Activités

Les demandes ne peuvent concerner que les mycoses invasives prouvées ou probables selon les critères EORTC/MSG (Clin Infect Dis. 2008 Jun 15;46(12):1813-21. doi: 10.1086/588660.)

En cas de suspicion de mycose endémique et/ou d'envoi d'un champignon suspect ou confirmé de classe 3, merci de prévenir le CNRMA de l'envoi par un mail 

Avant tout envoi, consulter la rubrique " Envoyer un échantillon/une souche" car certaines expertises sont réalisées sur le site SLS.

Aide à l'identification / confirmation d'identification d'isolats de champignons (filamenteux et levures) responsables de mycoses invasives par une approche polyphasique associant :

• Analyse morphologique (macroscopique, microscopique)
• Détermination du profil protéique par MALDI-TOF
• Analyse des séquences nucléotidiques de plusieurs régions
• Détermination des profils de sensibilité à 8 antifongiques par microméthode en milieu liquide adaptée de la technique EUCAST. Les antifongiques testés diffèrent légèrement selon qu'il s'agit d'une levure ou d'un champignon filamenteux)

Les résultats sont habituellement disponibles en une semaine (retard possible en cas de fructification insuffisante, arrivage massif de souches dépassant les capacités techniques du CNRMA et/ou jour férié interrompant le processus).

Aide au diagnostic des mycoses invasives

L'aide au diagnostic peut prendre plusieurs formes :

• Relecture de coupes histologiques
• Diagnostic moléculaire sur tissu, au mieux sur échantillons frais non fixés dans le formol (réalisé dans le laboratoire de Parasitologie-Mycologie de l'hôpital Saint-Louis, Pr. A. Alanio)

Typage des isolats

• Seul le sérotypage des isolats de Cryptococcus neoformans est réalisé en routine.
• Pour les autres espèces, y compris Pneumocystis jirovecii, des techniques de typage moléculaire sont envisageables pour explorer l’origine d’infections liées au soin ou la physiopathologie. Aucune méthode ne fait, à ce jour, l’objet d’un consensus international, y compris pour les espèces les plus courantes et le choix d’une méthode n’est décidé qu’après discussions préalables avec l’un des responsables/collaborateurs du CNR en fonction des questions posées. Envoyer un email.

SURVEILLANCE

Le CNRMA est chargé de la surveillance épidémiologique des mycoses invasives et de la résistance aux antifongiques. Il a donc mis en place des serveurs sécurisés de déclaration en ligne permettant de déclarer les mycoses invasives. Les cliniciens et microbiologistes/mycologues concernés doivent contacter l’administrateur du système pour obtenir leurs paramètres de connexion (redcap@pasteur.fr). Des réseaux ont été constitués pour collecter de façon exhaustive et pérenne les cas d'infections fongiques invasives (SINFONI).

Les déclarations se font également, à l'initiative des mycologues ou des cliniciens pour les cas d'infections fongiques invasives diagnostiqués sur tout le territoire métropolitain et ultramarin, et en particulier pour les cryptococcoses, les mycoses endémiques (infections à Histoplasma capsulatum, Histoplasma duboisii, Coccidioides immitis, Blastomyces dermatitidis, Paracoccidioides brasiliensis, Penicillium marneffei, Sporothrix schenckii, mais aussi chromoblastomycoses, mycétomes), les mycoses émergentes quelle que soit l’espèce (infections à Scedosporium spp., Fusarium spp., Mucorales, ...), et les mycoses inhabituelles de par leur  localisation (localisation osseuse, cérébrale, cardiaque, ...). Il suffit de contacter le CNR pour participer à cette surveillance.

CONSEIL

Le CNR assure une activité de conseil auprès des cliniciens et microbiologistes prenant en charge des patients suspects ou atteints de mycose invasive.

COLLECTION DE SOUCHES

 Le CNR conserve toutes les souches envoyées dans le cadre de ses missions d'expertise et de surveillance.

FORMATION

Les biologistes hospitalo-universitaires peuvent compléter leur formation en mycologie médicale en s'inscrivant au cours de Mycologie médicale de l’Institut Pasteur (dispensé tous les deux ans en anglais).

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

Nationaux
Avec les Sociétés Savantes dont les membres sont concernés par les mycoses invasives, en particulier la Société Française de Mycologie Médicale, la Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française, la Société Nationale Française de Médecine Interne, l’Association des Professeurs de Pathologie Infectieuse et Tropicale (APPIT) pour toutes les activités de surveillance évoquées plus haut.

Internationaux (dont européennes)

• Groupes de travail de la Société Française de Mycologie Médicale (SFMM) et de l’European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) dans le cadre de l’European Committee for Antifungal Susceptibility Testing (EUCAST) pour la standardisation des techniques de détermination des concentrations minimales inhibitrices et l’évaluation des corrélations in vivo/in vitro. 
• Instituts du Réseau International des Institut Pasteur
• Invasive Fungal Infections Cooperative Group de l’EORTC pour des protocoles thérapeutiques 
• ESCMID Study Group on Fungal Infections (EFISG) pour des études européennes de recherche clinique en mycologie médicale.
• European Confederation of Medical mycology (ECMM) study groups
• Center for Diseases Control (CDC, Atlanta, GA) pour l’investigation de phénomènes épidémiques sur les mycoses endémiques en particulier.
• Fungal PCR Initiative (FPCRI) laboratory working group (faisant suite au European Aspergillus PCR Initiative) sous l’auspice de l’ISHAM sur l’établissement de consensus sur les PCR diagnostiques des infections fongiques.

Mis à jour le 09/08/2024