Le directeur général de l'Institut Pasteur est une personnalité scientifique nommée pour quatre ans.  Son mandat est renouvelable une fois. Le directeur général, sous l'autorité du conseil d'administration, assure le fonctionnement de l'Institut Pasteur.

Le directeur général nomme aux emplois autres que ceux pourvus par le conseil d'administration et ordonnance les dépenses.

Le directeur général est le représentant légal de l'Institut Pasteur.

Le directeur général de l'Institut Pasteur est assisté dans ses fonctions par un directeur en charge des questions administratives et financières et par les autres membres de la direction.

Les directions de l'Institut Pasteur

Direction générale
Pr. Stewart Cole

Direction générale adjointe administration et finances
François Romaneix

Direction scientifique
Christophe D’Enfert

Direction juridique
Samuel Valcke

Direction des applications de la recherche et relations industrielles
Isabelle Buckle

Direction de la communication et du mécénat
Jean-François Chambon

Direction des ressources techniques et de l'environnement
Nathalie Denoyés

Direction financière 
Françoise Perriolat

Direction de la recherche médicale
Bruno Hoen

​Direction Internationale
Pierre-Marie Girard

Direction des ressources humaines
Odile Hermabessière

Direction de la technologie et des programmes scientifiques
Christophe D’Enfert (par interim)

Secrétariat général scientifique
Nathalie de Parseval

Direction des systèmes d’information
Stéphane Fournier

Direction de l'enseignement
Monica Sala

Direction des carrières et de l’évaluation scientifique
Patrick Trieu-Cuot

Direction de l'audit et du contrôle interne
Pascal Masse-Navette

Délégué à la sûreté et à la sécurité
François Thibault