Sebastian Baumgarten est un chercheur passionné par la biologie marine et moléculaire qui se consacre aujourd'hui à la bio-informatique. À l'Institut Pasteur, il mène des recherches sur l'agent infectieux du paludisme. Son parcours, marqué par une curiosité insatiable et une volonté de comprendre les mécanismes d'adaptation des organismes face aux changements climatiques, l'a conduit vers le campus parisien où il apprécie la richesse des expertises et des collaborations.
Un camping-car familial pour découvrir des écosystèmes
Sébastien grandit au sud de l’Allemagne. Ses parents sont tous deux professeurs, son père en biologie et sa mère en langues. Dès son plus jeune âge, il souhaite devenir biologiste marin.
J'étais convaincu à 100 % de devenir explorateur océanique et biologiste marin depuis l'école primaire
Cette passion naît lors des vacances familiales en camping-car à travers la France. Son père aime lui expliquer les écosystèmes sur les plages. Dans l’estran, lorsque la mer se retire et laisse derrière elle des petits bassins, ils observent des microcosmes où de nombreuses espèces cohabitent. Cette expérience de la nature qui le fascine enfant, le conduit naturellement à vouloir devenir explorateur océanique : ainsi il pourrait en quelques sorte être en vacances toute sa vie !
Arctique, Patagonie et Arabie Saoudite : les missions en biologie marine
Après ses études, Sébastien effectue plusieurs missions de recherche en biologie marine, notamment en Arctique et en Patagonie. Pour cela il se forme comme plongeur scientifique à l'Institut polaire allemand (AWI). Puis Sebastian soutien sa thèse au Centre de recherche de la mer Rouge de la KAUST, en Arabie Saoudite. Ses recherches consistent à comprendre la symbiose entre les coraux et les dinoflagellés, des micro-algues essentielles à leur survie. Il étudie l'impact du changement climatique sur cette relation fragile.
C’est à ce moment que j'ai troqué mon équipement de plongée contre un clavier d'ordinateur et me suis plongé dans le génome des coraux et de leurs algues symbiotiques intracellulaires.
Son propre labo pour étudier l'agent infectieux du paludisme dans un contexte de changements climatiques
Grâce à ses compétences en bio-informatique, Sébastian rejoint l'équipe du Pr Arthur Scherf à l'Institut Pasteur en 2016. Ses recherches s'orientent alors vers l'étude de la méthylation de l'ARN chez le Plasmodium, le parasite responsable du paludisme. Depuis 2023, Sébastian dirige son propre groupe de recherche, où il étudie l'hétérogénéité des ribosomes du Plasmodium et leur adaptation aux différents environnements. En effet, l’agent infectieux du paludisme a une capacité d’adaptation incroyable en fonction de son hôte : il se « métamorphose » en quelque sorte en passant du moustique à l’Homme.
« Ma fascination pour ce parasite ne cesse de croître à mesure que j'en apprends davantage sur lui. Je continue de m'immerger chaque jour dans une nouvelle inconnue au laboratoire, dans l'espoir que nos recherches puissent bénéficier aux personnes les plus touchées par le paludisme. »
Un campus parisien ouvert sur le monde
Sébastien considère l'Institut Pasteur comme un lieu exceptionnel pour la recherche sur les maladies infectieuses. Il y apprécie la richesse des collaborations interdisciplinaires en France comme à l’international et l'accès à de nombreuses plateformes techniques, qui permettent de faire progresser ses travaux.
En plus de ses recherches, Sébastian contribue à renforcer les liens entre l'Institut Pasteur et le réseau de l'EMBL -European Molecular Biology Laboratory, at Pasteur (en anglais). Il coordonne des appels à projets et des échanges de chercheurs entre les deux institutions, dans le but de mutualiser les expertises et de favoriser les synergies.
Sebastian Baumgarten en quelques dates
FORMATION
2022 : Habilitation à diriger des recherches, Université Sorbonne, Paris, France.
2016 : Doctorat en biologie marine, Université des sciences et technologies du roi Abdallah, Arabie saoudite. Directeur de thèse : Dr Christian R. Voolstra.
2013 : Maîtrise en biologie marine, Université des sciences et technologies du roi Abdallah, Arabie saoudite. Directeur de thèse : Dr Christian R. Voolstra.
2012 : Licence en biologie, Université de Tübingen, Allemagne. Directeurs de thèse : Dr Jürgen Laudien, Dr Nico K. Michiels.
EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE
06/2023 – aujourd'hui : Chef de groupe, G5 « Biologie de l'ARN parasitaire », Institut Pasteur, Paris.
06/2021 – 05/2021 : Chef de groupe, « Groupe de biologie de l'ARN du Plasmodium », Institut Pasteur, Paris, France
04/2016 – 05/2021 : Chercheur postdoctoral, « Unité de biologie des interactions hôte-parasite ». Chef de groupe : Dr Artur Scherf, Institut Pasteur, Paris, France
