Un programme d’analyse de la diffusion du virus SARS-CoV-2 dans des zones de faible et de forte incidence de la Covid-19 au Sénégal

Grâce au soutien apporté par la Fondation SUEZ, des études séro-épidémiologiques ont été lancées dès juillet 2020 par l’Institut Pasteur de Dakar au Sénégal dans le cadre de la lutte contre pandémie de COVID-19. Ces études comparatives sur la prévalence des anticorps anti-SARS-CoV-2 ont été menées pour mieux identifier les facteurs de risque associés à la diffusion du virus SARS-CoV-2 au sein de populations résidant dans des foyers actifs de forte transmission et dans des zones sans transmission locale documentée. Ce programme est mené par l’Institut Pasteur de Dakar en collaboration avec le Ministère de la Santé Publique et de l’Action Sociale du Sénégal (MSAS), le Centre National de Transfusion Sanguine du Sénégal et l’Institut Pasteur (Paris).

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A travers ses 33 membres localisés sur les 5 continents, dont l’Institut Pasteur (Paris) en France et l’Institut Pasteur de Dakar au Sénégal, la communauté scientifique du Pasteur Network est mobilisée pour répondre, par la science, à la pandémie d’infection par le coronavirus SARS-CoV-2 dans une logique de solidarité internationale.

Au Sénégal, le premier cas de COVID-19 a été diagnostiqué le 2 mars 2020 par l’Institut Pasteur de Dakar. Depuis, l’épidémie a très vite progressé et le pays a fait face à trois vagues successives, la dernière largement dominée par l’émergence et la diffusion du variant Delta de SARS-CoV-2. A l’heure actuelle, toutes les régions du Sénégal sont touchées (soit près de 80 districts sanitaires) avec 72 977 cas confirmés de COVID-19 et 1780 décès enregistrés au 7 septembre 2021. Jusqu'à présent, la surveillance associée à la Covid-19 s'est surtout concentrée sur les patients présentant des symptômes, et de ce fait le spectre complet des différentes formes de la maladie, notamment le taux des infections bénignes ou asymptomatiques qui ne nécessitent pas de soins médicaux, reste peu connue. Comme pour de nombreux nouveaux agents pathogènes respiratoires émergents, les connaissances sur les principales caractéristiques épidémiologiques, cliniques, virologiques et immunologiques et notamment la capacité de la COVID-19 à se propager dans la population humaine, restent limitées. Ces données sont essentielles pour comprendre la transmission du virus SARS-CoV-2 au Sénégal ainsi que les facteurs de risques associés à cette propagation.

Dans le cadre de ce programme, deux enquêtes transversales pour suivre l’exposition à la COVID-19 des populations et l’évolution de la séroprévalence des anticorps anti-SARS-CoV-2 ont ainsi été conduites en 2020-2021 dans des zones ayant enregistré peu ou pas de cas tels que le district sanitaire de Sokone et les villages de Dielmo et Ndiop. Elle ont été complétées par l’étude de la séroprévalence des anticorps anti-SARS-CoV-2 chez les donneurs de sang au sein de foyers actifs à forte incidence de la COVID-19 (tels que Dakar et Touba). De plus, des techniques sérologiques complémentaires sont utilisées pour détecter, dans les échantillons de plasmas collectés, les anticorps dirigés à la fois contre le virus SARS-CoV-2, contre d’autres coronavirus pouvant circuler dans les zones d’étude (OC43, HKU1, 229E, NL63) et contre les parasites du paludisme (Plasmodium falciparum en particulier) qui continuent de sévir dans la région.

Les données issues de ces enquêtes et analyses permettront de mieux renseigner la diffusion du virus au Sénégal (zone urbaines et zones rurales) et l’exposition des populations au SARS-CoV-2. Les résultats des analyses permettront de déterminer les facteurs de risque d'infection en comparant les expositions des personnes infectées et des personnes non infectées. Ils viendront renforcer la surveillance de cette pathologie et compléter les données épidémiologiques, cliniques et virologiques déjà disponibles à l’échelle nationale, des éléments utiles pour guider la mise en œuvre des stratégies de lutte déployées par le Ministère de la Santé Sénégalais. 

Ce projet s’inscrit en partie dans le cadre d’un programme plus vaste mené par le Pasteur Network (Zone Afrique), le programme REPAIR, soutenu également par le Ministère de l’Europe et des Affaires Etrangères français. Il est soutenu à travers le Fonds d’Urgence Covid créé en mars 2020 par le Conseil d’Administration de la Fondation d’entreprise SUEZ.

La recherche des anticorps dirigés contre les parasites du paludisme et contre les coronavirus est réalisée dans le cadre du projet « CoronaSeroSurv : Serological surveillance of SARS-CoV-2 and seasonal coronaviruses » financé par la Task Force Coronavirus de l’Institut Pasteur.

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