Les projets de recherche (coronavirus)

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CANDIDATS VACCINS 

1. Développement d'un modèle animal et développement accéléré d’un candidat vaccin à ADN.

(Projet SCARD SARS-CoV-2)

Objectifs :

  1. Développer un modèle de souris pour l’infection par SARS-CoV-2.
    Il permettra non seulement d’évaluer l’efficacité du vaccin, mais facilitera aussi des études in vivo sur le SARS-CoV-2.
  2. Évaluer l’immunogénicité (capacité à induire une réaction immunitaire spécifique) et l’efficacité (capacité de protection) de candidats vaccins à base d’ADN.

La vaccination par ADN est une technique de protection contre les maladies par injection d’ADN codant pour un antigène d’intérêt. L’ADN injecté entraîne une réponse immunologique protectrice, par exemple par la production d’anticorps contre l’antigène. Les vaccins à ADN présentent des avantages potentiels par rapport aux vaccins classiques, y compris la capacité à induire une plus large gamme de types de réponses immunitaires. Deux antigènes candidats ont déjà été conçus, basés sur la protéine S (spicule) du virus, protéine responsable de la “couronne” observée à la surface des coronavirus à l'origine de leur nom. 

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE

2. Evolution du SARS-CoV-2 chez l'humain pendant l'infection et de la réponse immunitaire par anticorps. 

(Projet SARS-CoV-2_EVOLSERO)

Objectif : comprendre l’évolution de la population virale du SARS-CoV-2 chez l’hôte au cours de la maladie, en relation avec l’infectiosité du virus et l’établissement de la réponse immunitaire humorale (par anticorps). Cette connaissance est importante pour identifier les tendances de progression de la maladie et donner des clés pour mieux gérer la prise en charge des patients et leur sortie. En outre, des données détaillées sur l’évolution de la population du virus SARS-CoV-2 en relation avec la progression de la maladie, le traitement antiviral et les sites d’excrétion virale, sont nécessaires pour mieux évaluer leur lien avec la gravité de la maladie et l’échec potentiel des traitements antiviraux.        

Il s'agit notamment de comprendre la cinétique de l’excrétion du SARS-CoV-2 lors de la maladie COVID-19, en fonction de la gravité de la maladie, de l’âge et des comorbidités préexistantes (excrétion dans les voies respiratoires supérieures - du nez au larynx, et inférieures - de la trachée aux alvéoles, ou dans des sites extra-respiratoires), et aussi d’analyser la cinétique de la charge virale dans les sites respiratoires et extra-respiratoires, chez des cas confirmés selon la gravité de la maladie, les groupes d’âge et les comorbidités existantes. Il s'agit également de définir la corrélation entre l'évolution de cette charge virale et l'infectiosité et de connaître la cinétique de mise en place d'une réponse humorale neutralisante (production par l'organisme d'anticorps neutralisant le virus).          

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DÉVELOPPEMENT D'OUTILS POUR LA RECHERCHE

3. Développement de lignées cellulaires pour la recherche. 

(Projet FlipSARS) 

Objectif : générer une lignée de cellules particulières qui servira de base pour mieux caractériser le coronavirus SARS-CoV-2. Les lignées cellulaires générées seront utiles pour faciliter l’isolement d'échantillons cliniques de coronavirus, ainsi que pour effectuer d’importants criblages à haut débit.    

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE 

4.  Une technique pour identifier les facteurs de la cellule importants pour l'infection par le SARS-CoV-2. 

(Projet CoV-CRISPR)

Objectif : effectuer des tests « CRISPR / Cas9 » pour identifier les facteurs cellulaires impliqués dans l’infection par le SARS-CoV-2 et les protéines antivirales inhibant sa réplication. Ces approches mèneront à l’identification de facteurs cellulaires clés qui peuvent être des déterminants de la virulence et peuvent représenter des cibles thérapeutiques.

Ces recherches concernent particulièrement les cellules pulmonaires, principales cibles du virus. 

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RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE 

5. Constitution d’une collection d’échantillons biologiques humains en France. 

(Projet CORSER – Etude séro-épidémiologique du virus SARS-CoV-2) 

Objectif : détecter la présence d’anticorps spécifiques anti-SARS-CoV-2 chez différentes populations, soit ayant effectué un séjour en Chine dans les semaines ayant précédé le début de l’épidémie, soit ayant présenté une suspicion d’infection à SARS-CoV-2. Le but étant de comprendre : 

  • Quand et comment s’est effectué le passage de l’animal à l’homme ?
  • Quand la circulation virale chez l’homme a-t-elle commencé en France ?
  • Quelle est la période de contagiosité ?
  • Quel est le pourcentage de formes asymptomatiques ou peu symptomatiques ?

Pour ce faire, il s’agit ici de mener les premières études séro-épidémiologiques (détection des anticorps anti-coronavirus des patients) de l’infection à SARS-CoV-2 et de mettre au point en parallèle la mise au point d’un test sérologique. Les échantillons seront prélevés :

  • Chez des sujets ayant voyagé en Chine au cours de la période du 1eraoût 2019 au 31 janvier 2020 et n’ayant pas fait l’objet d’un diagnostic d’infection par SARS-CoV-2 (CORSER-1).
  • Chez des suspects d’infection à SARS-CoV-2 avec un résultat négatif de la recherche du virus par RT-PCR sur prélèvement respiratoire, ou contacts ou co-exposés de cas confirmés d’infection à SARS-CoV-2, ou des personnes ayant travaillé ou séjourné dans un hôpital où ont été pris en charge des cas confirmés d’infection à SARS-CoV-2 (CORSER-2).       

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DÉVELOPPEMENT D'OUTILS POUR LA RECHERCHE

6. Caractérisation des anticorps chez les patients en convalescence et développement d’un test sérologique appliqué à une enquête épidémiologique chez des individus exposés au SARS-CoV-2. 

(Projet SARS-CoV-2-LIPS)

Objectif : développer un test pour mener une première enquête sur la prévalence des anticorps parmi les personnes qui ont été exposées au coronavirus SARS-CoV-2. Il s'agit d'obtenir un test sérologique spécifique qui se prête aux tests à haut débit de l’infection au COVID-19.

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE 

7. Fusion du SARS-CoV-2, réplication et réponses de l'hôte. 

(Projet CoronaFusion)

Objectif : analyser dans les cultures de cellules et chez des souris modèles le rôle de l’interféron et des « IFITM » (protéines transmembranaires induites par l’interféron) sur la réplication et la pathologie du virus SARS-CoV-2.

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RECHERCHE THÉRAPEUTIQUE

8. Des génomes viraux défectueux (DVG), inhibiteurs antiviraux potentiels du SARS-CoV-2.  

(Projet SARS-DVGs)

Objectif : utiliser un pipeline pour identifier les meilleurs candidats DVG (molécules connues pour inhiber les populations virales). Ce pipeline a montré son efficacité pour de nombreuses familles de virus, comme les coronavirus MERS et MHV. Les chercheurs proposent de faire de même pour SARS-CoV-2, et de tester les 5 meilleurs candidats DVG sur culture cellulaire. Ceci pourrait aboutir à une industrialisation des DVG comme traitement antiviral contre le SARS-CoV-2.

Les DVG sont des génomes viraux défectueux capables de détourner le mécanisme de réplication du virus « sauvage » et pouvant inhiber la population virale, partiellement voire totalement. Des milliers de DVG différents sont produits lors de l’infection par l’un de ces virus, et les chercheurs ont conçu un moyen de sélectionner les plus aptes à avoir un potentiel antiviral.

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE 

9. Caractérisation des interactions intra-virales du SARS-CoV-2 et des interactions virus-hôte axées sur la signalisation de l'immunité innée.

(Projet PSII)

Objectif : Le cycle de réplication des coronavirus dépend de nombreuses interactions protéine-protéine, d’une part entre les protéines virales pour générer des complexes protéiques fonctionnels, et d’autre part avec des protéines de l’hôte pour inhiber la réponse immunitaire innée. L’identification de ces interactions, qui sont essentielles à l’infection virale, peut révéler des mécanismes moléculaires impliqués dans la pathogenèse, et identifier les points faibles du virus qui pourraient être ciblés d’un point de vue thérapeutique.

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE  

10. Vers une détection contrôlée du SARS-CoV-2 par le système immunitaire inné. 

(Projet CoV-2Sensing)

Objectif : Des connaissances scientifiques et des antiviraux sont nécessaires pour contrôler l'émergence du virus SARS-CoV-2. Les récepteurs de type « RIG-I » à l’intérieur (cytoplasme) des cellules jouent un rôle majeur dans la détection de l’infection par les virus à ARN, et pour initier et moduler l’immunité antivirale. Il s'agit d'étudier les ligands ARN du virus SARS-CoV-2 qui sont détectés par ces récepteurs. La détection SARS-CoV-2 fournira des connaissances pour expliquer la réponse immunitaire innée au SARS-CoV-2, y compris les effets néfastes de la réponse immunitaire, afin de trouver des stratégies de conception d’antiviraux à large spectre et d’adjuvants vaccinaux.

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DÉVELOPPEMENT D'OUTILS POUR LA RECHERCHE 

11. Technique de séquençage génomique du SARS-CoV-2 pour analyser les échantillons cliniques de basse qualité.

(Projet SABSOS)

Objectif : La génomique virale est un outil-clé lors de la réponse aux émergences comme celle du SARS-CoV-2. Toutefois, le séquençage peut être difficile en raison de la qualité des échantillons ou du faible ratio entre ARN viral et ARN de l’hôte. Ce projet technique mettra en œuvre et optimisera une approche capable de traiter des échantillons cliniques même s’ils sont de faible qualité et à faible charge virale.

Ce dispositif a fonctionné pour d’autres virus à ARN (Chikungunya à partir d’échantillons très faiblement chargés; virus de la dengue à partir de moustiques individuels; échantillons de virus Zika très dégradés).

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE  

12. Origines, réservoirs naturels et transmission inter-espèces du SARS-CoV-2 et d’autres coronavirus dit « SARS-like ». 

(Projet  ONRITS)

Objectif : accroître la compréhension de l’origine, de l’histoire naturelle et de la dissémination du SARS-CoV-2 et des coronavirus apparentés (« SARS-like ») dans leur environnement naturel. Il s'agit en particulier de mieux comprendre la transmission inter-espèces (entre chauves-souris, entre chauve-souris et animal, entre chauve-souris et humain), primordiale pour atténuer de futures émergences, comme l’épidémie dévastatrice à laquelle nous assistons aujourd’hui avec le SARS-CoV-2 dans le monde.

Il est crucial de déterminer quelle(s) espèce(s) de chauves-souris sert/servent de réservoirs naturels pour le SARS-CoV-2. Ce projet reposera sur la collecte d’échantillons biologiques (écouvillons oraux et fécaux, échantillons de sang, urine) provenant de chauves-souris, et de rechercher la présence de SARS-CoV-2 et d'autres SARS-CoV, afin de déterminer leur hôte naturel. Ces virus seront également recherchés chez des mouches ectoparasites de chauves-souris et des insectes volants hématophages (phlébotomes, moustiques et petits diptères piqueurs), qui pourraient jouer un rôle dans la transmission des SARS-CoVs d'une chauve-souris à l'autre. L’observation des interactions avec d'autres animaux permettra d'identifier d'autres hôtes potentiels (serpents, civettes ou pangolins).

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DÉVELOPPEMENT D'OUTILS POUR LA RECHERCHE 

13. Développement d’outils sérologiques COVID-19 simples et enquête sérologique ciblée sur des individus à risque. 

(Projet COVID-19-Serosurvey)

Objectif : développer des outils sérologiques simples pour la mise en place de trois types de test : un test ELISA (méthode immuno-enzymatique), un test IFA (basé sur l’immunofluorescence) et des immuno-dosages multiplexes dits « MIA » (capables de détecter plusieurs cibles). Ce travail permettra l’investigation sérologique des individus à risque, tels que les travailleurs des marchés aux animaux, les fermiers exposés au guano de chauves-souris (utilisé comme engrais naturel) et les habitants des villages ruraux du Cambodge, des échantillons biologiques étant disponibles à l'Institut Pasteur du Cambodge en raison d'études passées et en cours réalisés par l'unité de virologie. 

Jusqu’à présent, le diagnostic du SARS-CoV-2 est basé sur des méthodes de biologie moléculaire (RT-PCR). Pour mieux comprendre l’épidémiologie de ce nouveau virus, des études sérologiques, en particulier auprès de personnes à risque, seront très précieuses. 

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CANDIDATS VACCINS 

14. Glycoprotéine Spike, vecteurs lentiviraux et vaccin à cellules B/T. 

(Projet VAC-NAB-COV, par le laboratoire commun Pasteur/TheraVectys)

Objectifs : développer le plus rapidement possible :

  • Un test in vitro pour détecter et quantifier les anticorps neutralisants anti-SARS-CoV-2, tout en contournant la manipulation dangereuse du virus, test qui servira notamment à démontrer la faisabilité des candidats vaccins (preuve de concept).
    La disponibilité d’un tel test est cruciale pour rechercher les anticorps dans les échantillons de patients atteints de Covid-19. Ces outils seront produits en grande quantité et mis à la disposition de toutes les équipes pasteuriennes.
  • Un candidat-vaccin prophylactique contre le SARS-CoV-2, basé sur des vecteurs vaccinaux lentiviraux.
    Ces vecteurs vaccinaux lentiviraux codent pour des formes appropriées d’immunogènes contre les protéines de surface du virus SARS-CoV-2 (Spike ou NucleoCapsid), à étudier dans un modèle animal.

    L'intérêt des vecteurs lentiviraux vaccinaux réside dans leur grand potentiel d’induction de réponses immunitaires adaptatives durables. Les chercheurs ont déjà établi la remarquable efficacité protectrice de ces vecteurs chez la souris dans plusieurs situations (contre des infections à papillomavirus ou à certains flavivirus par exemple) et un vecteur à base de lentivirus LV a également été étudié avec succès dans un essai de phase 1 pour un vaccin contre le VIH, qui a établi son innocuité chez l’homme.

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DEVELOPPEMENTS DE TESTS DIAGNOSTICS

15. Production d’antigènes recombinants de deux protéines du coronavirus SARS-CoV-2 et génération de nano-anticorps contre ces protéines pour des applications diagnostiques et thérapeutiques.

(Projet CORONABODIES) 

Objectif : développer des tests diagnostiques rapides et fiables de l’infection pouvant être effectués en quelques minutes à tout moment et en tout lieu, en dehors des laboratoires de recherche, ainsi que de tests sérologiques pour pouvoir surveiller quasiment en temps réel la propagation de l’épidémie et aider à la mise en œuvre des mesures d’atténuation.

Il s'agit dans cet objectif de générer le plus rapidement possible des outils uniques : des antigènes recombinants de nucléoprotéines (N) et spike (S) du SRAS-Cov-2 ; des nano-anticorps dirigés contre ces deux protéines. 

Grâce à ces outils seront très vite élaborés :

Des tests sérologiques qui permettront une enquête sérologique de la population exposée et contribueront au tri des cas suspects, et la surveillance en temps réel de la propagation de l'épidémie.
Les tests de détection d’antigènes qui contribueront à un tri rapide et efficace des cas suspects.

Par ailleurs, la neutralisation du virus par des nano-anticorps « anti-S » fournira des options directes pour le développement thérapeutique clinique. 

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE   

16. Suivi de l’origine et de la transmission / propagation du SARS-CoV-2 au Laos et au Vietnam : recherche de virus de type SARS et détection d’anticorps chez les vertébrés. 

(Projet SPILLOVER-CORONA )

Projet collaboratif entre l'Institut Pasteur à Paris, l’Institut Pasteur du Laos et l’Institut national d’hygiène et d’épidémiologie (National Institute of Hygiene and Epidemiology) du Vietnam.

Objectif : 

  • Rechercher d’autres coronavirus de type SARS chez divers vertébrés et arthropodes,
    Il s'agira d’une analyse métagénomique, basée sur des technologies de séquençage nouvelle génération (NGS) sur des échantillons sélectionnés.
  •  détecter chez les animaux et les humains exposés au virus, les infections à coronavirus passées,
    Cette recherche utilisera des tests de recherche d’anticorps spécifiquement développés au sein de la Task Force Coronavirus de l'Institut Pasteur pour le SARS-CoV-2 en les adaptant aux nouveaux coronavirus identifiés. 

Ce projet complète (et il est conduit en étroite collaboration avec) un projet de l'Institut Pasteur du Laos : « Origines, réservoirs naturels et transmission interspécifique du SARS-CoV-2 et d'autres CoV de type SARS (ONRITS) » (cf. projet 12), visant à mieux comprendre l’origine, l'histoire naturelle et la dissémination des CoV-SARS-CoV-2 et SARS-like-CoV dans leur environnement naturel, ainsi que les mécanismes de transmissions potentielles chauve-souris/chauve-souris ; chauve-souris/animal ; chauve-souris/humain. 

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RECHERCHE THÉRAPEUTIQUE

 17. Isoler et caractériser les anticorps humains neutralisant le SARS-CoV-2. 

(Projet 2019-NCOV THERAMAB)

Objectif : comprendre les mécanismes des réponses anticorps dirigées contre le SARS-CoV-2 et étudier comment celles-ci peuvent participer à l’élimination du virus chez les individus infectés. Il s'agit de comprendre les réponses anticorps des lymphocytes B mémoires anti- SARS-CoV-2 à un niveau moléculaire et fonctionnel (les lymphocytes B sont les cellules immunitaires qui fabriquent les anticorps). Les cellules B mémoires se développant après une première infection possèdent une longue durée de vie et sont en effet capables d’intervenir très rapidement et efficacement en cas de réinfection. Cette recherche vise à utiliser les découvertes qui seront faites pour développer un traitement reposant sur l’utilisation d’anticorps humains neutralisants (immunothérapie).

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18. Caractérisation de l’interaction entre la protéine Nsp3 du SARS-CoV-2 et des structures non-canoniques d’acide nucléique (G4) présents dans les cellules infectées

(Projet G4-COVID19)

Objectif : caractériser l’interaction moléculaire du virus SARS-CoV-2, tout particulièrement deux domaines de sa protéine Nsp3, avec des structures non-canoniques d'acide nucléique présents dans des cellules humaines. Ces structures appelées G4-ARN et leur interaction avec Nsp3 constituent de nouvelles cibles thérapeutiques. Les essais mis au point par ce projet, permettront de rechercher des molécules inhibant cette interaction hôte-virus, et capables potentiellement de bloquer la réplication du virus chez les personnes infectées. 

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19. Une combinaison d’approches protéomiques de pointe pour mieux comprendre les mécanismes de l'infection par le SARS-CoV-2

(projet PROTEO-SARS-CoV-2)

Objectif : caractériser les mécanismes cellulaires de l’infection par SARS-CoV-2. Grâce à plusieurs techniques de pointe d’analyse des protéines par spectrométrie de masse, l’équipe cherche à comprendre l’interaction du virus avec les cellules humaines. Ils s’intéressent tout particulièrement aux mécanismes cellulaires qui confèrent au virus la capacité de modifier les protéines de la cellule infectée dans le but de se reproduire. Cette étude, effectuée en parallèle de la comparaison avec les autres virus de la famille coronavirus, pourrait permettre l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques. 

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RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

20. Agents de santé et bénévoles de la Croix-Rouge et continuité des soins avec Covid-19 : une approche opérationnelle à méthodes mixtes.

(projet RCCOVID)

Objectif : étudier les défis sociaux et culturels rencontrés par les agents de santé et bénévoles de la Croix-Rouge française (qui travaillent en lien avec les établissements de santé -hôpitaux, EHPADs…-, mais également qui sont sur le terrain pour aider les migrants, les sans-abris, les personnes âgées et en santé fragile, etc.) et surveiller la communication de médias généralistes et sociaux pour adapter la riposte à la pandémie à chaque territoire. En combinant une approche ethnographique et Big Data, ce projet vise à soutenir la mobilisation et la motivation des médecins, infirmiers, aides-soignants et bénévoles. Ce travail permettra de fournir le contenu matériel, les mesures, ainsi que les outils de communication adéquats à leurs interventions.

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DÉVELOPPEMENT D’OUTILS POUR LA RECHERCHE

21. Génération de modèles animaux sensibles au SARS-CoV-2 pour tester des vaccins ou des médicaments

(Projet hACE2-COV, par le laboratoire commun Pasteur/TheraVectys)

Objectif : Disposer de modèles animaux pour tester l’efficacité des vaccins candidats et des médicaments est de la plus haute importance. L’objectif de ce projet de recherche est de proposer des modèles dont les cellules expriment les protéines ACE2 humaines (huACE2) afin qu’ils soient sensibles au SARS-CoV-2. La protéine ACE2 est en effet la porte d'entrée du virus dans les cellules. Les chercheurs proposent d’utiliser des adénovirus et des lentivirus comme vecteur pour introduire le gène huACE2.

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CANDIDATS VACCINS ET PROPHYLAXIE

22. Essai randomisé de chimioprophylaxie du Covid-19 chez les professionnels de santé

(essai COVIDAXIS)

Objectif : déterminer si un traitement d’une durée de deux mois avec l’hydroxychloroquine (HCQ) ou le Lopinavir/ritonavir (LPV/r) permet de réduire l'incidence des infections symptomatiques ou asymptomatiques par le SARS-CoV-2, par rapport à leur placebo, chez les professionnels de santé exposés au virus.


En l'absence de traitement antiviral spécifique, une attention particulière doit être portée à la prévention. Les équipements de protection individuelle peuvent être insuffisamment protecteurs, y compris chez les professionnels de santé.

Si cet essai confirme l'efficacité de l'un ou l'autre médicament, une stratégie de chimioprophylaxie pourrait être étendue à d'autres populations fortement exposées au SARS-CoV-2 ou à risque de formes sévères de Covid-19 en attendant que d’autres outils préventifs, en particulier des vaccins, deviennent disponibles.

Site de l'essai clinique COVIDAXIS

En savoir plus sur COVIDAXIS

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DÉVELOPPEMENT D’OUTILS POUR LA RECHERCHE

23. Développement d’un test pour identifier des inhibiteurs des protéases du SARS-CoV-2

(projet Cov2-PIs)

ObjectifLes protéases du SARS-CoV-2 sont essentielles au cycle de vie du virus, et sont hautement conservées dans la famille des bétacoronavirus. C’est ainsi que les chercheurs du projet Cov2-Pls vont développer un système de criblage à haut débit pour identifier les inhibiteurs susceptibles de bloquer efficacement l’action des protéases du SARS-CoV-2, et donc de stopper la prolifération du virus. Les molécules identifiées pourraient aider à développer, in fine, des médicaments efficaces pour contrôler la propagation du SARS-CoV-2 et limiter son impact sur la santé publique et l’économie mondiales.

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RECHERCHE THÉRAPEUTIQUE

24. Trouver des médicaments antiviraux puissants contre le SARS-CoV-2 en ciblant des protéines bien spécifiques essentielles au cycle viral.

(projet DrugDesign_SARS2)

Objectif : Le projet DrugDesign_SARS2 a pour objectif de trouver des médicaments antiviraux efficaces contre le SARS-CoV-2 qui ciblent les protéines indispensables au cycle du virus. Le projet regroupe l’expertise de plusieurs laboratoires et plateformes du Réseau International des Instituts Pasteur (Paris, Lille, Rome). L’objectif de l’étude est d’examiner un grand nombre de composés le plus rapidement possible grâce aux techniques de criblage à haut débit. Dans un second temps, l’objectif sera d’améliorer, par des procédés chimiques et à l’aide des données obtenues par les différents laboratoires, les composés sélectionnés.

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RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

25. INTERNATIONAL | São Paolo | Etude descriptive : analyse épidémiologique, clinique et immunologique des cas de SARS-CoV-2 à São Paulo Metropolis, au Brésil

(Study MRSP)

Objectif : identifier et analyser le profil des personnes infectées par le virus SARS-CoV-2 à São Paulo, Brésil. Ce projet aura lieu dans la région métropolitaine de São Paulo, une des zones les plus peuplées au monde et, par extension, un taux de contact important. En étudiant l’aspect épidémiologique, clinique et sérologique des personnes infectées, ce travail permettra de compléter les données actuelles limitées sur le comportement du virus et la propagation de l’épidémie. L’étude du profil de chaque patient, enfants et adultes, est précieuse pour mieux comprendre l’infection par ce nouveau virus et la maladie Covid-19.

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DÉVELOPPEMENT D’OUTILS DIAGNOSTIQUES

26. INTERNATIONAL | São Paolo | Développement d’un laboratoire sur puce à faible coût pour diagnostiquer le SARS-CoV-2

(Projet LAMP)

Objectif : La demande d’outils diagnostic pour le SARS-CoV-2 est extrêmement forte. Les tests actuels basés sur la RT-PCR sont ultra-sensibles, mais également coûteux et donc inaccessibles aux pays les plus pauvres. Les chercheurs du projet LAMP ont donc décidé de développer un laboratoire sur puce, bon marché, facilement utilisable sur le terrain pour diagnostiquer le SARS-CoV-2. L’amplification de l’ARN, nécessaire pour détecter le virus, est réalisée grâce à un test basé sur une technologie dite LAMP, qui peut surmonter certaines des limitations des tests RT-PCR et peut s’effectuer dans un simple bain-marie. Par ailleurs, les réactions génèrent des couleurs visibles sur les flacons testés. Ces tests simples et bons marchés peuvent donc être facilement utilisés pour détecter le SARS-CoV-2 dans des échantillons prélevés sur le terrain. 

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DÉVELOPPEMENT D’OUTILS POUR LA RECHERCHE

27. INTERNATIONAL | Paris, Dakar, Cameroun, Côte d’Ivoire | Surveillance sérologique du SARS-CoV-2 et des coronavirus saisonniers

(projet CoronaSeroSurv)

Objectif : La sérologie, qui permet la détection des infections passées et actuelles, est un outil important pour diagnostiquer le SARS-CoV-2 en complément de la PCR en temps réel. Un test sérologique multiplex (Luminex) sera optimisé à Paris et transféré à Dakar, Abidjan et Yaoundé, où des échantillons de sang seront testés pour les anticorps du SARS-CoV-2 et des coronavirus saisonniers. Des modèles mathématiques classeront les individus infectés et évalueront les niveaux d’immunité de la population.

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DÉVELOPPEMENT D’OUTILS POUR LA RECHERCHE

28. L’utilisation de méthodes d’intelligence artificielle pour discriminer le Covid-19 des autres pneumopathies, à partir d’images radiographiques et tomodensitométriques thoraciques

(projet AIMDP COVID-19)

Objectif : Le diagnostic précoce de la maladie causée par le coronavirus du SARS-CoV-2 (Covid-19) est actuellement complexe. Nous proposons donc des méthodes de détection automatisées basées sur des algorithmes d’intelligence artificielle (apprentissage automatique et reconnaissance de forme), appliqués à des images de tomodensitométrie ou de radiographie, pour discriminer la maladie Covid-19 des autres pneumonies acquises en communauté. Les méthodes seront utilisées en complément de la réaction de polymérisation en chaîne par transcriptase inverse.

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 RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

29. INTERNATIONAL | Guyane, Nouvelle-Calédonie, Guadeloupe | Étude d’investigation sur la transmission du SARS au sein de ménages des territoires d’Outre-Mer

(projet EPICOVID-19)

Objectif : EPI-COVID-19, un projet de recherche en épidémiologie pour étudier la transmission intra-ménage autour des cas de COVID-19 confirmés en Guyane.

L’étude EPI-COVID, portant sur 250 ménages (150 en Guyane, 50 en Guadeloupe, 50 en Nouvelle-Calédonie, doit permettre d’investiguer le taux d’infection secondaire, la vitesse de propagation du virus, la proportion de cas asymptomatiques, la période d’incubation, la période de contagiosité et la réponse immunitaire associée au SARS-CoV-2. Ces résultats seront comparés à ceux de territoires moins chauds et moins humides que la Guyane.

EPI-COVID se concentre sur 250 cas confirmés et leurs contacts familiaux, soit au total 600 sujets. L’étude prévoit un suivi clinique, virologique et sérologique des participants, à partir de prélèvements sanguins et nasopharyngés réalisés au domicile des familles. Depuis le 23 mars, environ 80 personnes ont été incluses dans l’étude en Guyane.

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 RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

30. Évaluation du risque Covid-19 parmi les contacts familiaux des premiers cas en Afrique

(projet COVID-19 risk evaluation project)

Objectif : Une fois que les premiers cas de Covid-19 seront identifiés, la propagation du SARS-CoV-2 sera liée au risque de transmission. Cette étude a pour objectif d’obtenir une compréhension précoce des caractéristiques épidémiologiques clés dans les contacts familiaux dans différents pays africains membres du Réseau International des Instituts Pasteur pour informer les décideurs sur la propagation potentielle et l’impact de l’infection par le SARS-CoV-2 dans les relations proches. L’étude sera réalisée dans un foyer d’au moins cinq personnes et pendant trois semaines à partir des premiers cas familiaux détectés.

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 RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

31. INTERNATIONAL / Dakar / Évaluation du tableau clinique et de l’évolution de l’infection par le coronavirus SARS-CoV-2 au Sénégal

(projet SEN-CoV)

Objectif : Cette étude a pour ambition d’identifier les principales caractéristiques cliniques, biologiques, virologiques et immunologiques des cas de Covid-19 identifiés au Sénégal. Ces résultats permettront d’éclairer l’élaboration et la mise à jour des orientations de santé publique pour la gestion des cas et la réduction de l’impact potentiel de l’infection. Une étude de cohorte prospective et rétrospective sera menée auprès des personnes infectées.

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RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

32. INTERNATIONAL / Niger, Dakar, Cameroun, Madagascar / Suivi/Évaluation des facteurs de risque d’infection par le coronavirus SARS-CoV-2 chez les professionnels de santé dans les établissements de soins pour la prise en charge des 1° cas de COVID-19

(projet Healthcare workers Africa)

Objectif : Les professionnels du monde entier jouent un rôle essentiel dans la gestion clinique des patients touchés par Covid-19. En Afrique cependant, ces soignants sont aussi particulièrement susceptibles d’être inOfectés au vu des mesures insuffisantes de protection au sein des services hospitaliers. Cette étude vise à identifier les caractéristiques épidémiologiques clés de transmission du virus au personnel de santé dans les différents pays d’Afrique. L’objectif final est de pouvoir informer les autorités de santé et décisionnaires politiques sur l’impact potentiel de l’infection par SARS-CoV-2 au sein de cette population indispensable pour la continuité des services de soin. Cette étude sera effectuée au sein des services hospitaliers responsables des premiers cas Covid-19.

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DÉVELOPPEMENT D’OUTILS DIAGNOSTIQUES

33. INTERNATIONAL / Canada / Développement d’un test rapide de détection du virus SARS-CoV2 pouvant être utilisé hors des laboratoires

(projet POC)

Objectif : Au vu de la flambée épidémique du virus SARS-CoV-2 et sa propagation à l’échelle mondiale, il est urgent d’obtenir la possibilité de diagnostiquer et détecter le virus dans des environnements variés (hors des laboratoires cliniques) comme au sein des avions, des écoles ou encore parmi les animaux porteurs du virus. Dans le passé, l’équipe avait déjà conçu une méthode colorimétrique de détection de séquences pathogènes par réplication circulaire de l’ADN, méthode qui pourrait potentiellement être mise à profit pour détecter le virus directement sur les lieux de soins.

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RECHERCHE THÉRAPEUTIQUE

34. INTERNATIONAL | Shanghai, Paris | Identification et isolement d'anticorps neutralisants humains puissants contre le SARS-CoV2

(projet NABCOV)

Objectif : Les anticorps neutralisants (nAbs) ont un grand potentiel pour prévenir et traiter les infections dues au SARS-CoV2. Nous proposons de cloner et d’exprimer des anticorps monoclonaux (mAbs) dirigés contre la protéine S du SARS-Cov2 à partir de cellules IgG + B(1) de patients convalescents. Leur pouvoir neutralisant sera testé en utilisant des particules pseudo-virales et des tests d’infection virale. Enfin, pour les anticorps neutralisants (nAbs) sélectionnés, les épitopes B seront caractérisés par cryo-microscopie électronique (cryo-ME).

(1) Immunoglobulines G + Lymphocytes B

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RECHERCHE THÉRAPEUTIQUE

35. INTERNATIONAL | Paris | Accélérer l'identification et la conception des antiviraux contre le SARS-CoV2 en collaboration avec le projet "DrugDesign_SARS2"

(projet inSilico_Drugs_to_Beat_SARS2).

Objectif : accélérer l'identification et la conception d’antiviraux contre le SARS-CoV-2 en collaboration avec le projet "DrugDesign_SARS2". Les banques de composés approuvés par la FDA (Food and Drug Admistration) ainsi que les banques disponibles en interne à l’Institut Pasteur à Paris, et par la suite des banques disponibles sur le marché seront testées in silico en ciblant les fonctions et interactions de l’ARN polymérase, de la protéine S (cible virale) et de la protéine ACE2 (cible hôte). La priorisation accélérera les tests et la découverte d'inhibiteurs. La modulation et l’optimisation in silico des composés validés sera poursuivie.

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RECHERCHE THÉRAPEUTIQUE

36. INTERNATIONAL | INRS Canada | Découverte urgente de candidats-médicaments ciblant le coronavirus SARS-CoV-2

(projet DrugCandidates-SARS-Cov2)

Objectif : fournir rapidement des médicaments candidats pour soigner les victimes du Covid-19. Nous le ferons en appliquant nos technologies de pointe et nos banques de composés pour rechercher des composés actifs viables qui tuent les coronavirus. Le criblage phénotypique (FPDD) permettra de tester l’inhibition du coronavirus en utilisant pour modèles le virus de la souris (MHV-59) et le virus humain (OC43) afin de réaliser un criblage rapide des composés en culture cellulaire. Des antiviraux à action directe seront également recherchés par criblage ciblé (FBDD) comme inhibiteurs des protéines virales essentielles du SARS-CoV-2.

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RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

37. INTERNATIONAL | Montevideo | Conception d’un polypeptide dérivé de l’ACE2 pour une détection label-free en temps réel sur un smartphone et pour l’assistance thérapeutique

(isCoVDe - projet in silico Coronaviruses Decoy)

Objectif : La pandémie actuelle de Covid-19 demande des traitements thérapeutiques et des diagnostics rapides et peu coûteux pour remplacer les tests actuels basés sur la PCR. Nous proposons de caractériser un polypeptide nouvellement conçu basé sur l’ACE2 qui pourrait être la base d’outils de détection adaptés aux smartphones et qui seraient d’une grande aide dans l’intervention thérapeutique. Se concentrer sur l’ACE2 permettrait de surmonter les problèmes liés aux mutations virales et étendrait cette application au SARS-CoV-2 et à d’autres coronavirus.

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RECHERCHE ÉPIDÉMIOLOGIQUE OU SOCIO-ÉPIDÉMIOLOGIQUE

38. INTERNATIONAL | Cameroun, Paris | Evaluation de la propagation du virus SARS-CoV-2 au sein de différents groupes de population au Cameroun

(Projet infection spread in Cameroon)

Objectif : La létalité élevée du Covid-19 comparée à celle de la grippe préoccupe les autorités de santé dans le monde. Cette situation pourrait être la conséquence de l’absence de prise en compte des formes cliniques asymptomatiques ou légères non diagnostiquées, dont le rôle dans la transmission du virus n’est pas complètement clarifié. Il est donc primordial d'évaluer rapidement l'étendue réelle de l’épidémie. Pour ce faire, nous avons planifié ce travail dans différents groupes de population au Cameroun (contacts étroits des cas confirmés Covid-19, professionnels de santé, voyageurs venant des pays avec transmission locale documentée, commerçants de viande de brousse et donneurs de sang).

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CANDIDATS VACCINS ET PROPHYLAXIE

39. INTERNATIONAL | Bulgarie | Développement d’un nouveau nano-vaccin à multiples épitopes contre le coronavirus SARS-CoV2 et création d’un modèle de souris humanisé pour tester ce vaccin

(Projet VacciNanoCor)

Objectif : Cette étude cherche à générer une réponse immunitaire protective anti-SARS-CoV2 dans un modèle de souris humanisées. Cette immunisation sera effectuée grâce à l’administration de nanoparticules portant les épitopes immunogéniques dominants du virus SARS-CoV2, reconnus par les cellules B et T. La liaison de ces cellules immunitaires avec les peptides viraux sera prédite grâce au serveur EpiDOCK.

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CANDIDATS VACCINS ET PROPHYLAXIE

40. INTERNATIONAL | Madagascar | Etude sur les premiers cas d’infections par le coronavirus (COVID-19) et leurs contacts à Antananarivo, Madagascar.

(projet Covid-19 & contacts Madagascar)

Objectif : Cette étude a pour objectifs de comprendre les caractéristiques épidémiologiques, cliniques, virologiques et immunitaires des premiers cas, leur évolution et la transmission chez les contacts intra-domiciliaires. Il s’agit d’une étude de cohorte des cas confirmés d’infection par le SARS-CoV-2 et leurs contacts intra-domiciliaires. Elle sera menée avec les cliniciens de trois centres hospitaliers d’Antananarivo.

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CONNAISSANCE DU VIRUS ET DE SA PATHOGÉNÈSE   

41. INTERNATIONAL | Paris, KKU | Caractérisation de l’immunité systémique et des muqueuses pendant l’infection par le SARS-CoV-2 et le rétablissement

(projet COVar_Immune)

Objectif : Nos connaissances sur la cinétique, l'intensité et la diversité des réponses immunitaires cellulaires et humorales après une infection par le SARS-CoV2 chez l'homme sont limitées. En utilisant une nouvelle technique basée sur l'approche de la cohorte Milieu Intérieur, nous caractériserons l'immunité systémique et locale des muqueuses pendant et après l'infection par le SARS-CoV-2. Nous visons à identifier les signatures immunitaires qui peuvent faire ressortir des résultats cliniques (rétablissement versus pathologies induites par le virus).

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AURÉLIE PERTHUISON

Responsable des relations presse

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MYRIAM REBEYROTTE

Attachée de presse

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