Microbiologie
Le département de Microbiologie étudie les mécanismes biologiques qui gouvernent le fonctionnement des bactéries, des archées et de leurs virus. Nos recherches explorent le fonctionnement des procaryotes et de leurs virus associés en utilisant des approches mécanistiques et intégratives. Structuré en 16 équipes de recherche, trois Centres nationaux de référence et trois collections, le département oriente majoritairement ses recherches autour de cinq axes :
- Évolution et biodiversité génétique des procaryotes
- Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie des micro-organismes
- Virulence et adaptation à l’environnement
- Rôle et dynamique du microbiote
- Résistance aux antibiotiques et nouvelles stratégies thérapeutiques
Vous êtes scientifique ? En savoir plus sur notre département
Nos principaux travaux en 2025
Les macrophages nuisent à la phagothérapie
La phagothérapie est un traitement antibactérien qui permet de venir en aide aux patients infectés par des bactéries résistantes aux antibiotiques. Les travaux de l’équipe Bactériophage Bactérie Hôte du département de Microbiologie ont montré que les macrophages alvéolaires limitent l’efficacité de ce traitement en s’attaquant aux bactériophages.
Nature communications, 1er juillet 2025
Quand la peste évolue pour mieux se transmettre
Dans cet article il est montré que dans la période tardive de trois pandémies historiques peste, le pathogène bactérien Yersinia pestis a présenté à chaque fois une même mutation qui a diminué sa virulence, lui facilitant sa persistance dans des populations de rongeurs moins denses et moins connectées qu’en début des pandémies.
Science, 29 mai 2025
Additifs alimentaires : votre microbiote est-il sensible ?
Pourquoi certains additifs alimentaires vous rendent malade vous, mais pas votre voisin ? La réponse est dans votre microbiote intestinal ! Cette étude a mis au point un moyen permettant de prédire la sensibilité d’un microbiote intestinal donné à certains additifs alimentaires. Une découverte essentielle pour adapter notre alimentation et ouvrant la voie à une nutrition personnalisée !
Gut, 27 janvier 2025
Nos principaux travaux précédents
En 2024
La découverte d’une famille de systèmes de défense bactériens
Un système de défense a été découvert chez les bactéries Escherichia coli, par un doctorant et sa directrice Isabelle Rosinski-Chupin. Dans ce système, un plasmide, une molécule d’ADN porteuse d'un gène de résistance aux antibiotiques, est éliminé mais le gène de résistance est intégré dans le chromosome bactérien. En se défendant, la bactérie fixe la résistance. Une avancée vers une meilleure compréhension de la dissémination de la résistance aux antibiotiques, véritable enjeu de santé publique.
Nature communications, 15 mai 2024
Des RNA viraux neutralisent les défenses bactériennes
Les phages sont des virus infectant les bactéries, qui se défendent avec des systèmes immunitaires comme PARIS. Ce dernier empêche le phage de produire ses protéines en détruisant un ARN de transfert de la bactérie. Mais certains phages déjouent cette défense en produisant une version modifiée de cet ARN, leur permettant d’infecter malgré tout.
Nature, 7 août 2024
En 2023
Les effets hors cible de Cas9 sur l’expression des gènes bactériens
De puissants outils de manipulation génétique provenant du système CRISPR-Cas9 permettent de modifier l’expression des gènes. Leur spécificité est un enjeu critique, les effets dit "hors-cible" pouvant conduire à des effets non-spécifiques, et fausser l'interprétation des résultats d’expériences. Ainsi, cette étude menée chez la bactérie a mis en évidence un effet inattendu : Cas9 peut bloquer l’expression de gènes de manière imprévisible en se fixant en amont de ceux-ci de manière non spécifique.
Nucleic Acid Research, 24 avril 2023
Comment le microbiome des voies respiratoires influence la gravité des pneumonies bactériennes
Des scientifiques ont analysé la diversité et la composition inter-domaine (bactéries, archées, champignons, protozoaires) du microbiome des voies respiratoires (MVR) de patients atteints d’une pneumonie causée par Legionella pneumophila. Après un traitement antibiotique, la niche vide du MVR est rapidement occupée par d’autres bactéries. Ainsi, une biomasse élevée apparaît comme un biomarqueur pour les infections secondaires / co-infections. L’interaction entre l’équilibre du MVR, la dynamique de la charge en agents pathogènes et les interventions cliniques joue un rôle essentiel dans le rétablissement des patients atteints de pneumonie.
Cell Reports Medicine, 19 septembre 2023
Un pont pour le trafic des phospholipides
Comprendre comment les bactéries fabriquent et conservent leur enveloppe cellulaire constitue un domaine d’étude majeur de la lutte contre les pathogènes. Cependant, les connaissances actuelles reposent essentiellement sur une poignée de modèles. Grâce au diderme Firmicute V. parvula, des scientifiques sont parvenus à identifier un nouveau mécanisme responsable du trafic des phospholipides, qui forme un pont trans-enveloppe entre les membranes interne et externe et qui est largement répandu dans les bactéries à Gram-négatif.
Nature Communications, 23 novembre 2023