Elle a grandi sur l'île de Bornéo, fait sa thèse en Australie et débarqué à Paris sans parler un mot de français. Cassandra Koh, chercheuse en virologie à l'Institut Pasteur, a aujourd'hui les moustiques dans la peau au sens scientifique du terme.
Spécialiste du virome des moustiques, elle explore ce territoire encore largement méconnu que sont les milliards de virus nichés dans ces insectes, dans l'espoir de comprendre comment les prochaines épidémies pourraient naître.
Rencontre avec une scientifique aussi curieuse que rigoureuse, qui conjugue la passion pour les sciences et un amour sincère pour la gastronomie française.
Bornéo, 16 ans, et un cours de génétique qui change tout
L'histoire commence dans une petite ville de l'île de Bornéo, à Pontianak, en Indonésie, lors d'un cours de biologie que Cassandra Koh n'a jamais vraiment quitté. À 16 ans, sa professeure demande à la classe de préparer une présentation sur le sujet de son choix. Elle choisit la génétique et plus précisément la modification génétique et plonge dans ses recherches avec une voracité qui étonne jusqu'à son enseignante.
« J'ai toujours été une enfant curieuse. Pourquoi le ciel est bleu, pourquoi la chenille se transforme en papillon... Le jour où j’ai découvert ce concept de gènes, je me suis dit : « La génétique et l'ADN sont le schéma directeur de toute forme de vie.», se souvient-elle.
Sa professeure, tellement impressionnée par la qualité du travail fourni, lui demande l'autorisation de garder ses diapositives. Un premier signal fort. Mais dans l'Indonésie des années 2000, vouloir devenir chercheuse plutôt que médecin relève presque de l'excentricité. « La recherche, ça n'existait quasiment pas comme métier en Indonésie. Mes parents ne comprenaient pas ce choix. C'était un peu comme dire que je voulais être musicienne. »
Fille d'entrepreneurs ayant étudié en Nouvelle-Zélande, sa famille valorise l'éducation mais peine à projeter un avenir stable dans la science fondamentale. Mais la conviction de Cassandra ne vacille pas. Elle part finalement faire sa licence puis sa thèse en Australie.
Dans chaque moustique, des milliards de secrets
Sa thèse s’intéresse déjà au virus de la dengue et au moustique qui le transporte. « Le but était de comprendre, par une approche génétique, pourquoi certains moustiques transmettent très bien la dengue et pourquoi d'autres non », résume-t-elle. C'est le fil conducteur de sa carrière scientifique jusqu'à aujourd'hui.
Sept ans plus tard, elle intègre l'équipe de la chercheuse argentine Carla Saleh à l'Institut Pasteur de Paris, Depuis, Cassandra a considérablement élargi le terrain de jeu. Là où sa thèse dessinait un triangle relativement lisible : virus de la dengue / moustique vecteur / humains contaminés, ses recherches actuelles révèlent un univers d'une complexité vertigineuse. Grâce au séquençage métagénomique, une technique permettant de séquencer en quelques jours la totalité du matériel génétique contenu dans un échantillon, on a découvert que les moustiques abritent non pas quelques virus connus, mais des milliards de séquences virales encore largement inexplorées. Son équipe vise à comprendre comment ce nouvel univers des virus influe sur l'éco-épidémiologie (comprendre les maladies transmissibles, selon des critères multiples et variés dans un écosystème complexe) des maladies transmises par les moustiques.
« On collecte des moustiques dans la nature et on se demande : quels virus existent en eux ? Et pourquoi ces virus-là ? C'est dans ce domaine que les découvertes ont littéralement explosées .»,
Ces virus se répartissent en deux grandes catégories :
- les arbovirus, comme la dengue, le Zika ou le virus du Nil occidental, capables d'infecter les vertébrés et les humains ; et
- les virus dits « spécifiques aux moustiques », qui semblent circonscrits à l'insecte, transmis de génération en génération par voie verticale, sans jamais franchir la barrière vers d'autres hôtes.
Ces virus, on sait qu'ils existent parce qu'on détecte leurs gènes. Mais ce qu'ils font biologiquement, d'où ils viennent, où ils vont on ne sait pas encore.
Une nouvelle frontière de la connaissance est dorénavant rendue possible par des technologies de séquençage, aujourd’hui , rapides et accessibles, qui obligent la communauté scientifique à réécrire une partie de ce qu'elle croyait savoir sur les virus et les moustiques.
Comprendre, anticiper et découvrir
La curiosité de Cassandra Koh puise sa force dans une question aussi évidente qu’inquiétante : et si certains de ces virus inconnus étaient bénéfiques
pour les moustiques ?
« Si ces virus renforcent les moustiques, les aident à mieux survivre ou à mieux se reproduire dans le contexte actuel du changement climatique, c'est une très mauvaise nouvelle pour nous ! Parce qu'un moustique en meilleure santé, c'est potentiellement un vecteur plus efficace », expose-t-elle avec une lucidité clinique.
Soutenus par un financement du Conseil Européen de la Recherche, Cassandra et son équipe s'attellent à décrypter le rôle de ce virus au sein de son environnement dans la biologie même de l'insecte, en le comparant avec celui des arbovirus pathogènes pour l'homme. L'enjeu dépasse largement la curiosité académique. Des analyses génomiques ont déjà montré que les ancêtres des arbovirus étaient, à l'origine, des virus spécifiques aux moustiques, qui ont ensuite acquis la capacité d'infecter des vertébrés.
Comprendre ce parcours évolutif, c'est comprendre comment une menace épidémique peut émerger, avant même qu'elle n'émerge.
Pour cette scientifique qui confesse préférer la paillasse stérile à la jungle tropicale, la frontière entre le monde des insectes, des virus et des crises sanitaires mondiales, est une réalité quotidienne qui reste à explorer et à comprendre.
Cassandra Koh en quelques dates
2013 : Licence en Biotechnologie, mention Très Bien, Université Monash, Australie
2019 : Doctorat en Sciences Biologiques, Université Monash, Australie
2019 : Début de post-doctorat à l’Unité Virus et Interférence ARN, Institut Pasteur, France
2022 : Obtention du financement Springboard to Independence (S2I) du LabEx IBEID
2024 : Obtention du financement Starting Grant « MULTITUDES » de l’ERC
2025 : Début de l’Equipe Écologie des Moustiques et des Virus, Unité Virus et Interférence ARN, Institut Pasteur, France
