A l’heure où la biologie produit des masses de données considérables, la modélisation mathématique, les statistiques et l’informatique sont incontournables pour les comprendre. Le Centre de bioinformatique, biostatistique et biologie intégrative (C3BI), créé en mars 2015, est la structure pluridisciplinaire et transversale de l’Institut Pasteur qui traite ces données à grande échelle.
Le C3BI facilite les collaborations et les échanges en bioinformatique au sein de l’Institut Pasteur. Il développe des recherches méthodologiques en informatique et statistique, apporte son soutien aux unités de recherche expérimentales, et travaille avec le Réseau international des Instituts Pasteur (RIIP). Ainsi, l’International Group for Data Analysis développe, dans le RIIP, les activités bioinformatique et la formation dans ce domaine.
Un espace de recherche
Le C3BI regroupe des équipes de scientifiques, en lien étroit avec les départements de l’Institut, dans des domaines de recherche très variés :
- génétique évolutive humaine, génomique évolutive des microbes, régulation spatiale des génomes, bioinformatique évolutive, génétique statistique, biologie des systèmes (département Génomes et génétique) ;
- bioinformatique structurale (département Biologie structurale et chimie) ;
- génétique humaine et fonctions cognitives (département Neuroscience) ;
- épidémiologie mathématique (département Infections et épidémiologie) ;
- imagerie et modélisation (département Biologie cellulaire et infection).
Ainsi, un projet de recherche très ambitieux est coordonné par le C3BI : INCEPTION, pour INstitut Convergence : Emergence of Pathology Through Individuals and Populations. Sélectionné en 2016 par l’Agence nationale de la recherche, dans le cadre des Investissements d’avenir , il vise à comprendre et surveiller l’apparition de maladies dans les populations (contrôle des épidémies…) et chez les individus (médecine de précision…). Le C3BI propose de nouvelles méthodes bioinformatiques et biostatistiques pour comprendre et utiliser le foisonnement de données biologiques issu de la biologie expérimentale, de la santé publique ou celles fournies par les recherches cliniques .
Une plateforme de bioinformatique
« J’ai besoin de vous pour analyser les données que nous avons collectées. » Le C3BI répond à ces demandes provenant des équipes l’Institut Pasteur et de son réseau international : il effectue les analyses grâce à sa plateforme de bioinformatique, qui répond plus largement à toute question dans ce domaine. Avec une trentaine de chercheurs et d’ingénieurs recrutés en 2014-2016, l’analyse de données va pouvoir se faire à grande échelle. En 2018, un nouveau bâtiment de 120 places réunira les équipes du C3BI sur le campus de Paris.
La plateforme de bioinformatique de l’Institut Pasteur est un centre de référence, intégrée au réseau européen ELIXIR et à l’Institut français de bioinformatique.
Une offre de formation
Le C3BI forme un large public de biologistes, mathématiciens, informaticiens, statisticiens…, dans le cadre de la formation doctorale ou pour des scientifiques en poste. Par exemple, des formations sur l’analyse des données de séquences à haut débit ont été réalisées dans le Réseau international des Instituts Pasteur (à Montevideo, Dakar et Sao Paolo) et sur le campus parisien.
Olivier Gascuel
Directeur du C3BI
Jusqu’à la fin des années 90, la biologie se faisait devant des tubes à essai ou des boîtes de Petri. Maintenant, elle se pratique aussi bien derrière un ordinateur qu’à la paillasse. Et toutes les sciences biologiques sont concernées. L’Institut Pasteur investit ce domaine avec beaucoup d’énergie.