Projet Atlantes : anticiper une épidémie en surveillant les eaux usées

La pandémie de Covid-19, provoquée par le virus SARS-CoV-2, a démontré l’importance du développement d’approches de surveillance épidémiologique alternatives et complémentaires aux outils reposant sur des prélèvements sur individus. Le projet « ATLANTES, Alliance pour l'extension de la surveillance de pathogènes dans les eaux usées », financé par l’Agence française de développement (AFD) et coordonné par l’Institut Pasteur en collaboration avec le groupement d'intêret scientifique (GIS) Obépine, vise à transférer les connaissances nécessaires pour établir une surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées aux instituts participants. Une fois les outils déployés, ce type de surveillance pourra être étendu à d’autres pathogènes d’intérêt.

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L'importance de la surveillance des eaux usées dans la lutte contre la Covid-19

Les méthodes de diagnostic habituelles du SARS-CoV-2, basées sur l'analyse d'échantillons humains, nécessitent une mise en œuvre à grande échelle. Cela implique de disposer d'une main-d'œuvre qualifiée, de laboratoires équipés de technologies avancées, et d'une population qui peut aisément accéder aux structures de santé. Cependant, cette approche peut présenter des limitations et être difficilement viable à long terme, en particulier dans les pays en développement.

De plus, en se concentrant exclusivement sur la surveillance individuelle de la population, les diagnostics et séquençages ne parviennent que partiellement à saisir la véritable dynamique de propagation du SARS-CoV-2. Ainsi, la modélisation épidémiologique joue un rôle crucial dans la projection et l'anticipation des vagues épidémiques. Toutefois, cette capacité de modélisation fait encore défaut dans de nombreux pays.

Par conséquent, il devient nécessaire d'explorer des approches épidémiologiques alternatives. La recherche du SARS-CoV-2 dans l’environnement peut générer des données complémentaires et des signaux d’alerte avant même que la propagation au sein de la population ne soit confirmée. En élargissant la surveillance de manière globale, en incluant par exemple les variants en circulation et le suivi post-vaccinal, les institutions de santé publiques des pays concernés pourraient anticiper l'évolution de l'épidémie, évaluer l'efficacité des mesures collectives et ajuster les stratégies de gestion de l’épidémie.

Le projet multisite de surveillance des virus dans les eaux usées

Le projet « ATLANTES » se divise en deux phases distinctes. La première phase, entièrement théorique, a été axée sur la conception et la préparation de systèmes d’ingénierie de prélèvement dans les eaux usées. Cette première phase a permis des échanges entre le GIS Obépine, qui assure le pilotage scientifique du projet, et les instituts intéressés afin de favoriser le transfert de connaissances et d’identifier précisément les besoins spécifiques de chaque institut. La deuxième phase, axée sur la mise en place opérationnelle de la surveillance des eaux usées a été déployée en fin 2023 en collaboration avec un nombre restreint d’institutions partenaires.

Lors de la première phase, lancée en 2022, des séminaires ont été organisés afin d’amorcer le transfert de compétences des experts d' Obépine vers les instituts membres du Pasteur Network ayant manifesté leur intérêt : le Centre Pasteur du Cameroun, l’Institut Pasteur du Cambodge, l’Institut Pasteur de Dakar, l’Institut Pasteur de Guinée, l’Institut Pasteur de Madagascar, l’Institut Pasteur du Maroc, l’Institut Pasteur de Bangui, l’Institut Pasteur de Tunis ainsi que la Faculté de Pharmacie de l’Université de Monastir en Tunisie. En plus du transfert de connaissances sur la surveillance de pathogènes viraux dans les eaux usées, cette première phase vise également à créer une dynamique de groupe et faciliter les échanges entre les parties impliquées.

Déploiement opérationnel et ambitions du projet

La deuxième phase, qui a commencée à fin 2023, constitue un projet pilote de surveillance dans les eaux usées déployé en Guinée, au Maroc et en Tunisie par l’Institut Pasteur de Guinée, l’Institut Pasteur du Maroc, l’Institut Pasteur de Tunisie et la Faculté de Pharmacie de l’Université de Monastir respectivement. Les objectifs de cette seconde phase sont :

  • La mise en place d'une étude de faisabilité dans les pays sélectionnés
  • La formation du personnel aux techniques de prélèvement, extraction et diagnostic
  • La collecte régulière des échantillons
  • L’interprétation des résultats et production le cas échéant d’indicateurs capables d’évaluer la dynamique de circulation du virus
  • La restitution des avancées aux autorités locales

Des discussions seront initiées au niveau national pour créer un partenariat durable et assurer une surveillance pérenne des eaux usées.

L'ambition de ce projet est d'offrir aux pays impliqués la possibilité de bénéficier de l'expertise mutuelle des autres membres du Pasteur Network pour démontrer qu'une articulation entre la surveillance individuelle du SARS-CoV-2 et la surveillance des eaux usées est possible, même dans des contextes différents. À l'issue du projet, ces pays pourront envisager une mise à l'échelle nationale et pérenne de cette surveillance des eaux usées.

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