Le Ministère des Affaires Etrangères et Européennes finance de nombreux projets internationaux de l’Institut Pasteur et au sein du Réseau International des Instituts Pasteur. Il finance notamment des projets du Fonds de Solarité Prioritaire (FSP), tel que le projet FSP Méningites et anciennement un projet FSP sur les résistances aux antibiotiques. Le MAEE finance également des échanges de chercheusr via le Partenariat Hubert Curien, ainsi que des postes d’assistant techniques dans le Réseau International.

Le projet "Soutien, formation et renforcement des capacités" a pour but de renforcer les réseaux de surveillance des virus de la grippe en Afrique et Asie du Sud-Est, en particulier en matière de grippe aviaire, ainsi que de mener des études épidémiologiques. Pour atteindre ces objectifs, ce programme met en place des formations adaptées qui permettront d’assurer un soutien aux investigations en cas d’épidémie.

Le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche fournit divers financements pour la recherche à l’Institut Pasteur. Sa contribution s’est élevée à 47,3 millions € en 2008.

Le National Institutes of Health (NIH) est une division au sein du ministère de la Santé et des Services sociaux (HHS). Le NIH est l'organisateur de la recherche biomédicale et comportementale aux USA. Sa mission est la quête de la connaissance scientifique fondamentale des systèmes vivants et  l'application de ces connaissances pour prolonger la vie en bonne santé et réduire l'impact de la maladie.

Le CDC est l'un des principaux composants de fonctionnement du ministère de la Santé et des Services sociaux (HHS). Il collabore pour créer l'expertise, l'information et les outils dont les gens et les communautés ont besoin pour protéger leur santé par la promotion de la santé, la prévention des maladies et la préparation aux nouvelles menaces de santé.  CDC's Official Mission Statements/Organizational Charts 

Depuis 2004, la Fondation Total a choisi d'agir sur le long terme contre les inégalités en matière de santé en s’alliant avec l’Institut Pasteur et son Réseau International. Le soutien de la Fondation Total a contribué au développement de nombreux programmes de recherche et d’actions de terrain directement dédiées à l’amélioration de la prévention, du diagnostic et du traitement des maladies infectieuses, notamment chez les enfants. Ces actions mêlant recherche et intervention permettent en outre d’accompagner la formation des professionnels de santé, des éducateurs et enseignants et de renforcer les structures locales.

Conscient de l'impact majeur de l'encéphalite infectieuse en termes de mortalité et de séquelles neurologiques sur la population en Asie du Sud-Est, la Fondation Mérieux, Fondation Privée reconnue d'utilité publique, soutient le projet "infectious Encephalitis in South East Asia ou SEAe" aux côtés de plusieurs partenaires.

Les chercheurs pasteuriens bénéficient de financements de la Fondation Gates à travers les appels d’offres de l’initiative "Grand Challenges Explorations (GCE)," dont l’objectif est de soutenir des projets de recherche très innovants qui pourraient contribuer à résoudre les problèmes de santé dans les pays en voie de développement. Parmi ces projets sélectionnés, se distingue celui proposé par Marco Vignuzzi (Groupe à 5 ans Populations virales et Pathogenèse), "Vaccine Discovery by Mapping Quasispecies Sequence Space", sur la thématique "Create new ways to protect against infectious diseases". Sur plus de 3 000 propositions soumises, ce projet est le seul retenu pour la France et figure parmi les 10 sélectionnés pour toute l’Europe.

L’Institut Pasteur a signé un accord avec le Wellcome Trust le 14 novembre 2008, scellant un partenariat pour promouvoir la recherche en immunologie et sur les maladies infectieuses, les maladies tropicales et les maladies négligées chez l’homme et l’animal. Les deux institutions se sont accordées sur les axes de collaborations spécifiques et se rencontreront annuellement pour un bilan des avancements.

Fidèles à leur éthique d’aide et de partage, les Clubs Rotary du district 1660 (Paris et Ile de France Ouest) et le Rotary International sont partenaires de l'Institut Pasteur depuis 2008 pour soutenir la lutte contre le paludisme.

Les contributions des Clubs ont permis d’accomplir plusieurs actions pour renforcer les structures locales dans le Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP) grâce à l’achat de matériel de laboratoire, le développement d’outil de diagnostic et la formation de personnels locaux.