La collection de l'Institut Pasteur (CIP)

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Présentation

La Collection de l’Institut Pasteur (CIP) créée en 1890 par le Dr. Binot, est l’un des premiers Centres de Ressources Biologiques (CRB) qui a été constitué dans le monde. Depuis plus d’un siècle maintenant, les locaux de la CIP se trouvent sur le campus de l’Institut Pasteur.  Ses missions sont d’assurer à la fois la maintenance et l’enrichissement de sa collection de bactéries, d’une part par le biais de collaborations avec les scientifiques de l’Institut Pasteur et d’autre part, par le dépôt de souches de chercheurs français et étrangers, et également la distribution des souches et des informations associées (propriétés, conservation, identification…) ainsi que le développement d’une activité de recherche.

Souchier de la période de Louis Pasteur
Institut Pasteur - Souchier actuel
Souchier de la période de Louis Pasteur Souchier actuel

 

Type de ressources

La CIP est riche d’environ 20 000 souches bactériennes appartenant à 4200 espèces différentes. La base de l’enrichissement s’est fait historiquement depuis les années 50 avec :

  • des souches hospitalières (du fait de la proximité de l’hôpital Pasteur et des hôpitaux parisiens),
  • des souches provenant de divers Centres Nationaux de Référence après le départ à la retraite des responsables : Streptocoques, Staphylocoques, Anaérobies, souches résistantes aux antibiotiques,…
  • des souches types d’espèce nouvellement décrites,
  • des souches de l’environnement.

Caractérisation des ressources

La caractérisation et l’identification des bactéries ont longtemps reposé sur la phénotypie. Avec l’avènement du moléculaire, l’identification bactérienne a été réalisée en utilisant le gène qui code l’ARNr 16S et son séquençage en routine a été mis en place en 2006. L’accès aux génomes entiers est désormais possible pour les souches bactériennes déposées depuis 2016 mais aussi pour celles dont le lot de distribution est renouvelé, ceci grâce la collaboration de la CIP avec la plateforme P2M de l’Institut Pasteur.

Conservation des souches bactériennes

Les souches sont conservées par lyophilisation ou congélation à -80°C ou à -196°C en azote liquide. Autant que possible, il est réalisé deux méthodes différentes de conservation et deux types de stockages pour chaque souche dans deux endroits différents.

Les travaux qui peuvent être entrepris avec la CIP sont variés du fait de la diversité des ressources maintenues en collection. La CIP a su s’adapter constamment pour répondre aux besoins évolutifs des utilisateurs et aux exigences réglementaires actuelles. L’importance des ressources microbiennes pour le présent et l’avenir est indéniable au vu de leurs utilisations dans des domaines très variés comme l’agronomie, la sécurité alimentaire, l’environnement, la santé, et les biotechnologies. Garantir la sûreté biologique et assurer une traçabilité des échanges sont des éléments clés de la bio-économie du futur telles que définies en 2007 parmi les « Lignes directrices de l’OCDE relatives aux pratiques exemplaires concernant les centres de ressources biologiques ». Pour relever ces défis, la CIP a été successivement certifiée ISO 9001, ISO 17025 puis désormais NF S96-900, la norme spécifique pour les CRB qui est devenue une norme ISO (ISO 20387). Elle fait partie du réseau mondial des collections de micro-organismes (WFCC), de la WDCM (World data centre for microorganisms) et du bureau de l’ECCO (organisation des collections européennes). Ensemble avec le CRBIP, la CIP s’est impliquée dans différents projets européens d’infrastructures, tout d’abord EMBaRC (European Consortium of Microbial Resource Centres), un programme européen pour la conservation et la valorisation des ressources microbiologiques, puis MIRRI (Infrastructure de Recherche pan-européenne pour les ressources microbiennes) et EMBRIC (Groupement européen d’infrastructures de Recherche en biotechnologie marine). Au niveau national, la CIP est un des premiers CRBs à avoir été labellisé IBiSA.

Axes de recherche

La CIP développe une activité de recherche sur l’identification, la taxonomie (description de nouvelles espèces), la conservation des souches, la résistance aux antibiotiques et la métabolomique. Elle est impliquée dans des projets collaboratifs avec différents financements au niveau national et européen (ANR, One Health EJP…).

Contacts de la CIP

Responsable de la CIP :

D. Clermont

Equipe scientifique :

O. Chesneau

Secrétariat :

S. Coutellier - O. Mwana

Equipe technique :

M.G Goly - S. Hamon - E. Muhle - S. Favre-Rochex - P. Charles



Pour vos commentaires et vos questions concernant la CIP,
écrire à cip@pasteur.fr


NOMENCLATURE BACTÉRIENNE

Le nom scientifique
Les souches sont décrites sous leur nom le plus récent selon la nomenclature en vigueur disponible sur internet dans la "List of Bacterial Names with Standing in Nomenclatures" (J.P. Euzeby) et sur le site de la DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen). http://www.dsmz.de . Les noms utilisés (Skerman et al., 1980) ont été approuvés et publiés après 1980 dans l’International Journal of Systematic Bacteriology (Int. J. Syst. Bacteriol.) et après 2000 dans l’International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (Int. J. Syst. Evol. Microbiol.) 
Lorsque la souche n’a pas encore été validée ou publiée dans l’International Journal of Systematic Bacteriology, le nom scientifique de la souche est placé entre guillemets. Exemple : "Haemophilus agni" Kennedy et al.

Les informations suivantes sont accessibles :
L’année
Elle correspond à l’année de validation de l’espèce.
Le basonyme
Il correspond à la dernière dénomination avant le changement de nomenclature. Pour de plus amples renseignements concernant les changements de nomenclature, consulter les sites suivants : "List of bacterial names with standing in Nomenclatures" ( J.P. Euzeby) et DSMZ : nomenclature bactérienne. http://ijs.sgmjournals.org
Le groupe de risque
Ce groupe de risque reprend la liste publiée dans le Journal Officiel des Communautés Européennes, Directive 2000/54/CE du Parlement Européen et du Conseil du 18 septembre 2000.
Le numéro d’enregistrement dans la collection
La lettre "T" qui suit le numéro de la souche indique qu’il s’agit de la souche type.
Des conditions spéciales d’expédition sont nécessaires pour les demandes de souches marquées ’X’ et ’XX’. 

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