Des chercheurs de l'Institut Pasteur publient dans PLOS Biology un article décrivant les principes et les applications du Life Identification Number (LIN), un système de nomenclature numérique fondé sur la comparaison des génomes bactériens. Conçu pour harmoniser l'identification des souches pathogènes à l'échelle mondiale, il est désormais déployé dans plusieurs plateformes internationales de surveillance épidémiologique.
Au sein d'une même espèce bactérienne, les souches peuvent différer considérablement : résistance aux antibiotiques, virulence, capacité de diffusion entre patients. Les identifier avec précision est un enjeu de santé publique de premier plan.
Une classification des souches bactériennes encore fragmentée
Pourtant, il n'existe aujourd'hui aucune nomenclature standardisée à l'échelle mondiale. Les chercheurs recourent à des systèmes variés - typage MLST (qui compare quelques gènes représentatifs), définitions de lignées ou de clones, noms de laboratoires -, dont les contours changent d'une étude à l'autre. Avec la généralisation du séquençage des génomes entiers, ces incohérences compliquent les comparaisons entre équipes et ralentissent la surveillance internationale.
Qu'est-ce qu'un code LIN ?
Le Life Identification Number est une série de chiffres attribuée à chaque souche selon sa proximité génétique avec toutes les souches déjà répertoriées. Plus deux bactéries sont proches, plus leurs codes se ressemblent. Le système est hiérarchique : les premières positions du code distinguent les espèces et sous-espèces, tandis que les suivantes identifient des lignées ou des clones épidémiques - à la façon dont la taxonomie linnéenne classe les organismes du phylum jusqu'à l'espèce. Cette structure en niveaux imbriqués permet de décrire n'importe quel degré de parenté génétique dans un code unique et cohérent.
De l'idée à l'outil opérationnel
En 2022, une première étude de l'Institut Pasteur avait posé les bases du système LIN en démontrant sa faisabilité sur Klebsiella pneumoniae, bactérie hospitalière responsable d'infections parfois très résistantes aux antibiotiques. Ce nouveau travail franchit une étape supplémentaire en visant l'adoption à grande échelle. Il introduit des «surnoms» lisibles pour les groupes bactériens les plus connus - à l'image des noms Alpha, Delta ou Omicron pour les variants du SARS-CoV-2 - et assure une continuité avec le MLST, la méthode de référence utilisée depuis des décennies.
Un outil concret pour la surveillance internationale
Les codes LIN sont intégrés dans deux plateformes majeures, BIGSdb-Pasteur et Pathogenwatch, ce qui permet d'attribuer automatiquement un code à partir d'un génome séquencé. En cas d'épidémie, des laboratoires de différents pays peuvent comparer leurs souches en partageant les codes LIN, sans échanger les séquences génomiques elles-mêmes - un atout pour la confidentialité des données et la coopération transfrontalière. Au-delà de Klebsiella pneumoniae, des systèmes LIN ont déjà été développés pour Staphylococcus aureus, Neisseria gonorrhoeae et Corynebacterium diphtheriae, confirmant la portée universelle de la méthode.
Cette étude a bénéficié du soutien de la Fondation Gates, du programme Horizon 2020 de l'Union européenne et du programme Investissements d'Avenir du gouvernement français (Laboratoire d'Excellence IBEID, ANR-10-LABX-62-IBEID).
