Biodiversité des micro-organismes : EMbaRC, un programme européen pour la conservation et la valorisation des ressources microbiologiques

Un Consortium européen des centres de ressources microbiologiques a été lancé le 18 mars 2009. Intitulé EMbaRC (European Consortium of Microbial Resource Centres), il vise notamment à harmoniser les systèmes de conservation et d'identification des bactéries et champignons microscopiques entre les différents pays d'Europe, mais aussi à développer des banques d'ADN et à renforcer la biosécurité. L'objectif est ainsi de favoriser la conservation et la valorisation de la biodiversité microbiologique.

 

 

Communiqué de presse
Paris, le 18 mars 2009

 

 

L’INRA, l’Institut Pasteur et des structures analogues en Europe – en Allemagne, en Angleterre, en Belgique, en Espagne, aux Pays-Bas et au Portugal, soit au total une dizaine d’institutions, ont en effet décidé de collaborer étroitement : d’une part pour harmoniser leurs méthodes de conservation des micro-organismes, notamment pour la lyophilisation et la congélation qui sont les deux grands procédés de conservation des bactéries, d’autre part pour standardiser et faire évoluer leurs méthodes d’identification. Il s’agit également de mettre en place des banques d’ADN, qui intéressent de plus en plus la communauté scientifique. Dans ce domaine, différentes méthodes de stockage de l’ADN existent, qu’il va falloir évaluer et comparer, l’objectif du consortium étant à terme de monter une collection d’ADN de micro-organismes. Parallèlement à ces différents chantiers, les centres souhaitent mettre en place un guide commun de biosécurité.

« La qualité des bio-ressources est essentielle dans toutes les recherches entreprises pour caractériser et valoriser la biodiversité. Contribuer à la pérennité des collections et à leur financement durable est une des missions prioritaires d’EMbaRC », explique Sylvie Lortal, directrice du Centre International de Ressources Microbiologiques – Bactéries d’Intérêt Alimentaire (CIRM-BIA) à l’INRA. Plus de 10 000 souches microbiennes sont référencées dans le CIRM et ne représentent qu’une partie des collections INRA.

« Une collection de micro-organismes n’est pas un musée, elle n’est pas statique, il faut constamment l’enrichir, développer de nouvelles méthodes d’identification et de conservation », ajoute Chantal Bizet, responsable du Centre de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur (CRBIP). Au sein du centre de recherche parisien, le CRBIP regroupe au total quelque 20 000 souches de virus, de cyanobactéries, de champignons microscopiques, et de bactéries, dont la plus vieille souche bactérienne conservée au monde, isolée en … 1892 !

Des ressources pour l’avenir…

Pérenniser au mieux les collections de micro-organismes sous leurs différentes formes (entiers, ADN,…), tel est donc l’objectif. L’utilité de ces Centres de Ressources Biologiques est considérable. Les micro-organismes qu’ils contiennent intéressent la recherche académique, l’enseignement, l’industrie agro-alimentaire ou pharmaceutique, le milieu hospitalier, notamment à travers ses laboratoires d’analyse…

Prenons l’exemple d’un nouveau vaccin en cours d’élaboration. Il peut être intéressant de travailler sur des souches de l’ère pré-antibiotique par exemple, qui n’ont jamais subi la pression de sélection exercée par ces molécules. Des souches conservées depuis plus de 70 ans devront alors être récupérées. Autre exemple : la mise au point d’antibiogrammes, qui nécessite l’utilisation de souches différentes d’une même bactérie pour représenter sa diversité.

Les collections de micro-organismes ne sont définitivement pas des musées, mais bien de précieuses ressources utiles à la recherche et à la santé publique. Mutualiser et coordonner les méthodes de conservation, identification et caractérisation des ressources microbiologiques de ces collections favorisera la préservation et la valorisation de la biodiversité qu’elles représentent.

EMbaRC rassemble 10 partenaires de 7 pays européens. La coordination scientifique du projet est assurée conjointement par l’INRA (Sylvie Lortal) et par l’Institut Pasteur (Chantal Bizet). La Commission Européenne finance ce projet d’Infrastructures de recherche sur trois ans (2009-2012) au travers du 7ème Programme-Cadre. Le financement accordé par l’Europe s’élève à 4,2 M€ pour un coût total estimé à 5,5 M€.

Le projet EMbaRC en bref

Conserver, explorer et préserver ces ressources biologiques
Préserver et valoriser la biodiversité qu’elles représentent
Jeter les bases du futur Réseau mondial de Centres de ressources biologiques (CRB)

10 partenaires de 7 pays européens

4,2 M€ accordés par l’Europe pour un coût total estimé à 5,5 M€

200 000 souches contenues dans les différentes collections des partenaires

70 scientifiques et techniciens impliqués

6 axes de recherche
Développer des normes et protocoles communs
Permettre un accès, une formation et un support aux utilisateurs
Permettre une activité durable des Centres de Ressources Biologiques
Améliorer les méthodes de conservation des souches et de l’ADN
Explorer de nouvelles approches dans l’identification des espèces
Autoriser un accès transnational aux infrastructures d’EMbaRC

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