Institut Pasteur (France), Technical University of Denmark (Denmark), Statens Serum Institute (Danemark), Research Center Borstel (Allemagne), Karolinska University Hospital and Institutet (Suède) et Finnish Institute for Health and Welfare (Finlande)
Date
De 2023 à 2026
Ce programme interdisciplinaire combine des cours et des sessions pratiques délivrés par plusieurs institutions dans le but de renforcer la surveillance, la préparation et la capacité à répondre aux épidémies.
Ce programme de formation s'adresse à des professionnels issus de divers domaines d'études liés à la microbiologie en santé publique (par exemple, la bioinformatique, la biologie, l'informatique, la biochimie, la génomique microbienne, la métagénomique, la microbiologie, la génétique moléculaire, les sciences biomédicales, la bioscience comparative et moléculaire, l'épidémiologie, etc.) souhaitant approfondir leurs connaissances et compétences en bioinformatique de la santé publique et en épidémiologie génomique. Une expérience préalable en biologie computationnelle et en bioinformatique n'est pas nécessaire pour postuler à ce programme de formation.
Plusieurs activités de formation sont inclues dans le cadre de ce programme, notamment des ateliers de deux semaines, des sessions de formation de trois jours, des visites d'échange pour les bioinformaticiens et des formations virtuelles.
Des détails additionnels sur la formation sont disponibles sur la plateforme de l'Académie Virtuelle de l'ECDC (EVA) : GenEpi-BioTrain Common (europa.eu).
Cours délivrés à l'Institut Pasteur, Paris :
Les cours suivront des thématiques liées aux pathogènes. Tout d'abord, les cours se concentreront sur les agents pathogènes d'origine alimentaire et environnementale (L. monocytogenes, S. enterica, E. coli, K. pneumoniae, …) et ensuite sur les agents pathogènes des maladies prévenues par la vaccination (N. meningitidis, Haemophilus, C. diphtheriae, B. pertussis, …).
Activités prévues à l'Institut Pasteur
Voici les activités de formation programmées à l'Institut Pasteur :
Cours Interdisciplinaire en Épidémiologie Génomique et en Bioinformatique de la Santé Publique
- Ateliers de 2 semaines
- 30 participants répartis en 10 équipes nationales comprenant un microbiologiste, un épidémiologiste et un bioinformaticien
- Cours théoriques et formation pratique en bioinformatique
- Le choix des thèmes et du contenu prendra en compte les besoins des participants
- Sessions de formation en présentiel de 3 jours
- Pour 10 bioinformaticiens en santé publique
- Amélioration des compétences pratiques en bioinformatique
- Une ou deux semaines
- De 3 à 5 participants
- Répondre aux besoins d'apprentissage liés à la bioinformatique de la santé publique et créer un réseau de soutien.
- 1 jour ou 2 demi-journées
- Les thèmes sont définis en fonction des besoins des participants
- Ouvert à tous les professionnels en Santé Publique
- Des exercices pratiques seront inclus pendant ces formations
- La mise en réseau et les discussions seront renforcées
Webinaires actuellement disponibles :
Actuellement, cinq sessions webinaires ont été complétées, et leurs enregistrements sont disponibles sur la plateforme EVA aux liens suivants :
- “Whole-genome sequencing-based (WGS) detection of antimicrobial resistance (AMR) in bacteria”
- “From sequencer to polished reads for bacteria”
- “Introduction to bioinformatic analysis of SARS-CoV-2 amplicon sequencing data”
- “Introduction to avian influenza outbreak investigation using NGS data”,
- “Bacterial genome assembly and quality control"
- "Introduction to SARS-CoV-2 wastewater analysis"
- "Phylogenetics and alignments"
L'annonce d'autres formations virtuelles sera faite sur la plateforme EVA à ce lien.
Équipe organisationnelle à l'Institut Pasteur :
Sylvain Brisse, responsable de l'Unité Biodiversité et Épidémiologie des Bactéries Pathogènes, responsable du Centre National de Référence pour la diphtérie, responsable du Centre National de Référence pour la coqueluche et autres infections à Bordetella, et coordinateur de la plateforme de taxonomie génomique des souches bactériennes (BIGSdb-Pasteur). Il est également l'investigateur principal du projet GenEpi-BioTrain à l'Institut Pasteur.
Solène Cottis, cheffe de projet sur le programme GenEpi-BioTrain à l'Institut Pasteur. Elle est chargée de l'organisation et de la gestion des activités de formation sur place.
Thierry Lang, responsable des relations internationales au sein du Centre d'Éducation de l'Institut Pasteur.
Des experts en pathogènes d'origine alimentaire et en bactéries prévenues par la vaccination, ainsi que des bioinformaticiens du pôle de bioinformatique et de biostatistique, seront également impliqués dans ce programme.
Comment s'inscrire au programme GenEpi-BioTrain ?
Pour accéder aux sessions de formation virtuelles, vous pouvez vous inscrire gratuitement sur la plateforme EVA. Pour vous inscrire aux ateliers de deux semaines, aux sessions de formation de trois jours, et aux visites d'échange pour les bioinformaticiens, vous pouvez contacter Justine Schaeffer et/ou Mathieu Tourdjman du point focal national français et/ou ECDC.Microbiology@ecdc.europa.eu.
Contact
L'équipe GenEpi-BioTrain à l'Institut Pasteur : gebt@pasteur.fr.
L'équipe GenEpi-BioTrain à l'ECDC : ECDC.Microbiology@ecdc.europa.eu
L'Institut Pasteur propose également des formations virtuelles supplémentaires : pour plus de détails, veuillez suivre ce lien.
