Initiative en vaccinologie et immunothérapie : recherche fondamentale

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De nombreux domaines de la recherche fondamentale qui fait la réputation de l’Institut Pasteur sont liés à la vaccinologie ou à l’immunothérapie, à l’instar de l’identification et de la caractérisation des pathogènes, de l’analyse structurale, des approches in silico, de l’analyse des mécanismes susceptibles d’améliorer l’immunogénicité et/ou le largage des antigènes ou de mettre en évidence des cibles spécifiques d’immunothérapie, des effets du microbiote sur les réponses immunitaires et de l’épidémiologie avant et après la vaccination. Les résultats obtenus dans ces domaines ont permis aux chercheurs de mettre au point des vaccins, des technologies vaccinales et des immunothérapies efficaces, actuellement utilisés ou à l’étude. Cette Initiative a pour objectif principal d’encourager la recherche fondamentale et transversale portant sur la compréhension détaillée des pathogènes, mécanismes et interactions avec l’hôte afin d’identifier de nouvelles approches, cibles et technologies pour les vaccins et immunothérapies.

Équipes et projets

Philippe Bousso - Dynamique des réponses immunes

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Nienke Buddelmeijer - Forme bactérienne et pathogénicité 

Le groupe Forme bactérienne et pathogénicité s’interroge sur l’acylation des lipoprotéines des bactéries par les acides gras issus des phospholipides membranaires et sur ses conséquences sur la fonction de ces lipoprotéines tant sur le plan physiologique que sur celui de leur interaction avec les composants de signalisation du système immunitaire inné de l’hôte. Les lipoprotéines sont des antigènes utiles dans le développement de vaccins en raison de leurs caractéristiques adjuvantes, les antigènes triacylés étant plus efficaces que les diacylés.

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Alexandre Chenal - BIOPHYSICYAA

Recherche fondamentale : approches biophysiques et basées sur la SM

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James Di Santo

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Gérard Eberl - Microenvironnement et immunité 

Analyse des déterminants microbiens et génétiques de la réponse à la vaccination​

Cette équipe a démontré que le microbiote symbiotique déterminait très tôt la réactivité du système immunitaire. Or, si la régulation ontogénique est perturbée, le système immunitaire développe une réactivité accrue, accentuant sa sensibilité aux pathologies inflammatoires voire sa réactivité aux infections et à la vaccination. Les chercheurs évaluent actuellement l’impact de cette interaction précoce entre le microbiote et le système immunitaire, ainsi que le fond génétique, sur l’efficacité et la pathogénicité ultérieures de la vaccination.

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 Jost Enninga - Dynamique des interactions hôtes-pathogènes

Cette équipe développe des approches qui fournissent des informations précises sur la localisation des pathogènes dans le contexte de cellules hôtes mises à l’épreuve. Ces approches ont permis d’identifier des molécules et des voies d’altération de la localisation des pathogènes et des réponses induites de l’hôte. Ces modulations peuvent être utilisées pour améliorer les stratégies de vaccination et les immunothérapies. 

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Molly Ingersoll - Inflammation et immunité des muqueuses

Le traitement de l’infection des voies urinaires (IVU) repose sur les antibiotiques, qui traitant uniquement l’IVU aiguë, n’empêchent pas la récidive et ne sont pas efficaces contre la dissémination rapide d’E. coli uropathogène multirésistant. Ce groupe identifie de nouvelles stratégies ciblant les voies d’accès de l’hôte pour traiter les infections urinaires sans antibiotiques. Leurs données suggèrent que la réponse innée façonne la force et la nature de la réponse adaptative à long terme à l’infection des voies urinaires. En se concentrant sur trois thérapies non antibiotiques dont l’utilisation chez l’humain a été approuvée dans d’autres contextes, les chercheurs étudient l’influence de la manipulation de la réponse innée de l’hôte sur le développement d’une immunité de longue durée à l’infection urinaire.

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Nolwen Jouvenet

La première génération de vaccins viraux reposait sur une atténuation empirique par passages successifs sur supports animaux et/ou cultures cellulaires. Le processus d’atténuation parvient à éliminer la virulence sans compromettre l’immunogénicité virale. Le groupe de Nolwenn Jouvenet étudie des vaccins viraux vivants atténués comme modèles pour comprendre les principales caractéristiques de l’atténuation virale. Ce type de travaux est indispensable à la conception rationnelle de vaccins viraux vivants atténués et à une meilleure compréhension des interactions virus-hôte.

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Nathalie Pardigon - Environnement et risques infectieux

L’atténuation des virus résultant de l’insertion de mutations à des positions définies dans le génome viral est désormais considérée comme une approche prometteuse de la conception des vaccins. En introduisant une double mutation (M-I36F/A43G) dans la séquence codante de la protéine M du flavivirus de la fièvre du Nil occidental, les chercheurs ont obtenu un virus mutant stable dont l’assemblage était incorrect, mais la sécrétion, correcte. Des études in vivo ont mis en évidence une protection totale contre la provocation létale chez un modèle murin. Cibler la protéine M des flavivirus à l’aide de cette double mutation pourrait permettre de créer des virus atténués servant de source à de nouveaux vaccins.

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Jessica Quintin​ - Immunologie des infections fongiques

Les projets de recherche de cette unité ont pour thème l’étude de la modulation des réponses immunitaires innées appelée « entraînement ». Bien que seules les réponses immunitaires adaptatives aient été décrites jusqu’à très récemment comme présentant des propriétés de mémoire, les chercheurs ont établi, à l’instar de confrères, que les monocytes innés pouvaient se souvenir d’un premier contact avec le champignon pathogène Candida albicans et le constituant de la paroi cellulaire associé : le ß-glucane. Ce laboratoire cherche à comprendre la physiologie in vivo et les mécanismes d’entraînement des ß‑glucanes, ce qui favorisera la mise au point de nouvelles combinaisons thérapeutiques et stratégies de vaccination basées sur l’immunité innée.

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Félix Rey - Virologie structurale 

L’équipe de Félix Rey travaille à la mise au point d’immunogènes adaptés à la vaccination contre le virus de la dengue. Les chercheurs ont observé que les anticorps les plus sujets à l’ADE sont ceux produits contre les segments conservés de la protéine d’enveloppe, qui ne sont normalement pas exposés sur des particules correctement conformées. Les anticorps dirigés contre des épitopes quaternaires présentent, quant à eux, des effets nettement moins négatifs et peuvent être plus protecteurs, en particulier s’ils ciblent l’EDE identifié par des études structurales. Les chercheurs examinent, en parallèle, les épitopes des anticorps à fort pouvoir neutralisant contre les virus de l’ordre des Bunyavirales (hantavirus, virus de la fièvre de la Vallée du Rift, virus de la fièvre hémorragique Crimée Congo).

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Olivier Schwartz - Virus et immunité

In collaboration with the laboratory humoral responses to pathogens, directed by Hugo Mouquet, the scientists study the effect of anti-HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bNAbs) on HIV-1 spread. The unit focuses on effector functions of bNAbs, and their ability to eliminate HIV-1 infected cells through ADCC (Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity) and other means.

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