Le département développe des approches multidisciplinaires afin de répondre aux enjeux mondiaux de santé publique sur les maladies infectieuses et la résistance aux antimicrobiens. Les équipes s’intéressent à la surveillance des épidémies, des pathogènes et des maladies émergentes. Elles travaillent en collaboration étroite avec des équipes des pays du Sud (dont le Pasteur Network) et d’autres partenaires internationaux sur tous les continents. De nombreux projets sont menés selon le concept « One Health » qui prend en compte les interactions entre les humains, les animaux et l’environnement. Les expertises du département se situent à l’interface entre épidémiologie, modélisation mathématique, analyse génomique et moléculaire, pathophysiologie, anthropologie médicale, surveillance sanitaire, écologie. Le département abrite des centres nationaux de référence, des centres collaborateurs de l’OMS et des laboratoires de référence européens de santé publique.
Nos principaux travaux récemment publiés
L’importance des variants et des circonstances d’infection sur la durée d’incubation de la Covid-19
L’étude ComCor étudie les circonstances d’infection par le SARS-CoV-2. À partir des données de 20000 individus ayant eu un contact unique avec une personne malade, des scientifiques ont trouvé que la durée d’incubation de la COVID-19 était plus courte d’une journée entre le variant historique et Omicron, et quand le contact malade était symptomatique, ce qui suggère qu’une dose infectante de virus plus élevée pourrait la réduire.
The Lancet Microbe, 18 avril 2023
Des virus intestinaux aux génomes proches chez les humains et les grands singes
Cette étude montre une convergence des génomes des virus eucaryotes gastro-intestinaux entre les humains et les grands singes d’une forêt du Cameroun. Les champs ont été identifiés comme une plateforme de partage viral entre les humains et les grands singes dans la forêt d'Afrique centrale. L’observation sur le terrain, au Cameroun, a été comparée à un zoo européen. Ces recherches ont été coordonnées par T. Giles-Vernick en collaboration avec le CNRS, le Centre Pasteur du Cameroun et l’hôpital Saint-Louis.
Nature Communications, 21 juin 2023
Le virus SARS-CoV-2 est capable de se déplacer à l’intérieur des neurones et d’infecter le cerveau
Des scientifiques de l’Institut Pasteur et de l'Université Paris Cité ont mis en évidence une caractéristique commune à plusieurs variants du SARS-CoV-2 : la capacité à infecter le système nerveux central. L’étude confirme par ailleurs que le SARS-CoV-2 est capable d’infecter des neurones humains in vitro, et de se déplacer à l’intérieur des prolongements de la cellule nerveuse qui conduisent l’information.
Nature Communications, 26 juillet 2023
Vulnérabilité de l’hôpital aux épidémies de pathogènes respiratoires
La transmission de virus par voie aérienne (SARS-Cov2, grippe, etc) est très fréquente dans les hôpitaux. Nous avons étudié les interactions de proximité à l'aide de transpondeurs portables distribués à toutes les personnes dans 15 services cliniques (Paris, Lyon, Bordeaux) en avril-juin 2020 (>2 000 participants). Les données ont été utilisées pour simuler le risque épidémique, qui a varié de 20 fois entre les services suite à une nouvelle introduction. Cette étude ouvre de nouvelles voies de recherche sur le risque nosocomial aéroporté.
Scientific reports, 14 février 2024.
La génomique pour retracer l’évolution de Salmonella
Des scientifiques ont étudié par séquençage plus de 500 souches de Salmonella Paratyphi B, l’agent de la fièvre paratyphoïde, pour retracer son évolution depuis les premiers cas identifiés en 1896. Fréquente en Europe jusque dans les années 1960, elle reste toujours présente dans certaines régions du monde. L’étude a aussi permis de développer des outils génomiques pour mieux identifier ce pathogène et surveiller sa propagation.
Nature communications, 10 décembre 2024.
