L'Institut Pasteur héberge 15 centres nationaux de référence (à Paris et à Lyon) et 4 CNR-laboratoires associés (en Guyane).
Nommés pour 5 ans par le ministère chargé de la Santé, ces laboratoires experts sont des observatoires des maladies transmissibles sur le territoire français. Ils interagissent étroitement avec la Cellule d'intervention biologique d'urgence de l'Institut Pasteur.