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Coqueluche et autres bordetelloses
Activités de recherche du CNR coqueluche et autres bordetelloses
PRINCIPAUX THEMES DE RECHERCHE DU CNR
Effectuée en s’appuyant sur les données et sur le matériel biologique recueillis dans le cadre du CNR, l’activité de recherche est décrite dans le rapport annuel d’activité. Elle est complémentaire de l'activité de recherche de l'unité Biodiversité et épidémiologie des bactéries pathogènes à laquelle le CNR est rattaché.
Projet de recherche : PER-SEVERE
La coqueluche est une maladie respiratoire causée par une bactérie (Bordetella pertussis) qui peut, dans certains cas et notamment chez les nourrissons, être sévère voire mortelle (on parle alors de coqueluche maligne). L’objectif de ce projet de recherche, mené par le Dr Julie Toubiana en collaboration avec plusieurs centres hospitaliers français, est d’identifier les facteurs et les mécanismes qui conduisent à une coqueluche maligne.
Votre enfant a été hospitalisé quand il était nourrisson, pour une coqueluche dans l’un des centres hospitaliers qui collaborent avec l’Institut Pasteur dans le cadre de ce projet. Lors de son hospitalisation, un prélèvement a été effectué dans le nez de votre nourrisson (on parle d’un écouvillonnage ou d'une aspiration nasopharyngée) pour rechercher la présence et isoler la bactérie à l’origine de la coqueluche. Pour confirmer le diagnostic de coqueluche, une partie de cet échantillon a été transmise au Centre National de Référence de la Coqueluche et autres Bordetelloses, puis mise en culture pour isoler la bactérie responsable, dans le cadre de la mission de santé publique de ce CNR.
Pour ce projet, nous souhaitons travailler sur la bactérie isolée de l'échantillon de votre enfant et conservée au CNR, et aussi utiliser des données de santé collectées par l’équipe médicale lors de sa prise en charge médicale (données contenues dans le dossier médical de votre enfant).
Si vous le souhaitez, vous pouvez obtenir de plus amples informations sur ce projet en consultant la note d’information ou en contactant le Dr Julie Toubiana (voir partie « contacter le CNR », en précisant dans votre message qu’il s’agit de cette étude.
PUBLICATIONS
Learning the fitness dynamics of pathogens from phylogenies.
Lefrancq N, Duret L, Bouchez V, Brisse S, Parkhill J, Salje H. Nature. 2025
Leroux P, Matczak S, Bouchez V, Volant S, Ouziel A, Launay E, Faye A, Rabier V, Sarlangue J, Jeziorski E, Maakaroun-Vermesse Z, Madhi F, Pinquier D, Lorrot M, Pouletty M, Cantais A, Javouhey E, Aït Belghiti F, Guillot S, Rodrigues C, Brisse S, Cohen JF, Toubiana J. Clin Microbiol Infect. 2025
Resurgence of Bordetella pertussis, including one macrolide-resistant isolate, France, 2024
Rodrigues C, Bouchez V, Soares A, Trombert-Paolantoni S, Aït El Belghiti F, Cohen JF, Armatys N, Landier A, Blanchot T, Hervo M; REMICOQ study group; Toubiana J, Brisse S. Euro Surveill. 2024
Transient reemergence of Bordetella parapertussis in France in 2022
Bouchez V, Toubiana J, Guillot S, Parapertussis Study Group, El Belghiti FA, Landier A, Armatys N, Trombert-Paolantoni S, Soares A, Rodrigues C, Brisse S. J Med Microbiol. 2024
Merdrignac L, Aït El Belghiti F, Pandolfi E, Acosta L, Fabiánová K, Habington A, García Cenoz M, Bøås H, Toubiana J, Tozzi AE, Jordan I, Zavadilová J, O'Sullivan N, Navascués A, Flem E, Croci I, Jané M, Křížová P, Cotter S, Fernandino L, Bekkevold T, Muñoz-Almagro C, Bacci S, Kramarz P, Kissling E, Savulescu C; Renacoq Group; PERTINENT Group. Vaccine. 2024
Biological differences between FIM2 and FIM3 fimbriae of Bordetella pertussis: not just the serotype
Matczak S, Bouchez V, Leroux P, Douché T, Collinet N, Landier A, Gianetto QG, Guillot S, Chamot-Rooke J, Hasan M, Matondo M, Brisse S, Toubiana J. Microbes Infect. 2023
A comprehensive resource for Bordetella genomic epidemiology and biodiversity studies
Bridel S, Bouchez V, Brancotte B, Hauck S, Armatys N, Landier A, Mühle E, Guillot S, Toubiana J, Maiden MCJ, Jolley KA, Brisse S. Nat Commun. 2022
Association between the COVID-19 pandemic and pertussis derived from multiple nationwide data sources, France, 2013 to 2020.
Matczak S, Levy C, Fortas C, Cohen JF, Béchet S, Aït El Belghiti F, Guillot S, Trombert-Paolantoni S, Jacomo V, Savitch Y, Paireau J, Brisse S, Guiso N, Lévy-Bruhl D, Cohen R, Toubiana J. Euro Surveill. 2022
Pertussis surveillance results from a French general practitioner network, France, 2017 to 2020.
Debin M, Launay T, Rossignol L, Ait El Belghiti F, Brisse S, Guillot S, Guiso N, Levy-Bruhl D, Merdrignac L, Toubiana J, Blanchon T, Hanslik T. Euro Surveill. 2022
Global spatial dynamics and vaccine-induced fitness changes of Bordetella pertussis
Noémie Lefrancq, Valérie Bouchez, Nadia Fernandes, Alex-Mikael Barkoff,Thijs Bosch, Tine Dalby, Thomas Åkerlund, Jessica Darenberg, Katerina Fabianova,Didrik F. Vestrheim, Norman K. Fry, Juan José González-López, Karolina Gullsby,Adele Habington, Qiushui He, David Litt, Helena Martini, Denis Piérard,Paola Stefanelli, Marc Stegger, Jana Zavadilova, Nathalie Armatys, Annie Landier,Sophie Guillot, Samuel L. Hong, Philippe Lemey, Julian Parkhill, Julie Toubiana,Simon Cauchemez, Henrik Salje, Sylvain Brisse. Science Translational Medicine, 2022.
Effect of change in vaccine schedule on pertussis epidemiology in France: a modelling and serological study
Juliette Paireau, Sophie Guillot, Fatima Aït El Belghiti, Soraya Matczak, Sabine Trombert-Paolantoni, Véronique Jacomo, Muhamed-Kheir Taha, Henrik Salje, Sylvain Brisse, Daniel Lévy-Bruhl, Simon Cauchemez, Julie Toubiana. The Lancet Infectious Diseases, 2021.
Evolution of Bordetella pertussis over a 23-year period in France, 1996 to 2018.
Valérie Bouchez, Sophie Guillot , Annie Landier , Nathalie Armatys , Soraya Matczak , the French pertussis microbiology study group, Julie Toubiana , Sylvain Brisse . Eurosurveillance, 2021.
Circulation of pertussis and poor protection against diphtheria among middle-aged adults in 18 European countries
Guy Berbers, Pieter van Gageldonk, Jan van de Kassteele, Ursula Wiedermann, Isabelle Desombere,Tine Dalby , Julie Toubiana , Sotirios Tsiodras, Ildikó Paluska Ferencz, Kathryn Mullan,Algirdas Griskevicius, Tatjana Kolupajeva, Didrik Frimann Vestrheim, Paula Palminha, Odette Popovici,Lena Wehlin , Tamara Kastrin , Lucia Maďarová, Helen Campbell , Csaba Ködmön ,Sabrina Bacci, Alex-Mikael Barkoff , Qiushui He & the Serosurveillance Study Team. Nature communications, 2021.
Incidence and severity of pertussis hospitalisations in infants aged less than 1 year in 37 hospitals of six EU/EEA countries, results of PERTINENT sentinel pilot surveillance system, December 2015 to December 2018
Lore Merdrignac , Fatima Aït El Belghiti , Elisabetta Pandolfi , Mireia Jané , Jane Murphy , Kateřina Fabiánová , Manuel García Cenoz , Elmira Flem , Sophie Guillot , Alberto E Tozzi , Gloria Carmona , Adele Habington , Jana Zavadilová , Ana Navasués , Håkon Bøås , Daniel Lévy-Brühl2, Beatrice Ferretti , Miguel Lanaspa , Niam O’Sullivan , Pavla Křížová , Leticia Fernandino , Terese Bekkevold , Thomas Hanslik , Carmen Muñoz-Almagro, Sabrina Bacci17 , Gianfranco Spiteri, Marta Valenciano, Alain Moren , PERTINENT Group. Eurosurveillance, 2021.
Low Detection Rate of Bordetella pertussis Using the BioFire FilmArray Respiratory Panel 2plus
Sophie Guillot, Assaf Mizrahi, Nathalie Armatys, Laureen Chat, Alban Le Monnier, Sylvain Brisse, Julie Toubiana. Open Forum Infectious Diseases, 2020.
Bordetella parapertussis Bacteremia: Clinical Expression and Bacterial Genomics
Julie Toubiana, Saba Azarnoush, Valérie Bouchez, Annie Landier,Sophie Guillot, Soraya Matczak, Stéphane Bonacorsi, Sylvain Brisse. Open Forum Infectious Diseases, 2019.
Determining Factors for Pertussis Vaccination Policy: A Study in Five EU Countries
Anabelle Wong, Annick Opinel, Simon Jean-Baptiste Combes,Julie Toubiana, Sylvain Brisse. Vaccines, 2020.
Genome characteristics of Bordetella pertussis isolates from Tunisia
Ikram Ben Fraj, Valérie Bouchez, Hanen Smaoui, Amel Kechrid, Sylvain Brisse. Journal of Medical Microbiology, 2019.
Pertactin-deficient Bordetella pertussis isolates: evidence of increased circulation in Europe, 1998 to 2015
Alex-Mikael Barkoff, Jussi Mertsola, Denis Pierard, Tine Dalby, Silje Vermedal Hoegh, Sophie Guillot, Paola Stefanelli,Marjolein van Gent, Guy Berbers, Didrik Vestrheim, Margrethe Greve-Isdahl, Lena Wehlin, Margaretha Ljungman, NormanK. Fry, Kevin Markey, Qiushui He. Eurosurveillance, 2019.
Complete Genome Sequences of Bordetella pertussis Clinical Isolate FR5810 and Reference Strain Tohama from Combined Oxford Nanopore and Illumina Sequencing
Valérie Bouchez, Sarah Louise Baines, Sophie Guillot, Sylvain Brisse. Microbiology Ressource Announcements, 2018.
Pertussis epidemiology in Tunisian infants and children and characterization of Bordetella pertussis isolates: results of a 9-year surveillance study, 2007 to 2016
Ikram Ben Fraj, Amel Kechrid, Sophie Guillot, Valérie Bouchez, Sylvain Brisse, Nicole Guiso, Hanen Smaoui. Journal of Medical Microbiology, 2018.
Genomic Sequencing of Bordetella pertussis for Epidemiology and Global Surveillance of Whooping Cough
Valérie Bouchez, Julien Guglielmini, Mélody Dazas, Annie Landier, Julie Toubiana, Sophie Guillot, Alexis Criscuolo, Sylvain Brisse. Emerging Infectious Diseases, 2018.
The length of poly(C) stretch in the Bordetella pertussis Pfim3 promoter determines the vag or vrg function of the fim3 gene
Nao Otsuka, Nicole Guiso, Valérie Bouchez. Microbiology, 2017.
Characterization of Post-Translational Modifications and Cytotoxic Properties of the Adenylate-Cyclase Hemolysin Produced by Various Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis Isolates
Valérie Bouchez , Thibaut Douché , Mélody Dazas, Sophie Delaplane ,Mariette Matondo, Julia Chamot-Rooke, Nicole Guiso. Toxins, 2017.
Mis à jour le 28 avril 2025
Fiches de renseignements
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