le 10 janvier 2020. Deux semaines plus tard, les trois premiers cas importés de COVID-19 en Europe étaient diagnostiqués en France.

Le Centre National de Référence Virus des infections respiratoires contribue à la surveillance génomique du SARS-CoV-2 pour le Nord de la France depuis les premiers cas.

Une analyse phylogénétique sur une centaine de génomes de patients échantillonnés entre le 24 janvier et le 24 mars 2020 en France révèle plusieurs introductions initiales du SARS-CoV-2 sans transmission locale, soulignant l’efficacité des mesures prises pour empêcher la propagation du virus à partir de cas symptomatiques.

Parallèlement, ces données génomiques révèlent ensuite la circulation prédominante de virus d'un même clade dans de nombreuses régions françaises, compatible avec de multiples introductions. La séquence la plus précoce de ce clade, du 19 février 2020, correspond à un cas sans historique de voyage, ce qui implique une circulation locale silencieuse du virus avant la vague de cas de COVID-19.

Cette étude met aussi en lumière la faible diversité génétique du virus, et un manque de représentativité des virus séquencés dans certaines régions. Il est ainsi impossible d’estimer précisément le timing de l’introduction du virus ou sa source compte tenu de l’échantillonnage encore partiel dans de nombreux pays.

Ce travail fournit des indices sur l’origine de l’épidémie en France et souligne les challenges pour contenir la diffusion d’un virus lorsqu’une proportion des cas sont asymptomatiques.

"Le séquençage du génome du SARS-CoV-2 est essentiel pour mieux comprendre l'évolution du virus dans une population et sa propagation. Grâce au rôle actif du Centre national de référence dès le début, avant même l'apparition des premiers cas en France, nous savons aujourd'hui que les premiers cas importés, symptomatiques, n'ont pas donné lieu à une transmission étendue sur le territoire", explique Pr Sylvie Van der Werf, directrice du Centre national de référence des Virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur, et co-dernier auteur de l’étude.

Comme le souligne Etienne Simon-Lorière, responsable de l’unité Génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur et co-dernier auteur de l’étude : "D'après nos premières constatations, au vu des souches séquencées, la propagation du virus en France est associée à des cas asymptomatiques. Aujourd'hui, il est important de séquencer de nouvelles souches dans différentes régions, afin de mieux comprendre le déplacement du virus en France."

 


Source

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020, Eurosurveillance, 13 août 2020

Fabiana Gambaro, Artem Baidaliuk, Sylvie Behillil, Flora Donati, Melanie Albert, Andreea Alexandru, Maud Vanpeene, Meline Bizard, Angela Brisebarre, Marion Barbet, Fawzi Derrar, Sylvie van der Werf, Vincent Enouf, Etienne Simon-Loriere

 

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