Écologie, santé : les phages interagissent avec beaucoup de bactéries dans les écosystèmes

Les phages, ou bactériophages, sont des virus qui infectent les bactéries et jouent un rôle central dans la dynamique, l'évolution et l'adaptation des communautés microbiennes. Toutefois, la plupart des études analysent leurs génomes sans identifier leurs hôtes bactériens. La technologie MetaHiC change la donne : en capturant les interactions physiques entre molécules d’ADN au sein d’un échantillon, elle permet d’étudier simultanément les phages, leurs hôtes ainsi que leurs interactions directement dans leur environnement, sans passer par l’étape d’isolement en laboratoire. 

Les scientifiques ont analysé 111 jeux de données provenant de cinq environnements différents. Ils ont reconstitué 4 975 génomes microbiens (archées et bactéries) et 6 572 génomes viraux, puis construit un réseau d'interactions reliant la moitié des génomes à leurs hôtes.

Résultat : une part importante de ces phages s’est révélée capable d’interagir avec plusieurs espèces, y compris des hôtes génétiquement éloignés, dans des environnements aussi différents que la colonne d’eau océanique ou le tube digestif humain. 

Ces découvertes suggèrent que les phages exercent des pressions de sélection transversales et peuvent servir de vecteurs d'échanges génétiques entre lignées bactériennes distantes. Elles pourraient également impacter les thérapies par phages contre les infections bactériennes et ouvrent la voie à de nouvelles recherches sur les mécanismes évolutifs et l'importance écologique des phages.

Ces travaux sont ceux du laboratoire de Génétique des génomes (CNRS/Institut Pasteur).

Source :
Phages with a broad host range are common across ecosystems.
Nat Microbiol. 2025 Oct;10(10):2537-2549. doi: 10.1038/s41564-025-02108-2.
Epub 2025 Sep 19. PMID: 40973790.