Envoyer un échantillon au CNR de la coqueluche et autres bordetelloses
Envoyer un échantillon/un isolat au CNR de la coqueluche et autres bordetelloses
Le CNR prend en charge la confirmation de l’identification des isolats de Bordetella adressés par les laboratoires aux conditions suivantes :
- L’isolat doit respecter les conditions du tableau ci-dessous,
- L’isolat doit être en culture pure et avoir été isolé à partir d’une colonie unique,
- L’isolat doit être fraîchement ensemencé sur un milieu approprié (voir tableau ci-dessous).
Le CNR prend également en charge la confirmation de l’identification par PCR en temps réel à partir d'un prélèvement respiratoire (écouvillon ou d'une aspiration naso-pharyngée, ou expectoration, principalement). Il est demandé d’envoyer l’ADN extrait du prélèvement respiratoire au CNR plutôt que le prélèvement. L’échantillon doit respecter les conditions du tableau ci-dessous.
Le CNR peut aussi, dans le cadre de ses activités de recherche, essayer d'isoler la bactérie à partir d'un prélèvement respiratoire pour lequel la PCR diagnostique faite par le laboratoire est fortement positive (contacter le CNR). Le reliquat peut être conservé entre -65°C et -90°C par le laboratoire pour un envoi ultérieur au CNR. L’échantillon doit être envoyé congelé au CNR.
L’acheminement de l’échantillon vers le CNR doit se faire après :
- S’être assuré de l’étanchéité et de l’identification des tubes,
- Disposer l’échantillon dans un emballage réglementaire (voir pages spécifiques réglementation et le tableau ci–dessous pour les conditions d’acheminement).
Dans tous les cas, la fiche de renseignements doit impérativement accompagner chaque échantillon et être remplie aussi complètement et précisément que possible. Les types d'analyses proposées sont conditionnées par la présence d’une fiche de renseignements (PDF - 263 Ko) correctement complétée.
Les comptes rendus seront principalement envoyés via votre adresse de messagerie MSSanté, indiquée sur la fiche de renseignements du CNR lors de l’envoi des échantillons, afin que nous puissions vous transmettre le compte rendu par ce système sécurisé.
Recommandations pour le prélèvement et conditions pré-analytiques
Le CNR met à disposition des biologistes préleveurs :
- Une vidéo qui explique comment effectuer un prélèvement naso-pharyngé : https://youtu.be/DBrxP7vHM3Y?si=nYvJt20FjU1_BFFk
- Une procédure de prélèvement pour le diagnostic direct de la coqueluche
Si l’échantillon transmis ne respecte pas les conditions pré-analytiques citées ci-dessous, le CNR se réserve le droit de refuser la prestation et/ou demander un nouvel échantillon.
| Type d'échantillon | Milieu de transport | T°C de transport | Délai d'acheminement | Délai de rendu de résultat1 | Informations spécifiques (ex : conditions de transport) |
|---|---|---|---|---|---|
| Isolat pur | Gélose profonde de Bordet Gengou au sang ou milieu charbon au sang | Ambiante | 2 à 5 jours | Mise en culture : 10 jours ouvrés (si culture reçue contaminée : 14 jours ouvrés) | Emballage de l'échantillon conforme aux réglementations en vigueur; Voir ci-dessous : Envoi de matériel biologique |
| Prélèvement naso-pharyngé (écouvillon*, aspiration, expectoration) | Milieu AMIES* | Idéallement Ambiante (<48h) ou carboglace (si conservation préalable du prélèvement à environ -80°C) pour extraction ADN et/ou mise en culture |
Pour PCR : 24 à 72 heures Pour mise en culture : 24 à 48 heures |
Confirmation genre Bordetella et identification espèce par PCR : 10 jours ouvrés Si mise en culture : 15 jours ouvrés Mise en culture + qPCR : 17 jour ouvrées |
|
| à +4°C ou -20°C pour extraction ADN2 | |||||
| ADN | NA | à +4°C ou -20°C | 24 à 72 heures | Confirmation genre Bordetella et identification espèce par PCR : 10 jours ouvrés | |
| *Pour la mise en culture, il est recommandé d'utiliser un écouvillon avec milieu AMIES ou milieu gélosé AMIES Charbon. | |||||
| Le milieu M4RT peut aussi convenir mais il n'est pas adapté pour la culture. | |||||
| 1 Les délais de rendu des résultats ont été revus en 2024 en raison de l'épidémie de coqueluche | |||||
Nous tenons à attirer votre attention sur le fait que le compte rendu de résultats envoyé par le CNR concerne uniquement les résultats de la confirmation genre Bordetella et/ou identification espèce par qPCR et/ou par MALDI-TOF. Les autres résultats, tels que l'antibiogramme, le génotypage et la vérification de la production des protéines vaccinales déterminantes de virulence, peuvent vous être transmis exceptionnellement sur demande.
Envoi du matériel biologique
Les prélèvements et les isolats de bordetelles à analyser sont à adresser au CNR de la coqueluche et autres bordetelloses à l’adresse suivante :
Centre National de Référence de la Coqueluche et autres bordetelloses
Institut Pasteur 25-28 rue du Docteur Roux 75724 Paris Cedex 15 France
Etiquette à compléter et à coller sur l'emballage extérieur (PDF - 20 Ko)
Législation : Tout transport de matériels biologiques potentiellement infectieux demeure sous l’entière responsabilité de l’expéditeur. Les modalités de transport des matières infectieuses sont fixées par l’arrêté français du 5 août 2009 modifiant l'arrêté du 29 mai 2009 relatif au transport des marchandises dangereuses par voies terrestres (dit « arrêté TMD »). Il est recommandé de suivre le Guide sur la sécurité du transport des matières infectieuses et des échantillons de diagnostic publié par l'OMS.
Modalités de conservations et restitution des échantillons biologiques traités
Les isolats sont conservés au CNR une fois leur identification et appartenance au genre Bordetella confirmées. Certains prélèvements sont également conservés au CNR après rendu des résultats à des fins de recherche/développement de nouveaux diagnostics biologiques.
Confidentialité et protection des informations
Les fichiers informatisés du CNR sont déclarés à la Commission Informatique et Libertés (CNIL) : Loi n°78-17 du 06 janvier 1978.
Voir aussi Organisation des CNR – Confidentialité et protection des informations.
Conditions financières
L’identification des isolats de Bordetelles est effectuée gratuitement pour tous les laboratoires transmetteurs ; la fiche de renseignement doit être dûment remplie.
Voir aussi :
Organisation des Centres Nationaux de Référence, (MaJ a faire)
Système du Management de la Qualité des Laboratoires de Référence et d’Expertise
Note sur la sérologie
Le CNR ne réalise pas de sérologie coquelucheuse (titrage des anticorps anti- toxine de pertussis ou PT, méthode de diagnostic indirecte non remboursée par la sécurité sociale et non recommandée en pratique courante par le Haut Conseil de la Santé Publique). Cependant le CNR peut être amené à réaliser des sérologies à la demande des ARS/CIRE lors de cas groupés de coqueluche dans un hôpital ou une maternité ou une collectivité avec une population à risque comme une crèche ou un EHPAD.