Sous la coordination du Pr Laurent Mandelbrot (Université Paris Cité), chef du service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital Louis-Mourier AP-HP, des équipes de l’AP-HP, de l’Université Paris Cité, de l’université Sorbonne Paris Nord, de l’Inserm, de l’Institut Pasteur et de la FHU Prem’Impact, ont conduit une étude pour évaluer l’intérêt de l’analyse des bactéries d’un prélèvement vaginal réalisé lors de l’accouchement dans la prédiction du risque d’infection néonatale. Les résultats, publiés le 18 décembre 2025 dans l’American Journal of Obstetrics and Gynecology, montrent que certaines signatures microbiennes, identifiables dès ce prélèvement, sont associées à ce risque d’infection chez le nouveau-né.
L’infection néonatale bactérienne précoce demeure une cause majeure de morbidité et de mortalité, en particulier chez les nouveau-nés prématurés. Elle résulte le plus souvent d’une infection ascendante à partir du tractus génital maternel. Identifier plus précisément les situations à risque reste un enjeu clinique majeur afin d’adapter la prise en charge maternelle et néonatale, tout en limitant le recours excessif aux antibiotiques.
Les outils diagnostiques actuellement disponibles, reposent principalement sur le dépistage du streptocoque du groupe B réalisé à l’approche du terme. Si cette approche a permis de réduire certaines infections, elle ne prend pas en compte la complexité du microbiote vaginal et ne permet pas d’évaluer le risque infectieux global. Cette limite conduit à une utilisation large et probabiliste des antibiotiques, avec un impact sur les résistances bactériennes et le microbiote néonatal.
Dans cette étude prospective multicentrique, promue par l’AP-HP, des chercheurs montrent qu’il est possible d’identifier, à partir d’un prélèvement vaginal réalisé lors de l’accouchement, les signatures microbiennes associées au risque d’infection néonatale.
L’étude repose sur une cohorte prospective de plus de 2 500 femmes prises en charge dans trois maternités d’Île-de-France (Port-Royal, Louis-Mourier et Bichat AP-HP) représentant 560 cas de rupture prématurée des membranes avant 37 semaines d’aménorrhée (646 nouveau-nés du fait des jumeaux). Les prélèvements vaginaux ont été analysés à l’aide de deux approches complémentaires :
- Une approche de bactériologie conventionnelle, incluant l’identification bactérienne par culture, des tests moléculaires ciblés (PCR) et la caractérisation des profils de résistance aux antibiotiques.
- Une approche métagénomique, permettant une caractérisation globale et non ciblée des communautés bactériennes vaginales.
Cette approche intégrée a permis de montrer que le risque d’infection néonatale précoce est associé à des déséquilibres globaux du microbiote vaginal plutôt qu’à la présence d’un seul agent infectieux. Les situations à risque étaient caractérisées par une diminution de la dominance des lactobacilles, une augmentation de la diversité bactérienne, et la présence accrue de bactéries potentiellement pathogènes, au premier rang desquelles Escherichia coli, fréquemment retrouvée à la fois chez la mère et chez le nouveau-né.
En combinant l’analyse de la composition du microbiote vaginal et la détection de bactéries d’intérêt clinique, l’approche métagénomique a ainsi permis une meilleure stratification du risque infectieux que les méthodes bactériologiques usuelles, ouvrant la voie à une évaluation plus ciblée du risque en contexte de rupture prématurée des membranes.
Ces résultats ouvrent la perspective du développement d’un test moléculaire rapide, non invasif et multiplex, reposant sur des technologies innovantes actuellement en cours de développement. Un tel test permettrait d’améliorer la stratification du risque infectieux périnatal et de favoriser une utilisation plus ciblée et raisonnée des antibiotiques. Ils ouvrent la voie à une approche diagnostique personnalisée, intégrant les données cliniques et les signatures microbiennes.
Ces résultats sont issus d’un consortium constitué dans le cadre de la FHU Prem’Impact et du projet InSPIRe (Innovative Strategies for Perinatal Infectious Risk Reduction). Ce projet, dédié aux stratégies innovantes pour la réduction du risque infectieux périnatal, est porté par l’AP-HP, l’Inserm, l’Institut Pasteur et la société BforCure, et soutenu par Bpifrance.
Sources
Predicting neonatal infection in PPROM with vaginal microbiology and metagenomics: a prospective cohort study, American Journal of Obstetrics and Gynecology, 18 décembre 2025
Laurent Mandelbrot1 , Sean Kennedy 2 , Jessica Rousseau3 , François Goffinet4 , Luce Landraud5 , Céline Plainvert6 , Valérie Marcou7 , Luc Desfrère8 , Tiphaine Barral9 , Lahçene Allal10 , Agnès Baud11 , Nathalie Grall12 , Claire Poyart13 , Pierre-Yves Ancel14 , Asmaa Tazi13
1 Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Obstetrics and Gynecology, Hôpital Louis Mourier, Colombes, France; Université Paris Cité and Université Sorbonne Paris Nord, Inserm, IAME F-75018 Paris, France; FHU Prem'Impact, Paris, France. Electronic address: laurent.mandelbrot@aphp.fr.
2 Computational Biology Department, Institut Pasteur, Université Paris Cité, Paris, France. Electronic address: sean.kennedy@pasteur.fr.
3 Assistance Publique- Hôpitaux de Paris, URC-CIC Paris Descartes Necker/Cochin, Paris, France.
4 FHU Prem'Impact, Paris, France; Université Paris Cité and Université Sorbonne Paris Nord, INSERM, INRAE, Centre de Recherche Epidémiologie et StatistiqueS (CRESS), Obstetrical, Perinatal and Pediatric Life Course Epidemiology (OPPALE Team), Paris, France; Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Obstetrics and Gynecology, Hôpital Cochin-Port Royal, Paris, France.
5 Université Paris Cité and Université Sorbonne Paris Nord, Inserm, IAME F-75018 Paris, France; Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Microbiology, Hôpital Louis Mourier, Colombes, France.
6 Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Bacteriology, National Reference Center for Streptococci, Hôpital Cochin, Paris, France.
7 FHU Prem'Impact, Paris, France; Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Neonatal Medicine, Hôpital Cochin-Port Royal, Paris, France.
8 FHU Prem'Impact, Paris, France; Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Neonatal Medicine, Hôpital Louis Mourier, Colombes, France.
9 Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Obstetrics and Gynecology, Hopital Bichat, Paris, France.
10 Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Neonatal Medicine Unit, Hôpital Bichat, Paris, France.
11 Computational Biology Department, Institut Pasteur, Université Paris Cité, Paris, France.
12 Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Microbiology, Hôpital Bichat, Paris, France.
13 FHU Prem'Impact, Paris, France; Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Bacteriology, National Reference Center for Streptococci, Hôpital Cochin, Paris, France; Inserm U1016, CNRS UMR 8104, Université Paris Cité, Institut Cochin, Paris, France.
14 Assistance Publique- Hôpitaux de Paris, URC-CIC Paris Descartes Necker/Cochin, Paris, France; Université Paris Cité and Université Sorbonne Paris Nord, INSERM, INRAE, Centre de Recherche Epidémiologie et StatistiqueS (CRESS), Obstetrical, Perinatal and Pediatric Life Course Epidemiology (OPPALE Team), Paris, France.
