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Le service de Coordination des Centres de référence rattaché à la Direction des Affaires médicales et Santé publique est chargé de coordonner les activités des centres nationaux de référence et des centres collaborateurs de l’OMS placés sous la responsabilité de l’Institut Pasteur.
Si l’appellation "Centre national de référence" (CNR) a été introduite pour la première fois en France par un arrêté paru au J.O. du 18 avril 1972, la notion de "Centre de référence" était déjà utilisée depuis les années 50 pour décrire les activités de certaines unités de recherche de l’Institut Pasteur en rapport avec les professions de Santé et le Ministère en charge de la santé. L’Institut Pasteur qui, outre la microbiologie, dispose d’une masse critique importante de laboratoires spécialisés dans d’autres disciplines majeures de la biologie, telles que la biologie moléculaire ou l’immunologie, est en mesure de contribuer à l’amélioration constante des techniques employées dans le diagnostic clinique et l’épidémiologie.