Génomes et génétique
Le Département Génomes et Génétique développe une approche intégrative visant à comprendre comment l’information génétique est organisée, régulée et évolue chez les organismes vivants. Les scientifiques du département étudient la structure, la dynamique et la diversité des génomes afin d’identifier les mécanismes qui gouvernent l’expression des gènes, l’adaptation des organismes et l’apparition de maladies. En combinant génomique, génétique expérimentale, bioinformatique et analyses in silico de données à grande échelle, les équipes explorent le fonctionnement des systèmes biologiques à l’échelle du génome. L’activité de recherche de ses 12 équipes, incluant notamment la plateforme technologique Biomics dédiée aux approches de génomique à haut débit, s’articule autour de trois axes principaux :
- Organisation et régulation des génomes
- Diversité génétique et évolution
- Génétique des maladies et interactions hôte-pathogène
Nos principaux travaux en 2025
Une autre histoire de la lèpre dans les Amériques
Une étude conduite par l’unité de Paléogénomique Microbienne montre que, dans les Amériques, une seconde bactérie responsable de la lèpre — Mycobacterium lepromatosis — infectait déjà des humains il y a plus de 1 000 ans. En croisant ADN ancien et moderne, les chercheurs et chercheuses révèlent une histoire plus ancienne et plus complexe de la maladie sur le continent.
Science, 29 mai 2025
Les intégrons, réservoirs d’immunité des bactéries
Les intégrons, systèmes de capture de gènes, permettent aux bactéries de s'adapter rapidement. Nos études révèlent qu'ils constituent une réserve de fonctions anti-phages compactes et souvent inédites. Cette découverte redéfinit le rôle biologique des intégrons au cœur de la coévolution phages-bactéries et offre un potentiel biotechnologique immense.
Science, 8 mai 2025
L'ADN étranger se plie aux règles du noyau hôte
En insérant des chromosomes bactériens dans le génome de la levure, un organisme eucaryote, nous avons montré que la machinerie cellulaire de l'hôte organise spontanément cet ADN étranger en deux types de chromatine, l'un actif, l'autre silencieux, selon la composition de la séquence. Ces deux états ne se mélangent pas dans le noyau, rappelant la compartimentation observées chez les des noyaux des métazoaires.
Science, 6 février 2025
Nos principaux travaux précédents
En 2024
De nouveaux sites d’insertion pour les intégrons
Les intégrons, outils génétiques bactériens, capturent et expriment des gènes d'adaptation contenus dans des cassettes. L'intégrase, enzyme clé, peut insérer ces cassettes au-delà des sites classiques connus dans une grande diversité de sites du génome bactérien. Ces études élargissant le rôle des intégrons dans l'évolution bactérienne.
Nature Microbiology, 9 janvier 2024
Découverte de systèmes antiphages chez l'humain
En comparant l'histoire évolutive des protéines bactériennes et humaines, nos laboratoires ont identifié des gènes immunitaires humains inédits et confirmé leur rôle à travers des expériences en laboratoire.
Cell Host Microbe, 11 septembre 2024
En 2023
Quels sont les premiers ancêtres de nos poissons modernes ?
Comprendre l’arbre généalogique des espèces est essentiel pour étudier leur évolution. En analysant les schémas de mutations et d’évolution chromosomique dans des génomes de poissons à ramification précoce récemment séquencés, nous avons résolu un débat de longue date sur les premiers stades d’évolution des poissons téléostéens, l’un des clades de vertébrés les plus riches en espèces, dont plusieurs espèces modèles pour la recherche biomédicale (zebrafish, killifish).
Science, 9 février 2023
SARS-CoV-2, comment l’histoire des populations influence leur réponse immunitaire
L'infection au SARS-CoV-2 induit des réponses immunes très variables. Par le séquençage d'ARN en cellule unique, cette étude révèle le rôle de la composition cellulaire et des facteurs génétiques dans cette variabilité et permet d’identifier des variants sous sélection qui participent aux disparités du risque de COVID-19 sévère entre populations humaines.
Nature, 9 août 2023
Prédisposition à la susceptibilité au virus Zika
Le virus Zika est responsable d’infections humaines de gravité variable. Pour en identifier les gènes de prédisposition, nous avons utilisé des souris de la ressource Collaborative Cross, génétiquement diverses. En combinant cartographie génétique, RNA-seq et test de complémentation quantitative, nous avons montré que la prédisposition élevée de la souche CC071 résultait d’une mutation dans le gène Irf3 et d’autres loci à l’étude.
Plos Pathogens, 21 septembre 2023