Covid-19 : analyse de la sensibilité du variant indien (B.1.617.2) aux anticorps monoclonaux et aux sérums de personnes ayant été infectées ou vaccinées

Flash Presse
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Le variant dit indien (B.1.617) a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020 et a depuis diffusé dans de nombreux autres pays, dont le Royaume Uni. Le variant a évolué en quelques mois en trois lignées, appelées B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. Le variant B.1.617.2 est maintenant prédominant dans certaines régions indiennes et semble plus transmissible que les autres. Des chercheurs de l’Institut Pasteur, en collaboration avec l’Hôpital Européen Georges Pompidou AP-HP, le CHR d’Orléans et le CHU de Strasbourg ont étudié la sensibilité de ce variant B.1.617.2 aux anticorps monoclonaux utilisés en clinique pour prévenir les formes graves de la maladie chez les personnes à risque, ainsi qu’aux anticorps neutralisants présents dans les sérums de personnes précédemment infectées par le SARS-CoV-2 ou vaccinées. Ils ont comparé cette sensibilité avec celle du virus circulant majoritairement en France (appelé variant dit anglais ou B.1.1.7) ainsi qu’au variant dit sud-african (B.1.351). Les chercheurs ont montré que le variant indien est moins sensible aux anticorps neutralisants que B.1.1.7. Trois des 4 anticorps monoclonaux thérapeutiques testés restent efficaces contre le variant indien. Un anticorps (Bamlanivimab) perd son activité antivirale. En analysant le sang de personnes ayant été déjà infectées par le SARS-CoV-2 dans les 12 mois précédents, les chercheurs montrent que des concentrations trois à six fois plus élevées d’anticorps sont nécessaires pour neutraliser le variant indien par rapport à la souche B.1.1.7. Cette différence de sensibilité est aussi observée chez les personnes vaccinées avec deux doses du vaccin Pfizer, les anticorps présents dans leurs sérums sont efficaces sur le variant anglais mais légèrement moins efficaces contre le variant indien. En revanche, le sérum des personnes vaccinées avec une dose du vaccin Astrazeneca, qui est efficace contre le variant anglais, est très peu actif contre les variants indien et sud-africain. L’étude fait l’objet d’une prépublication sur le site de bioRxiv le 28 Mai 2021.

 

L'Inde a fait face depuis le début de 2021 à une forte augmentation des cas de COVID-19. De nombreux cas sont causés par une nouvelle lignée, appelée B.1.617. Cette lignée est en constante évolution et comprend 3 sous-groupes  principaux, appellés B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. On ne connaît encore que peu de choses sur les caractéristiques épidémiologiques et biologiques de ces variants. Le variant B.1.617.2 est caractérisé par la présence de 9 mutations dans la protéine Spike. B.1.617.2 semble être particulièrement préoccupant et a été nommé « Variant of Concern » ou « Variant d’Inquiètude » par plusieurs organismes de santé publique, dont l'OMS. Il représente jusqu'à 80% des souches séquencées dans la région du Maharashtra en Inde. B.1.617.2 a également été récemment détecté dans des dizaines d'autres pays.

Au Royaume-Uni, entre le 12 et le 19 mai 2021, le variant représentait quelques milliers de cas, et plus de 20 % des virus séquencés. Dans ce pays, la détection de B.1.617.2 a progressé en quelques semaines, notamment à Londres et dans le nord-ouest du pays où il pourrait représenter maintenant 50 % des cas séquencés. La majorité des cas sont importés d'Inde, mais une augmentation du nombre de cas autochtones est observée depuis la mi-avril.

En France, au 18 mai 2021,  80 cas confirmés impliquant un variant du lignage B.1.617 ont été rapportés.

Dans une nouvelle étude, des chercheurs de l’Institut Pasteur, en collaboration avec l’Hôpital Européen Georges Pompidou AP-HP, le CHR d’Orléans et le CHU de Strasbourg, ont étudié la sensibilité du variant  B.1.617.2 aux anticorps, par rapport aux souches circulant en France et autres variants (anglais et sud africain). L’objectif de cette étude était de caractériser la capacité des anticorps thérapeutiques, ainsi que ceux développés par les personnes ayant été précédemment infectées par le SARS-CoV-2 ou ayant été vaccinées, à neutraliser ce nouveau variant.

Les chercheurs ont isolé le variant B.1.617.2 du SARS-CoV-2 à partir d’un échantillon nasal d’un patient ayant développé un COVID-19 quelques jours après son retour d’Inde. Les anticorps monoclonaux thérapeutiques, les sérums de personnes ayant été exposées précédemment au SARS-CoV-2 ou ayant été vaccinées, ont été utilisés pour étudier la sensibilité du variant aux anticorps neutralisants.

« Nous avons isolé une souche infectieuse du virus B.1.617.2 et utilisé un nouveau test de neutralisation rapide et semi-automatisé, mis au point dans notre laboratoire. Ce travail collaboratif et multidisciplinaire associe des spécialistes de l’analyse de l’évolution virale, de la structure des protéines et des virologistes de l’Institut Pasteur, avec des équipes hospitalières de l’HEGP, d’Orléans et de Strasbourg. Nous montrons que ce variant à propagation plus rapide, a acquis une résistance partielle aux anticorps. Par exemple, les sérums de patients ayant eu un COVID-19 et recueillis jusqu'à 12 mois après les symptômes ainsi que les personnes ayant reçu le  vaccin Pfizer restent neutralisants, mais sont 3 à 6 fois moins puissants contre B.1.617.2, par rapport à B.1.1.7. En revanche, les sérums d'individus ayant reçu une dose d'AstraZeneca Vaxzevria sont peu ou pas du tout efficaces contre B.1.617.2 » précise Olivier Schwartz, co-principal auteur de l’étude et directeur de l’unité Virus et Immunité à l’Institut Pasteur.

Les chercheurs ont également montré qu’un anticorps thérapeutique, le Bamalnivimab, ne fonctionne plus contre cette souche, alors que Etesevimab, Casirivimab, et Imdevimab restent actifs.

Les chercheurs concluent que les mutations présentes dans le variant B.1.617.2 dans la Spike modifient potentiellement la liaison du virus à son récepteur et permettent d'échapper partiellement à la réponse du système immunitaire.

 



Légende photo : Cellules bronchiques humaines (en bleu) infectées par SARS-CoV-2 (jaune). Image obtenue par microscopie électronique à balayage puis colorisée.
(c) Institut Pasteur/Rémy Robinot, Mathieu Hubert, Vincent Michel, Olivier Schwartz, Lisa Chakrabarti, colorisation Jean-Marc Panaud

 

Source

Reduced sensitivity of infectious SARS-CoV-2 variant B.1.617.2 to monoclonal antibodies and sera from convalescent and vaccinated individuals. BioRxiv, 28 mai 2021

Delphine Planas1,2, David Veyer3,4, Artem Baidaliuk5, Isabelle Staropoli1, Florence Guivel-Benhassine1, Maaran Michael Rajah1,6, Cyril Planchais7, Françoise Porrot1, Nicolas Robillard4, Julien Puech4, Matthieu Prot5, Floriane Gallais8,9, Pierre Gantner8,9, Aurélie Velay8,9, Julien Le Guen10, Najibi Kassis-Chikhani11, Dhiaeddine Edriss4, Laurent Belec4, Aymeric Seve12, Hélène Péré3, Laura Courtellemont12, Laurent Hocqueloux12, Samira Fafi-Kremer8,9, Thierry Prazuck12, Hugo Mouquet7, Timothée Bruel1,2**, Etienne Simon-Lorière5**, Felix A. Rey13**, Olivier Schwartz1,2**.

1Virus & Immunity Unit, Department of Virology, Institut Pasteur; CNRS UMR 3569, Paris, France

2Vaccine Research Institute, Creteil, France

3INSERM, Functional Genomics of Solid Tumors (FunGeST), Centre de Recherche des Cordeliers, Université de Paris and Sorbonne Université, Paris, France 

4Hôpital Européen Georges Pompidou, Laboratoire de Virologie, Service de Microbiologie, Paris, France 

5G5 Evolutionary genomics of RNA viruses, Department of Virology, Institut Pasteur, Paris, France

6Université de Paris, Sorbonne Paris Cité, Paris, France 

7Laboratory of Humoral Immunology, Department of Immunology, Institut Pasteur, INSERM U1222, Paris, France

8CHU de Strasbourg, Laboratoire de Virologie, Strasbourg, France 

9Université de Strasbourg, INSERM, IRM UMR_S 1109, Strasbourg, France 

10Hôpital Européen Georges Pompidou, Service de Gériatrie, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris, Paris, France

11Hôpital européen Georges Pompidou, Unité d'Hygiène Hospitalière, Service de Microbiologie, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, 75015, France

12CHR d’Orléans, service de maladies infectieuses, Orléans, France

13Structural Virology Unit, Department of Virology, Institut Pasteur; CNRS UMR 3569, Paris, France

** co-last authors

 

 

 

AURÉLIE PERTHUISON
Responsable des relations presse

MYRIAM REBEYROTTE
Attachée de presse

NATHALIE FEUILLET
Chargée des relations presse

 

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