Plus de 70 ans de formation en mycologie médicale à l’Institut Pasteur
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Un héritage scientifique qui se réinvente
Aujourd’hui, le Cours Pasteur de Mycologie Médicale allie patrimoine scientifique, innovation pédagogique et ouverture internationale grâce à un cours en ligne accessible gratuitement (MOOC) et aux collaborations au sein du Pasteur Network.
Depuis sa création en 1953, le cours n’a cessé d’évoluer pour accompagner les avancées de la mycologie médicale et répondre aux besoins d’une communauté scientifique et médicale internationale. De ses premières sessions à Paris à son développement à l’international et à la création du MOOC Medical Mycology, découvrez les grandes étapes de cette histoire et les évolutions qui ont façonné le cours jusqu’à aujourd’hui.
Une discipline pionnière en pleine expansion
La mycologie médicale, bien que fondamentale pour la santé humaine, est une discipline relativement récente. Au XIXᵉ siècle, l’enseignement universitaire sur les champignons pathogènes était quasi inexistant, et les médecins disposaient de très peu de ressources pour identifier et traiter les infections fongiques.
En France, Raymond Sabouraud (1864-1938), formé à l’Institut Pasteur auprès d’Émile Roux puis à l’hôpital Saint-Louis, est un pionnier de la mycologie médicale. Son « Laboratoire des Teignes » devient rapidement un lieu de référence pour les dermatologues et mycologues du monde entier. Son héritage scientifique contribue à préparer le terrain qui conduira à la création du Cours Pasteur de Mycologie Médicale en 1953.
Considéré comme le père de la mycologie médicale, Raymond Sabouraud forme plusieurs générations de scientifiques qui diffuseront ensuite cette discipline dans le monde : Chester Emmons, Norman F. Conant, Libero Ajello (USA), Pablo Negroni (Argentine). [1]
Ce n’est qu’au milieu du XXᵉ siècle que la discipline acquiert une véritable reconnaissance internationale. En 1954, la création de l’International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM), à Paris lors du VIIIᵉ Congrès international de botanique, marque une étape décisive dans l’affirmation de la mycologie médicale comme une branche à part entière de la microbiologie. Parmi les membres fondateurs figurent plusieurs médecins et scientifiques de l’Institut Pasteur, notamment Gabriel Segretain, Édouard Drouhet et François Mariat, qui joueront un rôle majeur dans son développement scientifique et pédagogique.
Les origines du Cours Pasteur (1953–1980s)
En 1953, trois mycologues de l’Institut Pasteur, François Mariat, Gabriel Segretain et Edouard Drouhet, mettent en place le cours post-universitaire annuel de mycologie médicale, destiné à des médecins, pharmaciens, vétérinaires et biologistes.
C’est la naissance du Cours Pasteur de Mycologie Médicale.
A cette époque, chaque session accueille 24 participants, dont deux tiers venus de France et un tiers d’autres régions du monde, principalement d’Europe, d’Amérique Latine et d’Afrique. Le programme combine un enseignement théorique et pratique complet, dispensé en français, sur tous les champignons pathogènes, avec examens et délivrance d’un diplôme par l’Institut Pasteur.
La philosophie pédagogique repose sur une approche spécialisée : chaque micro-organisme est étudié par un expert, en lien direct avec la recherche et le diagnostic clinique. Très vite, ce Cours Pasteur devient une référence pour la formation des mycologues en France et sur le plan international, contribue à structurer la mycologie médicale comme discipline à part entière, jusque-là dispersée entre botanique, parasitologie et médecine interne.
Cette structuration trouve un prolongement en 1972 lorsque Édouard Drouhet fonde le Centre National de Référence des Mycoses et des Antifongiques, renforçant l’engagement de l’Institut Pasteur dans la recherche et la formation en mycologie médicale. Cette initiative montre que le Cours Pasteur s’inscrivait dès cette époque dans une stratégie plus large visant à faire reconnaître la mycologie médicale comme un champ à part entière de la médecine dans ses dimensions physiopathologiques, diagnostiques et thérapeutiques et de la santé publique mondiale.
L’évolution et la modernisation du cours (1980s–2010s)
Au fil des décennies, le Cours Pasteur de Mycologie Médicale n'a cessé d'évoluer pour accompagner les avancées scientifiques et médicales et répondre aux besoins d'une communauté internationale toujours plus large. La direction du cours est successivement assurée par Claude De Bièvre à partir de 1987, Patrick Boiron et Oumaima Ibrahim-Granet de 2000 à 2004, puis Françoise Dromer et Olivier Lortholary à partir de 2005, aux côtés de Dea Garcia-Hermoso, responsable des travaux pratiques.
Le format lui-même se transforme progressivement : d'un enseignement de huit semaines à ses débuts, le cours est condensé à six semaines, puis à environ un mois, afin de s'adapter aux contraintes des professionnels et des chercheurs tout en conservant son exigence scientifique.
En 2012, une étape majeure est franchie avec le passage à un enseignement entièrement dispensé en anglais. Cette évolution marque un véritable tournant dans l'histoire du cours : alors qu'à ses débuts les deux tiers des participants étaient français, le cours accueille désormais une majorité d'étudiants internationaux, venus des cinq continents, renforçant ainsi son rayonnement mondial.
Au cœur de cette évolution, les travaux pratiques occupent une place centrale. Ils sont complétés par des séminaires clinico-mycologiques introductifs, dispensés par des experts européens sélectionnés par les co-directeurs du cours. Cette diversité d’intervenants offre aux étudiants un panel d’expertises particulièrement riche, qu’ils apprécient tout au long de leur formation.
Lors des travaux pratiques, les étudiants manipulent directement un large éventail d'espèces fongiques et développent les compétences nécessaires pour les identifier, en combinant observation morphologique et méthodes de diagnostic actuelles. Une approche concrète, indispensable pour appréhender la diversité et la complexité des infections fongiques.
Les travaux pratiques sont au cœur de notre cours. Ils offrent aux participants une occasion unique de manipuler une grande diversité d'espèces fongiques. En associant l'observation morphologique classique aux techniques moléculaires les plus récentes, ils acquièrent les compétences nécessaires pour identifier et diagnostiquer avec précision les champignons pathogènes.
Derrière ces travaux pratiques se cache un important travail collectif. À Paris, le cours est accueilli au Centre d'enseignement de l'Institut Pasteur, où enseignements théoriques et sessions pratiques se déroulent dans des infrastructures spécialement conçues pour la formation expérimentale. Scientifiques, responsables pédagogiques et équipes techniques conjuguent leurs expertises pour préparer, plusieurs semaines en amont, les cultures, le matériel et les ateliers qui permettront aux participants d'apprendre dans des conditions proches de la pratique quotidienne hospitalo-universitaire française et internationale.
Enfin, les échanges constants entre les étudiants et les intervenants spécialistes français, européens et internationaux leur permettent de confronter leurs pratiques, de découvrir différentes approches diagnostiques et de construire un réseau de biologistes médicaux et de scientifiques durable. C'est cette alliance entre excellence académique, expérimentation et ouverture internationale qui fait aujourd'hui encore la réputation du Cours.
Une portée internationale et des perspectives actuelles (2017 - aujourd’hui)
Le Cours Pasteur ne se limite plus à Paris, notamment grâce au Pasteur Network, une alliance de plus de 30 instituts répartis dans 25 pays sur les 5 continents, favorisant une communauté de connaissances et d’expertise dynamique et diversifiée. Le cours alterne entre la capitale française et d’autres sites de ce réseau depuis 2017, comme à l’Institut Pasteur de Dakar, l’Institut Pasteur d’Algerie et l’Université du Cap dont l’enseignement principalement centré sur les infections fongiques compliquant l’infection par le VIH en partenariat avec la London School et l’Université d’Exeter, permettant ainsi une formation adaptée aux contextes locaux et internationaux.
L’impact scientifique et sanitaire est considérable : le cours forme des experts capables de répondre aux défis mondiaux, tels que les infections opportunistes chez les patients immunodéprimés et les maladies fongiques négligées.
Depuis 2019, le cours est co-dirigé par Olivier Lortholary, clinicien-chercheur hospitalo-universitaire à l’hôpital université Necker-Enfants malades, impliqué quotidiennement dans la pratique de terrain et de recherche clinique en mycologie médicale, et par et Dea Garcia-Hermoso, ingénieure de recherche expert, responsable de la microbiologie des champignons filamenteux pathogènes à l’Institut Pasteur de Paris. Ils mènent ensemble une activité au service de la médecine hospitalière ainsi qu’une activité de recherche importante et sont directeurs adjoints du CNR des Mycoses Invasives, dirigé par Fanny Lanternier.
Le programme continue d'évoluer pour intégrer les avancées les plus récentes en mycologie médicale, qu'il s'agisse des nouvelles méthodes diagnostiques, des infections émergentes, de la résistance aux traitements antifongiques, ou encore des progrès de la recherche sur la biologie des champignons pathogènes. Fidèle à l'esprit historique du cours, il se distingue également par une équipe de conférenciers composée d’experts reconnus dans leur domaine, issus de l'Institut Pasteur mais aussi d'autres institutions françaises et européennes. Chaque intervenant apporte une expertise spécifique, garantissant un enseignement directement nourri par les avancées les plus récentes de la recherche et de la pratique clinique.
Cette volonté de transmettre les connaissances au plus grand nombre s'est également concrétisée avec la création, en 2021, du MOOC Pasteur Medical Mycology. Gratuit et accessible partout dans le monde, ce cours en ligne, supervisé par les deux co-directeurs, propose une introduction aux bases de la taxonomie, de l'écologie et des maladies fongiques.
En 2026, il compte plus de 9 600 inscriptions.
En complément du Cours Pasteur, ce MOOC élargit considérablement l'accès à la formation en mycologie médicale. Il permet aux étudiants, biologistes, cliniciens et professionnels de santé d'acquérir des connaissances fondamentales où qu'ils se trouvent, tout en faisant rayonner l'expertise de l'Institut Pasteur auprès d'une communauté internationale toujours plus large.
Le MOOC Medical Mycology est unique au monde. Dès son lancement en 2021, la communauté internationale s'est enthousiasmée de disposer d'un tel outil de formation et l'a largement relayé, notamment en Amérique Latine et en Afrique. Il permet aujourd'hui à des professionnels du monde entier d'accéder gratuitement à des connaissances de haut niveau en mycologie médicale.
Découvrir le MOOC
Former les experts face aux défis de demain
Depuis sa création, plus de 1200 mycologues ont été formés grâce à ce cours. Ainsi, le Cours Pasteur Mycologie Médicale combine héritage scientifique, expertise terrain et innovation : il conserve son excellence scientifique et son intensité pratique tout en s’adaptant aux besoins pédagogiques actuels, affirmant sa position comme référence internationale dans la formation des mycologues.
Le paysage des infections fongiques invasives s'est profondément transformé au cours des dernières décennies. L'élargissement des populations immunodéprimées et la progression des résistances aux antifongiques ont favorisé l'émergence de pathogènes autrefois négligés et bouleversé les stratégies thérapeutiques établies. Le changement climatique, en repoussant les frontières géographiques des mycoses endémiques, ajoute une complexité supplémentaire à cette épidémiologie en constante évolution.
Face à ces défis, reconnus par l'Organisation mondiale de la Santé dans sa première liste de champignons pathogènes prioritaires publiée en 2022, l'enseignement de la mycologie médicale apparaît plus indispensable que jamais. La formation rigoureuse des cliniciens, biologistes et chercheurs, telle que celle dispensée historiquement par l'Institut Pasteur, constitue le socle fondamental de notre capacité à identifier ces pathogènes émergents, à comprendre leurs mécanismes de résistance et à y répondre efficacement.
En poursuivant sa mission de formation, l'Institut Pasteur contribue à former les spécialistes qui relèveront les défis actuels et futurs de la mycologie médicale.
[1] : Chapitre par E.Drouhet « Historical Introduction : evolution of knowledge of the fungi and mycoses from Hippocrates to the twenty-first century » extrait du livre « Topley and Wilson’s Microbiology and Microbial Infections » 9th Edition, volume IV Medical Mycology. Editors L. Ajello and R. Hay. Arnold. London. 1998.
