Choléra

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Près de 3 millions de cas et plus de 95 000 décès dus au choléra chaque année dans le monde, selon l'OMS.

Entre 2000 et 2016, la moyenne annuelle des chiffres déclarés à l’OMS s'élevait seulement à 200 691 cas et 3 858 décès.

Des chiffres en dessous de la réalité, du fait de :

  • sous-notification des cas,
  • insuffisances des systèmes de surveillance,
  • pas de terminologie normalisée pour définir un cas de choléra.

Au Bangladesh, entre 100 000 et 600 000 cas estimés de choléra par an, alors qu’aucun cas n’est notifié à l’OMS...

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Epidémiologie

Le choléra est resté confiné au sous-continent indien jusqu’en 1817. Cette date marque le début de la première pandémie cholérique qui a envahi l’Asie, le Moyen-Orient, et une partie de l’Afrique. D’autres pandémies se sont succédées, ayant toutes l’Asie comme point de départ, atteignant tous les continents et progressant de plus en plus rapidement avec l’amélioration des moyens de transport. Nous sommes actuellement dans la septième pandémie qui, partie de l’Indonésie en 1961, a envahi l’Asie (1962), puis le Moyen-Orient et une partie de l’Europe (1965), et s’est ensuite étendue en 1970 au continent africain, et en 1991 à l’Amérique Latine. De nouveaux pays d’Afrique ont été atteints plus récemment, comme Madagascar en 1999 et l’Afrique du Sud en 2000. Les conflits et les mouvements de masse de réfugiés favorisent les épidémies, comme illustré en juillet 1994 à Goma au Congo dans les camps de réfugiés rwandais où il a été estimé que le choléra aurait tué 23 800 personnes en quelques semaines (taux de létalité proche de 30%). Le choléra sévit dans le monde avec des vagues de maladie endémique, en Afrique subsaharienne ou en Asie, ou sous forme de vastes épidémies, comme celle qui a atteint Haïti fin octobre 2010 ou le Yémen en 2017, illustrant la menace bien actuelle que constitue ce fléau pour la santé publique.

Entre 2000 et 2016, la moyenne annuelle des chiffres déclarés à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) s'élevait à 200 691 cas et 3858 décès. Des chiffres bien en dessous de la réalité en raison de la sous-notification des cas, des insuffisances des systèmes de surveillance et de l’absence d’une terminologie normalisée pour la définition d’un cas de choléra. C’est ainsi que, uniquement au Bangladesh, le nombre estimé de cas de choléra survenant chaque année est compris entre 100 000 et 600 000, alors qu’aucun cas n’est officiellement notifié.

Certains pays enregistrent aujourd'hui encore des taux de létalité (TL) dépassant largement le seuil acceptable de 1%, particulièrement en Afrique où des TL avoisinant les 6% sont rapportés chaque année par plusieurs pays. Jusqu’en 1992, Vibrio cholerae O1 était le seul agent connu du choléra. Cette année-là, une souche, appartenant à un nouveau sérogroupe - O139 - est apparue en Inde et au Bangladesh, faisant craindre une nouvelle pandémie cholérique. Ce vibrion ne s'est finalement propagé qu’en Asie et son incidence a reculé au fil des ans. Les souches de V. cholerae O1 ont été divisées en deux biotypes, le biotype classique, responsable des 5e et 6e pandémies, et le biotype El Tor, à l’origine de la septième pandémie actuelle. Récemment, des variants de V. cholerae O1, hybrides entre ces deux biotypes, ont émergé au Bangladesh et ont disséminé dans le monde, Asie, Afrique, et tout récemment Haïti, remplaçant totalement les souches du biotype El Tor initialement décrites. Ces souches se révèlent, selon les observations de terrain, plus virulentes, entraînant un taux de létalité plus élevé. On recommande donc une surveillance épidémiologique attentive des souches en circulation dans le monde.

Transmission

Le vibrion cholérique est une bactérie très mobile, aux exigences nutritionnelles modestes dont l’homme essentiellement et, dans certains cas, l'environnement sont le réservoir. La maladie résulte de l’absorption par la bouche d’eau ou d’aliments contaminés. Une fois dans l’intestin, les vibrions sécrètent notamment la toxine cholérique, principale responsable de l’importante déshydratation qui caractérise l’infection : les pertes d’eau et d’électrolytes peuvent atteindre 15 litres par jour. L’homme joue à la fois le rôle de milieu de culture et de moyen de transport pour le vibrion cholérique. Les selles diarrhéiques libérées en grande quantité sont responsables de la propagation des bacilles dans l’environnement et de la transmission oro-fécale. De plus, la période d’incubation et le portage asymptomatique favorisent le transport des vibrions sur de plus ou moins longues distances.

Les principaux facteurs favorisants la transmission de l’infection sont le niveau socio-économique et les conditions de vies des populations. Les fortes concentrations de population associées à une hygiène défectueuse jouent un rôle important dans l’apparition et le développement d’une épidémie de choléra.

Symptômes et traitement

Moins de 25% des personnes infectées développent des symptômes et de 10 à 20% d'entre elles vont déclarer une maladie sévère. L’incubation - de quelques heures à quelques jours - est suivie de violentes diarrhées et de vomissements, sans fièvre. En l’absence de traitement, dans ses manifestations les plus sévères, le choléra est l’une des maladies infectieuses les plus rapidement mortelles : la mort survient en 1 à 3 jours, par collapsus cardio-vasculaire dans 25 à 50% des cas. La mortalité est plus élevée chez les enfants, les personnes âgées et chez les individus fragilisés.

Le traitement consiste essentiellement à compenser les pertes digestives d’eau et d’électrolytes. La réhydratation est assurée par voie orale ou par voie intraveineuse, selon le degré de déshydratation. L’amélioration est perceptible au bout de quelques heures et la guérison, sans séquelle, est obtenue en quelques jours.

L’antibiothérapie est utile dans les cas graves, mais l’émergence de souches de vibrions cholériques multi-résistantes aux antibiotiques nécessite de tester la sensibilité aux antibiotiques sur un échantillon représentatif de souches isolées.  

L’amélioration de l’accès à l’eau potable et les mesures d’hygiène générale sont essentielles dans la lutte contre le choléra, impliquant une véritable mobilisation sanitaire en cas d’épidémie, et un développement de l’éducation sanitaire dans les pays où le choléra sévit régulièrement. Mais il est prévisible que cette élévation du niveau d’hygiène ne sera pas réalisée avant plusieurs décennies dans les pays atteints par le choléra.

Vaccination

Deux types de vaccins oraux sont actuellement préqualifiés par l’OMS :

  • Un vaccin monovalent O1, constitué de germes entiers tués de V. cholerae O1 associés à une sous-unité B recombinante de la toxine cholérique (WC/rBS, Dukoral®). Il a fait l’objet de vastes essais cliniques au Bangladesh entre 1985 et 1989 et au Pérou, et confère dans toutes les classes d’âge une protection de 85 à 90% pendant 6 mois, déclinant rapidement chez les enfants de moins de 5 ans, mais avoisinant encore les 60% au bout de 2 ans chez les enfants plus âgés et les adultes. Ce vaccin, qui est le seul à avoir été présélectionné par l’OMS, a été utilisé pour plusieurs campagnes de vaccination de masse. Il ne peut pas être utilisé en mesure générale de santé publique mais doit en revanche, selon l’OMS « être pris en considération parmi les moyens destinés à prévenir le choléra dans les populations considérées à risque d’épidémie dans les 6 mois à venir ». Ce vaccin, qui n’est pas homologué pour les enfants de moins de 2 ans, est administré aux adultes et aux enfants de plus de 6 ans en 2 doses, à 7 jours minimum et 6 semaines maximum d’intervalle, et confère une protection 1 semaine après l’administration de la seconde dose. Il a reçu une Autorisation de Mise sur le Marché (AMM) européenne, mais selon l’avis du conseil supérieur d’hygiène publique de France, ne doit pas être recommandé habituellement chez les voyageurs, pour qui la première prévention contre le choléra demeure le respect des mesures d’hygiène.
  • Des vaccins bivalents O1 et O139, préparé à partir de germes entiers tués, ne contenant pas la sous-unité B de la toxine cholérique et formulés par des fabricants distincts. Le vaccin ShancholTM a été homologué en 2009 en Inde, le vaccin Euvichol® en 2015 en République de Corée. Les deux ont la même formulation et sont disponibles pour le marché international. Ils induisent une protection plus longue que le vaccin monovalent oral chez l’enfant âgé de moins de 5 ans : des études après 2 ans de suivi sur le vaccin ShancholTM en Inde ont révélé une efficacité protectrice globale de 67% à 69% parmi les personnes qui avaient reçu 2 doses de vaccin pour toutes les tranches d’âge, y compris les enfants de 1 à 4 ans. L’efficacité protectrice cumulée de ShancholTM est de 65% à 5 ans. Des études cliniques ont démontré des performances équivalentes de ShancholTM et Euvichol® sur le plan immunologique.
    L’absence de la sous-unité B et le fait qu’ils ne nécessitent pas de tampon pour être administrés rend leur production moins coûteuse.

D’autres vaccins ont été abandonnés :

  • Un vaccin injectable, à base de germes entiers tués, a été retiré du marché au début des années 90 en raison de son efficacité limitée (protection de 50% des sujets pendant environ six mois) et de ses effets secondaires.
  • Un vaccin oral à base de souches vivantes de virulence atténuée (dont une partie des gènes codant pour la toxine cholérique a été supprimée), administrable en monodose, ayant fait la preuve de son efficacité chez des volontaires Nord-Américains éprouvés avec une souche virulente, avait été homologué par l’OMS. Mais lors d’un essai clinique réalisé sur plus de 60 000 personnes en Indonésie, dans un contexte de faible incidence du choléra, il n’y a pas eu de protection significative. Ce vaccin, qui présentait par ailleurs un risque de réversion vers la virulence de la souche vaccinale par échange horizontal de matériel génétique avec des souches sauvages virulentes, a été retiré du marché en 2003. Cependant l’efficacité vaccinale d’une nouvelle formulation de ce vaccin développé par l’université du Maryland (MD, États-Unis), est en cours d’étude.

L’OMS considère l’utilisation des vaccins anticholériques oraux (VCO) comme outils de santé publique potentiellement utiles en complément des mesures de prévention classiques. Un stock mondial de VCO a été constitué en 2013, les vaccins sont attribués soit par le Groupe spécial mondial de lutte contre le choléra de l'OMS (Global Task Force on Cholera Control, GTFCC), pour les campagnes de vaccination préventive, soit par le Groupe international de coordination, dont le secrétariat est également hébergé par l’OMS, pour les campagnes de vaccination d’urgence. Il est cependant important de souligner qu’il n’existe pas aujourd’hui de vaccin induisant une protection à long terme contre le choléra. Or la menace que représente aujourd’hui le choléra et les difficultés de mise en œuvre des mesures d’hygiène et d’assainissement rencontrées dans de nombreux pays, montrent qu’il reste indispensable de poursuivre les recherches sur la vaccination anticholérique.

A l’Institut Pasteur

Le Centre national de référence des Vibrions et du Choléra, situé dans l’unité des Bactéries pathogènes entériques à l’Institut Pasteur, est désigné par le ministère en charge de la Santé, et plus particulièrement par la Direction Générale de la Santé (DGS) pour surveiller, confirmer et déclarer les cas de choléra importés sur le territoire français (4 à 5 par an), où, comme dans de nombreux pays, cette maladie est à déclaration obligatoire. Du fait de ses collaborations avec des microbiologistes de pays atteints par des épidémies de choléra, ou avec des organisations humanitaires non gouvernementales, il participe également au suivi des souches de vibrions cholériques circulant dans le monde, et au signalement de l’émergence de nouveaux variants ou de souches multirésistantes aux antibiotiques. Une base de données génomiques récemment développée dans l’unité a permis de retracer l’histoire de la 7e pandémie cholérique au niveau du continent Africain et de l’Amérique Latine et constitue un outil majeur pour améliorer la compréhension de l’épidémiologie du choléra. 

L’Institut Pasteur est membre de la Global Task Force on Cholera Control (GTFCC) de l’OMS, réseau de plus de 50 organisations réunissant des partenaires impliqués dans la lutte contre le choléra dans le cadre d’une approche globale multisectorielle et assure en particulier le leadership d’un groupe de travail « Surveillance Laboratoire », qui a publié différentes notes techniques. En octobre 2017, 35 partenaires de la GTFCC, dont l’Institut Pasteur, ont signé un engagement sans précédent dans la lutte contre le choléra passant par la mise en œuvre d’une feuille de route mondiale (Declaration on Ending Cholera) ayant pour objectif une réduction de 90 % des décès dus au choléra d’ici à 2030.

Surveillance et santé publique : Centre national de référence des vibrions et du choléra


Septembre 2018

 

Les équipes de l’Institut Pasteur mobilisées sur le choléra

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