Le temps long des pathogènes et des maladies infectieuses
- #Maladies émergentes
- #Maladies vectorielles
- #COVID long
- #Résistance aux antibiotiques
Avant-propos
Les menaces infectieuses nous obligent à penser le temps autrement. Elles nous rappellent d’abord que les microbes étaient là bien avant nous et que leur temporalité est celle, très longue, de l’évolution du vivant. Elles montrent aussi que notre histoire biologique, notre immunité, nos vulnérabilités et nos capacités d’adaptation se sont construites dans une relation ancienne, continue, inextricable avec le monde microbien. Enfin, elles imposent de travailler à plusieurs échelles de temps à la fois : de l’urgence des émergences aux années, voire aux décennies, de notre mémoire immunitaire, jusqu’au recul historique nécessaire pour comprendre d’où nous venons.
À l’Institut Pasteur, cette approche s’inscrit dans une histoire longue. Depuis plus de cent quarante ans, les savoirs s’y accumulent, se complètent, se transmettent, se transforment. Cette continuité est une force qu’il nous faut préserver. Elle permet de former de nouvelles générations de scientifiques, de faire dialoguer disciplines, approches expérimentales, observation clinique et surveillance, et de construire une mémoire collective de la recherche. Dans notre domaine, rien ne se bâtit durablement sans cette chaîne de transmission.
Le temps long est aussi une condition de la découverte. La recherche ne progresse pas au rythme des injonctions d’immédiateté. Elle avance par essais, par doutes, par bifurcations, parfois par longues périodes d’incertitude. Il faut du temps pour formuler les bonnes questions, pour éprouver une hypothèse, pour vérifier un résultat et s’assurer de sa reproductibilité. Cette exigence de rigueur est au fondement de la valeur de la connaissance scientifique et de la confiance qu’elle peut inspirer.
Dans un monde qui accélère toujours plus, cette temporalité peut sembler à contre-courant. Les attentes de rapidité, de rendement, de visibilité immédiate s’intensifient. Les outils changent, y compris avec l’irruption de l’intelligence artificielle, qui ouvre des perspectives considérables. Mais l’accélération ne doit dispenser ni de réfléchir, ni de questionner, ni d’inventer. Les avancées majeures surgissent souvent là où l’on prend le temps d’explorer les marges, de sortir des sentiers battus, de faire place à l’originalité des idées.
C’est pourquoi le temps long n’est pas l’opposé de la réactivité : il en est la condition. Lorsqu’une épidémie surgit, lorsqu’une résistance apparaît, lorsqu’une menace nouvelle émerge, on ne répond vite que parce qu’un travail patient et rigoureux a été mené en amont, pendant des années, voire des générations. Dans le champ des menaces infectieuses, le temps long n’est ni un confort ni un privilège. C’est une responsabilité scientifique et un engagement envers la société : produire des connaissances solides, partageables, transmissibles, capables d’éclairer l’action et le débat public afin de mieux faire face aux menaces infectieuses.
Covid-long : l’épidémie passe, les séquelles restent
Les travaux menés ces dernières années par plusieurs équipes de l’Institut Pasteur révèlent les mécanismes qui permettent au SARS-CoV-2, le virus à l’origine de la Covid-19, de perdurer à différents endroits de notre organisme pour en perturber le fonctionnement bien au-delà de la phase aigüe de l’infection.
Si après plus de 779 millions de cas déclarés dans le monde, la Covid-19 a quitté les bandeaux d’alerte des chaînes d’information, le virus qui en est à l’origine est loin d’avoir déserté les laboratoires, et encore moins nos organismes. Car si, dans la plupart des cas, une à deux semaines après avoir contracté l’infection le virus disparaît des écrans radar, du moins dans les voies respiratoires supérieures, on sait qu’il est capable de persister bien plus longtemps à plusieurs endroits, de manière quasi silencieuse, laissant seulement quelques symptômes trahir sa présence.
Une étude coordonnée par l’équipe de Michaela Müller-Trutwin avait, par exemple, démontré en 2023 que le virus pouvait persister, caché dans les réservoirs viraux des poumons de certains individus, jusqu’à dix-huit mois après l’infection. Guilherme Dias de Melo, chercheur dans l’unité Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie, avait, lui, mis au jour en 2021 les mécanismes de l’anosmie, ou perte d’odorat, et révélé la continuité de l’inflammation dans le système nerveux olfactif plusieurs mois après l’infection chez certains patients.
À lire aussi
Un « temps long » aux conséquences multiples
Le phénomène porte le nom de Syndrome Post-Covid-19, ou « Covid long », et se caractérise par une série de symptômes qui se manifestent dans les trois mois de l’infection initiale et durent au moins deux mois. Troubles neurologiques, cardiaques, respiratoires, digestifs, psychiatriques, ou dermatologiques, il toucherait 4 % de la population adulte française d’après une enquête de Santé Publique France menée en 2022. D’autres études internationales avancent une prévalence de l’ordre de 6 à 20 %.
Pour les personnes affectées, ces symptômes chroniques n’ont rien d’anodin et peuvent très vite devenir invalidants : « brouillard cérébral », dépression, troubles de la mémoire ou de l’anxiété, plus des deux tiers des patients d’une cohorte suivie par l’AP-HP déclarent avoir dû arrêter de travailler, et moins de 10 % sont en totale rémission douze mois après l’infection.
Covid long et neurones : le grand dérèglement se dévoile
Si les symptômes sont clairs, les mécanismes sous-jacents restent encore une zone d’ombre. Mais pour les scientifiques de l’unité Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie, le paysage de l’inflammation et de ses conséquences devient de plus en plus net. En 2025, Anthony Coleon, doctorant, et ses collègues ont ainsi levé le voile sur l’activité du virus dans le tronc cérébral et sur son impact sur le dérèglement des neurones.
« Nous avons d’abord détecté des ARNs viraux du SARS-CoV-2 dans le système nerveux d’animaux infectés 80 jours après la phase aigüe de l’infection », commente le principal intéressé. « Nous avons ensuite mis en évidence l’activité de réplication du virus dans les tissus, soit sa capacité à infecter de nouvelles cellules à bas bruit.»
À lire aussi
Une fois le coupable et le lieu identifiés, il reste à déterminer l’arme du crime. En étudiant les conséquences de ces ARNs viraux sur le fonctionnement du cerveau, les scientifiques ont observé une dérégulation des gènes liés au métabolisme et à l’activité des neurones ; un phénomène similaire à ceux à l’œuvre dans d’autres pathologies neurodégénératives comme la maladie de Parkinson. « L’infection semble avoir un impact notamment sur la production de la dopamine, un neurotransmetteur impliqué dans la régulation des émotions et de la mémoire », explique Anthony Coleon. Ce qui expliquerait l’apparition de signes de dépression et de troubles de la mémoire et de l’anxiété.
« Notre étude pointe pour la première fois, dans un modèle animal, les conséquences biologiques à long terme de l’infection au SARS-CoV-2 », ajoute Guilherme Dias de Melo. « Nous poursuivons nos travaux afin de comprendre comment l’infection induit la perte de fonction des neurones à dopamine. Cela pourrait avoir des conséquences très concrètes sur le traitement des patients. Les gènes dérégulés que nous avons identifiés constituent de potentielles cibles pour la recherche de molécules thérapeutiques », conclut-il.
-
6 à 20 %
des personnes infectées par le SARS-CoV-2 sont affectées par un Covid long
-
+ de 779 millions
de cas de Covid-19 déclarés dans le monde
Médecins-chercheurs : une interface critique pour répondre aux défis sanitaires
Mis en place dans le cadre du plan stratégique Pasteur 2030, ce programme vise à renforcer les liens entre recherche scientifique et pratique clinique en formant, grâce à une thèse ou un stage de recherche, des médecins-chercheurs réunissant l’expertise des deux domaines. Cette capacité à travailler aux interfaces est clé pour répondre à des enjeux sanitaires de plus en plus complexes : les infections émergentes, la résistance croissante aux antibiotiques, les impacts du changement climatique sur la santé, l’augmentation des maladies chroniques sont des défis qui nécessitent des réponses liant le soin à la compréhension des maladies.
Le programme est ouvert aux étudiant·es en médecine, médecins, pharmacien·nes et vétérinaires. L’exemple de Kieran Toms, doctorant dans l’unité Biologie des infections, illustre bien la philosophie de ce programme.
« Avant de commencer mon doctorat, j’ai exercé en tant que médecin dans un hôpital londonien où j’ai été amené à prendre en charge plusieurs patients atteints d’une forme de tuberculose affectant le système nerveux central. C’est ainsi que j’ai développé un intérêt pour les infections bactériennes cérébrales, ce qui m’a conduit à mon doctorat actuel, consacré à une autre infection bactérienne du cerveau : la neurolistériose », explique-t-il. « Faire le lien entre science fondamentale et pratique clinique est essentiel pour que nos travaux de laboratoire se traduisent en avancées concrètes dans la pratique de la médecine humaine. »
Le XXIe siècle a besoin de médecins capables à la fois de prendre en charge les patients, de comprendre les mécanismes biologiques des maladies, et de s’impliquer dans les recherches qui permettent de trouver des solutions thérapeutiques adaptées ; des médecins en somme formé·es et connecté·es au monde de la recherche scientifique.
Notre santé d’adulte se jouerait au stade de l’embryon
Elisa Gomez Perdiguero et son groupe « Macrophages et cellules endothéliales » tentent de percer les secrets de la production de certaines cellules immunitaires.
Plus spécifiquement, ils s’intéressent de très près à l’impact des perturbations embryonnaires sur les maladies tout au long de la vie. Notre réponse immunitaire serait ainsi conditionnée pendant la grossesse : infections ou inflammations modifieraient la programmation de certains macrophages, ces cellules associées à notre défense.
Un pas de plus vers la compréhension de l’établissement de notre système immunitaire !
Résistance aux antimicrobiens : une bataille au long cours
Les agents pathogènes évoluent en permanence, notamment en développant leurs capacités de résistance aux traitements antimicrobiens. Un phénomène qui oblige à une surveillance continue et à un investissement de long terme dans la compréhension des mécanismes à l’œuvre et le développement de thérapies innovantes.
Progression des pathogènes : le défi des maladies émergentes
Du chikungunya à la maladie du sommeil, l’Institut Pasteur a poursuivi en 2025 son engagement contre les maladies émergentes, entre surveillance, diagnostic et innovation vaccinale.
Chikungunya : retour sur l’été 2025
Plus tôt, plus loin, l’apparition de cas de chikungunya, cette maladie transmise à l’humain par les piqûres de moustiques du genre Aedes albopictus, est chaque année très scrutée sur le territoire. En 2025, les premiers cas ont été détectés dès le mois de mai, soit plus précocement que d’habitude, et dans davantage de régions de France, notamment dans le Grand-Est. Une situation inédite pour un virus qui ne circulait jusque-là que dans l’arc méditerranéen.
Le travail mené avec les Instituts Pasteur de Guyane, de Guadeloupe et de Nouvelle-Calédonie, implantés dans des territoires où le moustique Ae. albopictus circule depuis de nombreuses années, est particulièrement précieux pour faire face à cette maladie potentiellement grave, et dont les symptômes associés peuvent durer plusieurs semaines voire quelques années au niveau articulaire.
Cartographier la menace, un effort collectif
Le projet EMa-Tigre (pour Émergence de Maladies vectorielles liées au moustique tigre) vise à cartographier le risque de diffusion des arbovirus transmis par Ae. albopictus en France, dans un contexte de changement climatique. Il a été démontré en laboratoire que ce moustique est capable à lui seul de transmettre au moins 25 virus, dont ceux de la dengue, du West Nile, du Zika ou du chikungunya. Financé par la Fondation Crédit Mutuel Alliance Fédérale, le projet est coordonné par l’unité Arbovirus et insectes vecteurs de l’Institut Pasteur, et fait intervenir des organismes de santé publique (DGS, ARS), des partenaires académiques, ainsi que des opérateurs de démoustication.
Maladie du sommeil : la surveillance se muscle
En collaboration avec l’équipe de Lucy Glover à l’Institut Pasteur de Paris, l’équipe de Brice Rotureau, directeur de l’unité parasitologie de l’Institut Pasteur de Guinée et responsable du groupe transmission des trypanosomes à l’Institut Pasteur de Paris, a mis au point un tout nouveau test moléculaire, baptisé SHERLOCK4AAT, permettant de détecter les principales espèces de trypanosomes infectant les animaux, dont celle également à l’origine de la maladie du sommeil chez l’être humain. Les trypanosomes sont transmis par l’intermédiaire de la mouche tsé-tsé, elle-même infectée après avoir piqué un animal porteur du pathogène. Identifier la circulation des trypanosome répond à de multiples objectifs : de santé humaine d’abord, car, même si la maladie ne touche plus que 500 personnes par an, certains parasites peuvent rester dans l’organisme plusieurs mois, voire plusieurs années, et ainsi ralentir l’objectif d’élimination de la maladie d’ici à 2030 ; de santé animale, les animaux infectés étant pour la plupart domestiques (bovins et porcins), leur atteinte bouleverse l’équilibre économique des éleveurs et de leurs communautés ; et de santé publique, la détection permettant de mieux orienter les efforts des politiques de prévention.
L’Institut Pasteur à l’avant-poste de l’innovation vaccinale européenne
L’Institut est membre fondateur de l’European Vaccine Hub (EVH), lancé en mai 2025, un hub collaboratif piloté par onze institutions de premier plan dans cinq pays. L’EVH a pour ambition de réduire significativement le temps de développement de nouveaux vaccins à moins de quatre mois après l’identification d’un pathogène, grâce à de meilleures synergies entre les acteurs de la vaccinologie. En France, l’Institut Pasteur sera l’institution coordinatrice des activités de recherche préclinique et travaillera en étroite collaboration avec ses partenaires,notamment l’Inserm, l’ANRS-MIE, le CEA et l’AP-HP.
L’Histoire au prisme de la biologie
La compréhension de l’histoire des pathogènes, même très anciens, éclaire nos capacités de réponse contemporaines.
Aux origines de la lèpre
Alors que l’on pensait qu’elle avait été introduite sur le continent américain par les colons européens à partir de 1492, une équipe de scientifiques du laboratoire Paléogénomique microbienne de l’Institut Pasteur, du CNRS et de l’Université du Colorado a découvert qu’une deuxième espèce responsable de la lèpre infecte en réalité les humains depuis au moins un millénaire. Mycobacterium lepromatosis est certes moins connue que M. leprae, le pathogène principal à l’origine de la maladie qui touche encore 200 000 personnes dans le monde chaque année. Mais ce qui lui manque en notoriété, elle le compense en persévérance. L’analyse de près de 800 échantillons issus de fouilles archéologiques a en effet révélé sa large présence historique en Amérique du Nord et du Sud, du Canada à l’Argentine. Cette découverte transforme notre compréhension de l’histoire de la maladie, d’autant que le projet a également mis au jour de nouveaux lignages, dont un de plus de 9 000 ans, toujours actif.
Les stratégies redoutables du bacille de la peste
Malgré trois pandémies, la première s’étalant du VIe au VIIIe siècle, la deuxième – la plus meurtrière de l’histoire – du XIVe au début du XIXe siècle, et la dernière, qui a commencé au milieu du XIXe siècle, la peste n’a pas fini de livrer tous ses secrets. Dernier en date, révélé par une équipe de l’Institut Pasteur et de l’université McMaster (Hamilton, Canada), l’évolution d’un gène de la bactérie responsable de la peste bubonique, Yersinia pestis, qui lui aurait permis de prolonger la durée des pandémies. La diminution du nombre de copies du gène pla dans les dernières phases des épidémies allonge la durée de vie des hôtes – notamment les rongeurs – infectés, leur permettant de continuer à propager la bactérie plus longtemps. En atténuant sa virulence, le bacille de la peste a donc réussi à persister, notamment dans des contextes de densité de population réduite.