Hantavirus Andes : caractérisation d’un foyer de contagion rare grâce à un séquençage génomique coordonné

Le virus Andes : un hantavirus transmissible d’humain à humain

Contrairement à la plupart des hantavirus à l’origine de zoonoses et dont la transmission interhumaine n’est pas avérée à ce jour, le virus Andes se distingue par sa capacité documentée à se propager entre individus lors de contacts rapprochés et prolongés, ou dans des environnements confinés. Bien que la transmission interhumaine soit exceptionnelle pour ce pathogène, elle demeure documentée, notamment lors de l'épidémie d'Epuyén en Argentine en 2018-2019, qui reste une exception. En effet, les foyers d’infection par le virus Andes décrits en Argentine montrent que cette transmission interhumaine n’est pas la norme pour Andes. Cette caractéristique revêt une importance majeure pour la surveillance en santé publique, d'autant plus que le virus est géographiquement distribué selon l'habitat des rongeurs réservoirs (principalement Oligoryzomys longicaudatus) en Patagonie.

Chronologie et épidémiologie du foyer du MV Hondius

Le bateau a quitté Ushuaia (Terre de Feu, Argentine) le 1er avril 2026. Le patient index, un homme néerlandais de 70 ans, a développé les premiers symptômes (fièvre, céphalées, diarrhée) peu après le départ le 3 avril, avant de décéder à bord le 11 avril. L'enquête épidémiologique suggère fortement une exposition zoonotique en Argentine ou au Chili, probablement via contact avec des rongeurs.

Après un intervalle d'environ deux à trois semaines, un cluster secondaire a émergé, précisément entre le 21 avril et le 1er mai : cinq cas supplémentaires ont développé des symptômes parmi des passagers ayant eu des contacts étroits avec le cas index.

Après dispersion des passagers à travers plusieurs continents (Afrique du Sud, Suisse, Îles de l'Atlantique Sud), quatre cas additionnels ont été détectés lors du débarquement du navire à Ténérife le 10 mai. 

Cette chronologie progressive est compatible avec des transmissions interhumaines successives au sein d'un environnement confiné. La longue période d'incubation du virus Andes (7 à 42 jours) a considérablement compliqué le suivi des contacts et la reconstruction des chaînes de transmission, certains cas s'étant manifestés plusieurs semaines après leur dernière exposition confirmée à bord.

Une transmission respiratoire limitée

Les données épidémiologiques de ce foyer ne soutiennent pas un mode de transmission     « aéroportée » massif ni une transmissibilité comparable aux virus respiratoires modernes tels que le SARS-CoV-2. Au contraire, toutes les transmissions documentées restent compatibles avec des contacts rapprochés et prolongés—cadre familial (époux, ami proche) ou environnement médical confiné. Aucune transmission observée lors de simples contacts fugaces ou de proximité lointaine à bord du navire.

Séquençage génomique coordonné et validation multinationale

L'apport majeur de cette investigation réside dans l'approche de séquençage génomique collaborative menée en temps réel par plusieurs laboratoires (Pays-Bas, Afrique du Sud, Suisse, France, Sénégal, Espagne, Canada). Le Centre National de Référence des Hantavirus de l'Institut Pasteur, situé à Paris, a participé à l'analyse du cas français et à la coordination de ce processus de validation.

Une étape critique du processus a consisté à partager les données brutes de séquençage entre les laboratoires. 

« Cette approche a révélé un défi méthodologique majeur : lors des premières analyses, 10 mutations d’impact potentiel avaient été identifiées chez plusieurs patients. Cependant, après comparaison détaillée des données brutes et validation contre des jeux de paramètres bio-informatiques standardisés, 8 de ces 10 mutations se sont avérées être des artefacts techniques liés aux différentes plateformes de séquençage et pipelines bio-informatiques utilisés », explique Sarah Temmam, responsable du Pôle de Génotypage des Pathogènes de la Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence à l’Institut Pasteur. 

Il s'agit de la seule structure de l'institut habilitée à séquencer les agents hautement pathogènes, strictement réglementés sous l'appellation "MOT" (Micro-organismes et Toxines). 

« Cette validation croisée des données génomiques a évité de diffuser des interprétations erronées qui auraient alimenté l'incertitude lors d'une crise sanitaire. C'est un enseignement fondamental : en cas d'épidémie de pathogène rare, le contrôle qualité bio-informatique doit être aussi rigoureux que celui des diagnostics cliniques », explique Jean-Claude Manuguerra, responsable adjoint du Centre National de Référence des Hantavirus à l'Institut Pasteur.

Une faible diversité génétique révélatrice d'un probable événement d'introduction unique

Les séquences génomiques validées révèlent une remarquable homogénéité :

• Les segments S et M du virus sont strictement identiques chez tous les patients dont la souche virale a été séquencée. Une mutation dans la glycoprotéine (segment M) a été observée par rapport à la séquence de référence, caractéristique de ce cluster. L’impact fonctionnel de cette mutation reste à caractériser. 

• Le segment L ne varie que par une seule mutation par patient, correspondant à des variations minimes et sans signature fonctionnelle. La mutation n’a pas d’impact sur la séquence protéique et donc sur la fonctionnalité de la polymérase virale.

  Cette très faible diversité génétique—contrastant fortement avec la complexité génomique observée lors de transmissions épidémiques prolongées—soutient l'hypothèse d'un événement unique d'introduction du virus suivi d'une transmission humaine limitée à bord du navire. Une telle absence de diversité avait également été observée lors de l'épidémie d'Epuyén en 2018.

  Les chercheurs ont spécifiquement recherché les mutations génomiques précédemment associées dans la littérature à une augmentation de la transmissibilité interhumaine ou à des événements de « super-propagation ». Aucune de ces mutations n'a été détectée dans le virus du MV Hondius, confirmant que le virus analysé conserve son profil de virulence historique sans acquisition de propriétés de transmissibilité accrue.

  L'analyse phylogénétique montre que le virus du foyer du bateau est très proche des souches humaines détectées en Argentine en 2018 (98,7 % de similarité sur le segment L), suggérant une filiation génétique directe avec les foyers argentins documentés chez l’humain. Avec une meilleure connaissance de la diversité génétique du virus au sein du réservoir, on pourrait affiner les liens génétiques entre les souches virales animales et humaines et ainsi mieux définir les circonstances d’exposition des cas humains.

Implications pour la surveillance des pathogènes émergents rares

« Ce foyer de contagion est le premier épisode documenté de transmission interhumaine du virus Andes dans un contexte de voyage international », souligne Virginie Sauvage, responsable du Centre National de Référence des Hantavirus à l'Institut Pasteur. « Il nous rappelle que même les pathogènes rares et géographiquement limités peuvent émerger loin de leurs zones endémiques, et que seule une expertise spécialisée et une coordination internationale rapide permettent de confirmer le diagnostic et de guider les mesures de santé publique. »

Cette investigation démontre la nécessité de maintenir des capacités diagnostiques et génomiques pour les pathogènes rares en dehors de leurs zones endémiques. Sans l'expertise du Centre National de Référence, le diagnostic aurait tardé et l'épidémiologie moléculaire aurait pu être mal interprétée. Elle souligne également l'impératif du partage rapide et transparent des données génomiques brutes et du contrôle qualité collaboratif international. 

Source 

Hantavirus pulmonary syndrome outbreak linked to cruise ship travel, April–May 2026, Science, 12 novembre 2026

Bas B. Oude Munnink^1†, Samuel Cordey^2†, Moussa Moïse Diagne^3†, Jonathan Featherstone^4†, Anabel Negredo^5,6†, Sarah Temmam^7†, Jenniffer Angulo^8†, Carla M. Bellomo^9†, Ana Hoxha^10†, Santiago Vidal-Freire^11†, Lorenzo Subissi^10†, Margreet te Wierik^12†, David F. Nieuwenhuijse¹, Jonathan Audet¹³, Ndeye Awa Ndiaye³, Laurent Dacheux⁷, Safiétou Sankhe³, Jens H. Kuhn¹⁴, Florian Laubscher², Mouhamed Kane³, Jean-Claude Manuguerra^7,15, Jessica Vanhomwegen⁷, International Consortium Investigating the M/V Hondius Outbreak¹⁶, David Safronetz¹², Olivier Le Polain de Waroux^10‡, Tjalling Leenstra^12‡, Valeria P. Martínez^9‡, Nicole D. Tischler^17,18‡, Boris I. Pavlin^10‡, Jacqueline Weyer^4‡ , Isabella Eckerle^19,20,21‡, Ibrahima Socé Fall^3‡, Marion P. G. Koopmans^1‡, María Paz Sánchez-Seco^5,6‡, Virginie Sauvage^14‡, Gustavo Palacios^11‡*

¹Virology Department and Pandemic and Disaster Preparedness Research Centre, Erasmus Medical Centre; Rotterdam, Netherlands.

²Laboratory of Virology, Laboratory Medicine Division, Diagnostic Department, Geneva University Hospitals; Geneva, Switzerland.

³Institut Pasteur de Dakar; Dakar, Senegal.

⁴National Institute for Communicable Diseases; Sandringham, Johannesburg, South Africa.

⁵Laboratory of Arboviruses and Imported Viral Diseases., National Center of Microbiology, National Institute of Health “Carlos III”; Madrid, Spain; 

⁶Ciber of Infectious Diseases, National Institute of Health “Carlos III”; Madrid, Spain.

⁷Institut Pasteur, Université Paris Cité, Environment and Infectious Risk Research Unit - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (ERI-CIBU); Paris, France.

⁸Departamento de Enfermedades Infecciosas e Inmunología Pediátricas, Escuela de Medicina and Facultad de Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile; Santiago, Chile.

⁹Laboratorio Nacional de Referencia de Hantavirus, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas, Administración Nacional de Laboratórios e Institutos de Salud Dr. Carlos G. Malbrán; Buenos Aires, Argentina.

¹⁰Health Emergency Preparedness and Response Programme, World Health Organization; Geneva, Switzerland.

¹¹ Department of Microbiology, Global Health Emergent Pathogens Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai; New York, NY, USA.

¹² National Institute for Public Health and the Environment; Bilthoven, Netherlands.

¹³Special Pathogens Program, National Microbiology Laboratory, Public Health Agency of Canada; Winnipeg, Manitoba, Canada.

¹⁴Frederick, MD, USA.

¹⁵Institut Pasteur, Université Paris Cité, Environment and Infectious Risk Research Unit - French National Reference Center for Hantaviruses; Paris, France.

¹⁶The full list of the authors and affiliations of this consortium can be found in the Supplementary Material.

¹⁷Laboratorio de Virología Molecular, Centro Ciencia & Vida, Fundación Ciencia & Vida, Santiago, Chile and Escuela de Bioquímica, Facultad de Ciencias, Universidad San Sebastián; Santiago, Chile.

¹⁸Escuela de Bioquímica, Facultad de Ciencias, Universidad San Sebastián; Santiago, Chile.

¹⁹Centre for Emerging Viral Diseases, Geneva University Hospitals and Faculty of Medicine, University of Geneva; Geneva Switzerland.

²⁰Department of Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva; Geneva, Switzerland.

²¹Department of Microbiology and Molecular Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva; Geneva, Switzerland.

^*Corresponding author. 

^†These authors are the leads of the institutions that provided and shared initial data and contributed equally to this work.

‡These senior authors are the leads of the institutions that provided and shared initial data and contributed equally to this work.