Activités du CNR des Hantavirus

Avant tout envoi, consulter la rubrique " Envoyer un échantillon/une souche"

Toute demande au CNR n’est prise en compte que si elle est accompagnée d’une fiche de renseignements cliniques, biologiques et épidémiologiques jointe à l’échantillon. (PDF - 767 Ko)
Merci de ne pas indiquer l'identité complète du patient sur cette fiche de renseignements.

ANALYSES

Diagnostic sérologique humain

Cinétique des anticorps

La confirmation sérologique d’une infection actuelle ou récente par un hantavirus passe par la détection des Immunoglobulines M (IgM) et G (IgG) anti-hantavirus dans le sérum ou plasma du patient ; la détection seule des IgM anti-hantavirus pouvant être non spécifique.

Lors d’une infection par le virus Puumala (PUUV) :

• les IgM anti-PUUV sont détectées par test immunoenzymatique (ELISA) très rapidement après le début des symptômes. Les trois quarts des patients infectés par ce virus présentent des IgM anti-PUUV dans les 3 jours qui suivent le début de la maladie et la quasi-totalité dans les 7 jours. Elles persistent quelques semaines et ne sont plus retrouvées que chez les deux-tiers des patients lors du 2^ème mois qui suit l’infection. Elles ne sont plus détectées au-delà de ce 2^ème mois chez la quasi-totalité des patients.
• les IgG anti-PUUV sont détectées également par ELISA très rapidement après le début des symptômes. Les deux tiers des patients présentent des IgG anti-PUUV dans les 3 jours qui suivent le début de la maladie et la quasi-totalité dans les 7 jours. Leur détection persiste des dizaines d’années (les IgG anti-PUUV sont vraisemblablement conservées à vie).

Ces cinétiques sont du même ordre lors d’une infection par le virus Hantaan et le virus Dobrava-Belgrade, autres virus de l’Ancien Monde pathogènes pour l’homme, avec cependant une apparition retardée des IgG. Elles sont moins connues lors d’une infection par le virus Seoul (très peu de cas humains ont été étudiés) et pas connues pour le virus Tula, autre virus zoonotique de l’Ancien Monde.

Lors d’infection par le virus nord-américain Sin Nombre (SNV) :

• les IgM anti-SNV sont détectées par ELISA très rapidement et à des titres très élevés : 100% des patients infectés sont porteurs d’IgM anti-SNV dans les 3 jours qui suivent le début de maladie. Elles disparaissent dans la quasi-totalité des cas au cours du deuxième mois post-infection.
• les IgG anti-SNV sont détectées par ELISA plus tardivement : la réponse est du même type que celle observée lors d’une infection par PUUV (2/3 des patients en ont dans les 3 jours qui suivent le début de maladie et 100% dans les 7 jours).

Ces cinétiques sont du même ordre lors d’une infection par le virus Andes (ANDV), hantavirus sud-américain d’importance médicale, le variant Maripa du virus Laguna Negra (LANV) décrit en Guyane française et elles sont moins bien connues pour les autres hantavirus américains (peu de cas humains détectés).

En conséquence, l’absence d’IgM et d’IgG anti-hantavirus dans un échantillon de plasma ou sérum prélevé dès le huitième jour d’évolution de la maladie permet d’exclure une infection par un des virus testés ou un hantavirus proche.

Analyses disponibles

Le diagnostic sérologique d’une infection par un hantavirus est effectué en première intention en France métropolitaine par des laboratoires de biologie médicale ou de biologie médicale spécialisée. Ces laboratoires (quatorze en 2022) utilisent soit des trousses de réactifs permettant le diagnostic sérologique d’une infection par PUUV, endémique dans le quart Nord-Est de la France (test rapide d’immunochromatographie IgM), soit des trousses permettant de détecter des infections par d’autres hantavirus (trousse ELISA IgM et IgG pour les virus euro-asiatiques ou test d’immunofluoresence (IF) IgM et IgG pan-hantavirus). Ces examens sont hors nomenclature et non remboursés par l'Assurance Maladie. Le prescripteur doit alors s’assurer que le diagnostic demandé est à même d’être effectué par le laboratoire destinataire. Le CNR peut être exceptionnellement sollicité en première intention, quand les laboratoires de biologie médicale ou de biologie médicale spécialisée sollicités ne disposent pas de trousse de réactifs sérologiques permettant la détection des hantavirus recherchés. Un accord préalable à tout envoi est alors nécessaire.

Les techniques mises en œuvre par le CNR sont actuellement des tests ELISA et IF indirecte utilisant des antigènes natifs préparés sur cellules par le CNR et permettant de détecter IgM et/ou IgG dirigées contre différents hantavirus. Ces techniques sont effectuées deux fois par mois (résultats d’examens disponibles dans les 15 jours ouvrables après réception d’un prélèvement).

Diagnostic moléculaire humain

Détection et cinétique virale

Cette cinétique a peu souvent été étudiée et l’a été seulement par technique moléculaire ; l’isolement des hantavirus à partir de prélèvement de sang humain étant lourd et difficile.

Lors d’une infection par PUUV, le virus circule dès le premier jour de la maladie et probablement dans le sang avant l’apparition des symptômes. Il est détecté chez quasiment tous les patients hospitalisés dans les 3 jours qui suivent le début de la maladie et reste détectable chez 80% d’entre eux jusqu’au 8^ème jour de la maladie ; le titre viral diminuant lentement avec l’apparition des anticorps. La charge virale plasmatique est rapidement nulle au cours de la deuxième semaine de la maladie. Dans les formes graves, cette virémie est plus longue avec des titres d’anticorps anti-PUUV plus faibles et une apparition retardée des IgG dirigées contre PUUV.

Cette cinétique virale est du même ordre pour le virus Dobrava-Belgrade et elle est moins bien connue pour les autres hantavirus de l’Ancien Monde pathogènes pour l’homme (virus Hantaan, Seoul et Tula).

Lors d’une infection par le virus nord-américain SNV, le virus est détecté dans le plasma des trois quarts des patients au moment de l’hospitalisation, correspondant pour la plupart au moment de l’apparition de l’œdème pulmonaire. Les titres viraux sont à leur maximum quand l’hématocrite est au plus haut et les plaquettes au plus bas. Ils sont également plus élevés chez les patients présentant une forme sévère de la maladie. La chute brutale de la virémie chez les survivants correspond à la fin de la période fébrile.

Le virus Maripa, variant de LANV circulant en Guyane française, est également détecté dans le plasma de tous les patients suspects admis à l’hôpital dans les 7 premiers jours de la maladie et présentant des IgM anti-hantavirus, et reste détectable au moins un mois après le début de la maladie (cinétique suivi chez un patient survivant).

Cette cinétique virale est moins bien connue pour les autres hantavirus du Nouveau Monde pathogènes pour l’homme.

Analyses disponibles

Le CNR est à même de faire un diagnostic moléculaire sur les prélèvements de cas suspects. Les techniques mises en œuvre par le CNR sont actuellement des techniques de RT-PCR en temps réel ou conventionnelles (ciblant les différents segments des génomes) spécifiques de certains hantavirus, de groupes d’hantavirus (groupes associés aux différentes sous-familles de rongeurs) ou de tous les hantavirus.

Compte-tenu des ressources humaines du CNR, ces techniques sont effectuées deux fois par mois (résultats d’examens disponibles dans les 15 jours ouvrables après réception d’un prélèvement) quand elles sont justifiées (cf. cinétique virale). Si elles le sont, c’est en complément des techniques sérologiques sauf accord préalable du responsable du CNR.

Le CNR des Hantavirus réalise ses activités analytiques sous management de la qualité. Le CNR a été accrédité selon la norme NF EN ISO 15189 version 2012 en avril 2015 sous le n°8-2588. La portée d’accréditation est sur le site du Cofrac (www.cofrac.fr). L'attestation d'accréditation est disponible ici : https://tools.cofrac.fr/annexes/sect8/8-2588.pdf. Le CNR poursuit la démarche d’accréditation selon les conditions imposées par la Loi du 30 mai 2013 (2013-442).

EXPERTISES

Diagnostic sérologique humain

Le CNR intervient, sauf exception (cf supra « Analyses disponibles »), en France métropolitaine en 2^ème intention, en complément des laboratoires effectuant le diagnostic de 1^ère intention. Les partenaires de ce réseau de laboratoires adressent au CNR tous les prélèvements avec résultats d’examens sérologiques positifs et certains avec des résultats douteux ou négatifs à des fins de confirmation ou de compléments d’examens (détection des IgG anti-hantavirus dans les prélèvements de patients chez qui des IgM anti-hantavirus ont été seulement recherchées et détectées, afin de confirmer les cas). Ces examens sont effectués à titre gracieux. Ce diagnostic de 2^ème intention contribue grandement à l’activité de surveillance.

Isolement, Détection, Identification et caractérisation moléculaire d’hantavirus

Le CNR dispose des outils (amplification de gènes, séquençage, analyse de séquences) permettant de détecter, d’identifier les espèces d’hantavirus et de les caractériser (origine géographique en particulier), que cela soit à partir de prélèvements humains, animaux ou d’isolats.

Les prélèvements reçus pour un diagnostic sérologique de confirmation présentant un intérêt (précocité de prélèvement, forme clinique atypique, localisation géographique, surveillance épidémiologique) font l’objet d’un complément de diagnostic moléculaire afin de préciser l’espèce et le topotype d’hantavirus en cause.

Le CNR a également la capacité d’isoler des souches d’hantavirus.

CONSEIL

Le CNR assure une activité de conseils auprès des acteurs de la santé publique, des professionnels de santé (cliniciens, biologistes, médecins généralistes). Le CNR est régulièrement consulté pour des questions relatives à la conduite à tenir vis-à-vis des cas éventuellement suspects, pour obtenir des informations sur le diagnostic et l’épidémiologie des infections par hantavirus, sur la maladie (risque de séquelles, de ré-infection), pour connaitre les performances des kits sérologiques commerciaux, pour indiquer un laboratoire proposant des contrôles de qualité externe, etc.

Pour les questions relevant de l’expertise clinique, le CNR peut faire appel à son référent médical, le docteur Galempoix, chef du service de Médecine Interne et maladies infectieuses du Centre Hospitalier Intercommunal nord-Ardennes à Charleville Mézières, qui a une très forte expérience de la prise en charge de patients infectés par les hantavirus et en particulier par le virus Puumala.

Le CNR peut être également sollicité par des particuliers pour toute question relative à la conduite à tenir suite à l’infestation de son habitation et son environnement par des rats, à la survie du virus dans l’environnement, aux risques liés à un voyage dans une région en situation épidémique, aux risques de séquelles et de ré-infection, etc.

SURVEILLANCE

Le CNR contribue à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’agence nationale de santé publique et en collaboration avec le réseau de laboratoires effectuant un diagnostic de première intention.

Après recueil et enregistrement des données cliniques, biologiques et épidémiologiques des cas et de leurs résultats d’examens par les techniques de référence, le CNR est en mesure de produire mensuellement un rapport de surveillance indiquant la distribution spatiale et temporelle des cas confirmés.

Il contribue également aux projets européens de surveillance en fournissant les données françaises, via l’agence nationale de santé publique, à l’« European Centre for Disease Prevention and Control » (ECDC) à Stockholm en Suède.

Alerte : Le CNR signale à l’agence nationale de santé publique tout évènement inhabituel (émergence de nouveaux virus, cluster spatio-temporel, forme clinique inhabituelle, etc.).

Par ailleurs le CNR est capable, en collaboration avec l’agence nationale de santé publique, de renforcer sa surveillance en cas d’alerte nationale ou émanant d’un pays tiers.

COLLECTION DE SOUCHES

Le CNR assure l’entretien et l’actualisation d’une collection de souches d’hantavirus de référence ainsi que des réactifs qui y sont associés.

FORMATION

Accueil de stagiaires

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

Au plan national

• le CNR entretient des rapports étroits avec l’unité des infections zoonotiques, vectorielles et alimentaires du département des maladies infectieuses de l’agence nationale de santé publique et avec le laboratoire associé (Institut Pasteur de Guyane), chargé particulièrement de la surveillance des hantavirus sur les départements français des Antilles-Guyane.
• le CNR collabore avec le réseau de laboratoires métropolitains effectuant un diagnostic de première intention d’infection par un hantavirus, permettant de générer des données de surveillance.
• le CNR collabore avec la Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française pour la diffusion d’informations en cas d’alerte.

Au plan international

• le CNR est membre du réseau européen de laboratoires experts pour la détection et la surveillance des maladies virales (ré-)émergentes (« EVD-LabNet » pour Emerging Viral Diseases-Expert Laboratory Network). Ce réseau regroupe des laboratoires spécialisés d’une quarantaine de pays européens. Les objectifs de ce réseau sont de surveiller l’introduction et la circulation de virus en Europe, d’échanger réactifs et matériel biologique et de standardiser les techniques de diagnostic.
• le CNR est membre du Pasteur Network et collabore au sein de ce réseau avec certains Instituts dans le cadre du diagnostic et de l’épidémiologie des infections par hantavirus.

Mis à jour le 03/02/2023