Une étude de l'Institut Pasteur et d’Instituts du Pasteur Network publiée dans JAMA Network Open révèle une dégradation rapide de l'efficacité des antibiotiques contre les infections urinaires dans six pays africains. À ce rythme, plus de 90 % des cas pourraient échapper à certaines molécules clés d'ici à 2050.
Les infections urinaires sont les infections les plus fréquentes dans le monde. Deux bactéries en sont les principales responsables : Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae.
Pourquoi l'Afrique est-elle particulièrement exposée ?
Pour les combattre, les médecins disposent de plusieurs « lignes » d'antibiotiques : des molécules simples et peu coûteuses en première intention, puis des traitements plus puissants, et enfin des antibiotiques dits « de dernier recours », réservés aux cas critiques.
En Afrique, plusieurs facteurs accélèrent la résistance à ces traitements : usage inadapté des antibiotiques, diagnostics biologiques insuffisants, systèmes de santé sous-financés. Faute d’études menées sur le long terme, l'ampleur réelle du phénomène reste mal connue.
Que révèle cette étude sur dix ans ?
Des scientifiques de l'Institut Pasteur et du Pasteur Network ont analysé 44 367 échantillons urinaires collectés entre 2010 et 2022 dans six pays : Bénin, Cameroun, République centrafricaine, Madagascar, Maroc et Sénégal.
Menée dans le cadre du projet SARA (surveillance de l’antibiorésistance en Afrique), cette étude financée par le ministère de l’Europe et des affaires étrangères est la première à suivre ces tendances sur plus d'une décennie, en se concentrant exclusivement sur les infections urinaires.
Le constat est alarmant.
- L'amoxicilline, traitement de première intention le plus accessible et le moins cher, est désormais inefficace dans plus de 85 % des cas face au colibacille E. coli, jusqu'à 96 % au Bénin.
La résistance concerne également les fluoroquinolones et les céphalosporines de troisième génération, deux classes majeures dans la prise en charge des infections urinaires :
- les fluoroquinolones affichent des taux de résistance dépassant 60 à 75 % au Sénégal, en République centrafricaine et au Bénin.
- les céphalosporines de troisième génération dépassent, quant à elles, 45 % de résistance dans la plupart des pays étudiés.
Les antibiotiques de dernier recours tiennent-ils encore ?
C'est là le signal le plus préoccupant. Les carbapénèmes, utilisés uniquement pour les infections les plus graves lorsque tout le reste a échoué, représentaient jusqu’alors un traitement de dernier recours efficace. Mais à Madagascar, la résistance à l'ertapénème, l'un d'entre eux, atteint déjà 28 %. Une situation très préoccupante, en l’absence d’autres traitements.
Un antibiotique de dernier recours qui commence à échouer signe la perte de la dernière ligne de défense d'un système de soins. Ignorer ce signal aujourd'hui revient à accepter qu'une cystite devienne, dans quelques années, une sentence.
Que disent les projections à l'horizon 2050 ?
Si les tendances actuelles se poursuivent sans intervention, les modèles mathématiques de l'étude sont sans appel : la résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes pourrait dépasser 90 % dans la majorité des pays d'ici 2050. Pour les fluoroquinolones au Sénégal ou en République Centrafricaine, ce seuil critique pourrait être atteint dès 2030-2035.Une infection urinaire, banale aujourd'hui, pourrait évoluer vers des formes aux options thérapeutiques dangereusement limitées.
Renforcer la surveillance de la résistance aux antibiotiques, mieux comprendre les mécanismes qui permettent aux bactéries de s'adapter et développer de nouvelles stratégies thérapeutiques sont désormais des priorités scientifiques et de santé publique, au cœur des recherches menées par l'Institut Pasteur.
Source : Antimicrobial Resistance Trends in Urinary Tract Infections in 6 African Countries (2010–2022). Bich-Tram Huynh, Sylvain Brisse et collègues, pour le SARA Study Group. JAMA Network Open, 9 juillet 2026.
