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La direction générale :
La directrice générale est la représentante légale de l'Institut Pasteur. Il s’agit d’une personnalité scientifique nommée pour un mandat de six ans qui peut être renouvelé pour une période ne pouvant excéder quatre ans. Elle prépare les orientations stratégiques et en assure la mise en œuvre. Elle est assistée dans ses fonctions par un directeur en charge des questions administratives et financières, ainsi que par les autres membres de la direction.
Les directions de l'Institut Pasteur :
| Direction générale | Prof. Yasmine Belkaid |
| Direction générale adjointe | François Romaneix |
| Direction générale adjointe scientifique | Christophe D’Enfert |
| Direction des applications de la recherche et relations industrielles | Isabelle Buckle |
| Direction de la communication et des affaires publiques | Henri Pitron |
| Direction de la philanthropie | Antoine Bogaerts |
| Direction internationale | Odette Tomescu-Hatto |
| Direction juridique | Samuel Valcke |
| Direction de la RSE et de l'environnement | Nathalie Denoyés |
| Direction financière | Françoise Perriolat |
| Direction médicale | Pierre Buffet |
| Direction des ressources humaines | Odile Hermabessière |
| Direction de la technologie | Michael Nilges |
| Direction des systèmes d’information | Stéphane Fournier |
| Direction de l'enseignement | Monica Sala |
| Direction des carrières et de l’évaluation scientifique | Patrick Trieu-Cuot |
| Direction de l'audit et du contrôle interne | Eric Laclide |
| Délégué à la sécurité et à la sûreté | François Thibault |
