Cryo-EM : Tomographie et Averaging des Subtomogrammes

Description

La cryo-tomographie électronique combinée à la moyenne des subtomogrammes (STA) a transformé notre capacité à étudier les structures macromoléculaires dans leur environnement cellulaire natif à une résolution moléculaire. Les progrès récents en matière d'instrumentation et de logiciels d'analyse ont accéléré les avancées dans ce domaine, tout en créant de nouveaux défis liés au traitement de jeux de données de plus en plus volumineux et complexes.

Ce cours est conçu pour préparer les participants à relever ces défis en toute confiance. Grâce à une série de sessions interactives et pratiques, les participants apprendront à traiter efficacement des données à grande échelle à l'aide de Scipion, un cadre intégratif qui permet de combiner de manière transparente plusieurs progiciels tout au long du processus de traitement, rendant ainsi possible la validation croisée des résultats dans un environnement unique et intuitif.

Thèmes clés

• Optimisation des flux de travail, depuis les images brutes du film jusqu'à la reconstruction du tomogramme.
• Amélioration du signal grâce à des méthodes de reconstruction et de restauration.
• Sélection de particules à l'aide de diverses stratégies.
• Moyennage des subtomogrammes entre différents types de particules
• Affiner l'alignement des séries inclinées et l'estimation de la fonction de transfert de contraste (CTF)
• Segmentation membranaire et intégration avec les résultats du moyennage des subtomogrammes
• Personnaliser les flux de travail et les outils pour les cas STA difficiles
• Visualisation et présentation des résultats STA dans ChimeraX, y compris le mappage vers des contextes cellulaires et la génération de films animés

Informations pratiques

Le cours met l'accent sur l'apprentissage pratique, complété par des cours théoriques concis. Les participants travailleront directement avec des ensembles de données réels en utilisant à la fois des postes de travail locaux et des clusters de calcul haute performance à l'Institut Pasteur.

La formation intégrera divers outils logiciels, notamment Scipion, Relion, Dynamo, Eman, IMOD, Warp et d'autres. Les participants sont encouragés à apporter leurs propres ensembles de données afin d'obtenir des commentaires personnalisés.

Pré-requis 

Cours d'introduction : Cryo-EM  (facultatif - souhaitable ou expérience équivalente)
Cours intermédiaire : Cryo-EM : imagerie de particules uniques (Cryo-EM SPI)    (facultatif - souhaitable ou expérience équivalente)
Cours intermédiaire : Cryo- EM Traitement d'images pour la microscopie électronique/tomographie (Cryo-EM – IPEM)    (cours pré-requis ou expérience équivalente justifiée)