Activités du CNR des virus des infections respiratoires (dont la grippe et le SARS-CoV-2)

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/une souche »

Toute demande au CNR n’est prise en compte que si elle est accompagnée des renseignements notamment cliniques, à mentionner sur la feuille de demande d'analyse fournie par le CNR et qui accompagne l’échantillon.

ANALYSES

La stratégie d’analyse prévoit en première intention la détection moléculaire par qRT-PCR sur prélèvements respiratoires :

• des virus grippaux de type A et B
• du SARS-CoV-2
• du VRS
• d’autres virus respiratoires : rhinovirus, metapneumovirus, coronavirus saisonniers, virus parainfluenza…

Ces analyses sont complétées, lorsque la qualité de l’échantillon le permet, par le séquençage NGS des virus grippaux, du SARS-CoV-2 et du VRS. Les autres virus sont également séquencés à l’aide d’une méthode de séquençage NGS sans à priori.

EXPERTISES

Le CNR apporte son expertise dans les cas suivants :

• patients hospitalisés pour grippe grave
• patients en échec thérapeutique pour l’étude de l’évolution de la sensibilité des virus aux antiviraux avec analyse de prélèvements séquentiels
• cas groupés dans un service ou institution avec suspicion de diffusion nosocomiale
• échec vaccinal
• suspicion d’infection zoonotique

Toutes les techniques sont mises en œuvre pour répondre précisément à ces demandes : qRT-PCR, séquençage NGS, test phénotypique de résistance aux antiviraux IC50. Elles peuvent être complétées par l’isolement viral en culture cellulaire pour les virus d’origine animale permettant l’analyse des isolats par test d’inhibition d’hémagglutination pour la caractérisation antigénique des virus.

En cas de besoin, le CNR dispose des techniques d’ELISA immunocapture, d’immunofluorescence indirecte, d’analyse par cytométrie en flux sur cellules infectées ou d’immunoblot pour la detection et la caractérisation des virus.

Des techniques sérologiques d’inhibition de l’hemagglutination ou de microneutralisation, dont le CNR est l'unique référent peuvent aussi être réalisées dans le cadre de prestations de service ou de participations à des projets de recherche.

CONTRIBUTION À LA SURVEILLANCE NATIONALE EN INTERFACE AVEC SANTÉ PUBLIQUE FRANCE (SpF)

Pendant la période de surveillance active, les données de la surveillance virologique issue des réseaux Sentinelles et RENAL pour la région Nord et la région Sud sont compilées par le CNR VIR et transmises de façon hebdomadaire à Santé Publique France (SpF). Ces données sont ainsi mises en commun avec les données de surveillance du Réseau Sentinelles et les données collectées par SpF (réseau OSCOUR, surveillance des cas graves, etc..). Depuis l’année 2023, les données du réseau SOS Médecins ainsi que les données du réseau de laboratoires privés RELAB sont aussi collectées et analysées par le CNR VIR. Ces données hebdomadaires sont analysées et font l’objet d’une évaluation des tendances lors d’une discussion hebdomadaire, dans la perspective de la rédaction du bulletin hebdomadaire de SpF et de la transmission des données à l’ECDC.

Un bulletin de rétro-information RENAL et RELAB est aussi édité chaque semaine par le CNR VIR et permet de maintenir un lien avec les sites de surveillance communautaire (RELAB) et hospitaliers (RENAL).

CONTRIBUTION AUX RÉSEAUX DE SURVEILLANCE EUROPÉEN ET INTERNATIONAUX

Les laboratoires du CNR VIR participent activement au réseau mondial de surveillance de la grippe de l’OMS (GISRS). Les données de surveillance virologiques sont remontées à l’OMS via TESSy (ou Epipulse) (CNR-HCL, CNR-IPP) ou FluMart (CNR IPG). Chaque saison, les laboratoires sélectionnent et adressent aux centres collaborateurs de l’OMS des isolats de virus grippaux représentatifs selon leur origine géographique, leur type ou sous-type viral, et le profil des patients (hospitalisés ou vaccinés), en amont des réunions de composition vaccinale. Depuis 2024, le CNR VIR participe également au réseau COVINET, mis en place par l’OMS pour renforcer la surveillance mondiale des coronavirus.

Le CNR VIR fait aussi partie du consortium AURORAe piloté par l’ECDC et coordonné par le RIVM, Pays-Bas, mis en place en 2022. L’objectif du projet AURORAe est de fournir un soutien aux activités et un renforcement des capacités des laboratoires de l’UE/EEE et de la région OMS-EURO pour les analyses microbiologiques sur le SARS-CoV-2 et les virus influenza.

Le CNR VIR est membre du consortium des Laboratoires de Référence en Santé Publique de l’UE pour les Virus Respiratoires (EURL-PH-RESVIR), coordonné par Erasmus Medical Center et regroupant huit instituts implantés dans six pays. L’EURL‑PH‑RESVIR soutiendra les laboratoires nationaux de référence pour les activités liées au virus de la grippe (saisonnier, émergent/pandémique et infections humaines d’origine zoonotique), au SARS‑CoV‑2 et au virus respiratoire syncytial (VRS), ainsi qu’à d’autres virus respiratoires présentant un potentiel épidémique et/ou de crise sanitaire, tels que le SARS‑CoV, le MERS‑CoV, le métapneumovirus humain, ou à de nouveaux virus respiratoires émergents. 

COLLECTIONS DE PRÉLÈVEMENTS ET SOUCHES VIRALES

Le CNR VIR maintient, sur ses quatre sites, des collections biologiques uniques en France regroupant souches virales, isolats cliniques, prélèvements humains et sérums de référence. Ces ressources couvrent un spectre large de virus respiratoires, incluant la grippe (avec plus de 23 000 isolats et des souches vaccinales historiques), le SARS-CoV-2, le VRS, les coronavirus saisonniers, ainsi que de nombreux virus émergents (SARS-CoV, MERS-CoV, influenza aviaires et porcins). Elles sont conservées dans des biobanques sécurisées selon des procédures harmonisées, garantissant traçabilité et qualité. Les collections incluent également plus de 40 000 prélèvements biologiques humains et une large gamme de sérums animaux et humains indispensables aux études antigéniques et immunologiques. Accessible à la communauté scientifique dans un cadre réglementé, ce patrimoine constitue une ressource stratégique pour la surveillance, la préparation vaccinale et la recherche.

Mis à jour le 24/07/2026