ydiJ - o370 sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.

TCA TTT AAT AAT CTC CAG TAA AGC CTG CAC AGG ATG GCG TAC CCC CGT GCC

TTC AAC CCG TTT TAC CTG GCT ACG GCA GGA ATA TCC GGT CGC CAG ACA GCG

GTT ACG CGG CAG TCG CTG CAT AGC CTG ATG CCA GGA TAA CTC ATA GAT CCC

GAG CGA ATT TTC ATG GTT TTT CGC TTC ATG TCC GTA AGT CCC TGC CAT GCC

GCA GCA ACC CAC GCT GAC ATT TTC CAG TTT CGC GCC AAA ACG GGC AAA TAT

CGC GGC CCA TTG TGC TGG CGC ACC CGG CAA GGC GGT AAC TTC GGT ACA GTG

ACC AAA GAA ATA CCA TGA TTC ACC GCT GAC TGT AGC CAC TGG CTG TGA CTC

AAG TGC GCT TGC CAG CCA TTC ATT CGC CAG TAA GAC GTT AAA CTC GCC ACG

CTC CTC GCC CAG CGC CAG TTT ATA TTC ATC GCG ATA ACA AAG TAC CAG CGC

CGG ATC GAC GCC CAC CAT TGG CAT ACC CAG CTT CGC CAT ACG GTT GAG GAA

ATC CGC CGT CTT TTT CGC CGT CTT CGC AAA ACG ATT AAG AAA ACC TTT AAT

ATG CTG GGC TTT GCC ATT TGG CGA AAA TGG CAG TAA CAC AGG CTG GAA ACC

TAA TTT TTC GAC CAG ACG GAC AAA ATC CGC CAC CAC TTG CGC ATC GTA ATA

GCT GGT AAA GGG GTC CTG CAC CAC CAA CAC TGT GCG CGC TTT CTG CTC TGC

ATT GAG AGA TTC AAG CTG TTC CAG CGT CAT GTT TGC CGA GCG ATG CCC CAC

CAT TTG TTG TTG TAG CGA GGG GAC CGA CAG CAG CGG CAA ATC AAC CAT GCC

GAT ATG TTT TTC CGA GAG TTT GCG CAC CAG CGG CTG GTT AAT GAA GAA GTT

AAA GGT TTT CGG CGC GCG TGC CAT CAG CGG CGC GTA GCT CTC GAC CGT AGC

GAC GAG GTG GTC GCG CAG CGG GCG TAA ATA ACG GGT GTG ATA GAG CTG CAG

AAA ACG AGA GCG AAA CTC CGG CAC ATC AAT TTT GAT GGG GCA CTG GGT CGA

ACA CGC TTT ACA GGC CAG ACA GCC CGA CAT CGC CTC TTT GAC TTC GTG TGA

GAA GTC ATA TTC GCC TTT ATT CGC ATG CCA GCT ATT GCG CGT GCG GGC AAT

TAA CGT CCG CAA ACT GAC GCC GGA TTC AGG CAG TTC TTG TTC CAG TTT GAG

TGG ATC AAC GCC GCG ATC CGC CAA CAA ACG CAG CCA TTC ACG CAC CAG CGT

TGC GCG CCC TTT CGG TGA ATG AAT CCG GTT CTG GGT GAT CTT CAT CGA CGG

ACA CAT CGG ACT ACG GGC ATC AAA GTT GAA GCA TAA ACC GTT GCC GTT ACA

CTC CAT CGC ACC GCG CCA CTG CTG GCG TAC CGC AAT GGG GAT CTG CCG ATC

GAA TGT ACC GCG CTT CAC CGC GTC CAC TTT CAT CAT CGG CGC ATC GAG ACC

TTC TGG CGG GCA AAT CTT CCC TGG GTT GAG TCG GTT ATG CGG GTC AAA TGC

CGC TTT CAC TTT GCG CAG TTC TGC AAA AAG TTC CTC ACC GAA AAA CGC CGG

GCT GTA TTC AGC GCG AAA ACC TTT GCC GTG CTC GCC CCA CAA CAA ACC ACC

GTA TTT CGC AGT CAG CGC CAC CAC GTC ATC AGA GAT TTG CTT CAT CAA AAT

CTC TTG TTG AGG ATC GCA CAT ATC CAG CGC TGG ACG GAC GTG CAA GAC ACC

TGC GTC GAC GTG ACC GAA CAT ACC GTA GCT TAA GCC GTG GCT GTC GAG CAG

CGC GCG AAA TTC AGC AAT ATA ATC CGC CAG GTG TTC CGG CGG TAC GCA GGT

ATC CTC AGC AAA CGG AAT TGG CTT AGC GGC ACC TTT GGC ATT GCC AAG CAG

ACC AAC GGC TTT TTT GCG CAT TGC ATA GAT ACG TTC AAC CCC CGC CAG CTC

ACG GCA CAC CTG CCA GCC GAT GAC ACC TGC TTG ATG ACT GGC GAT CAG CTC

ATC CAA CCG CGC ACA GAG TGC ATT TAC CCG CTC ATC AAT CAG CGC CTC ATC

ATC ACC AGC AAA TTC CAC AAT GTT CAG CCC GAG CAT CTC TTG GTC AGG CAC

ATC GGT AAT CAA CTC GCT GAC GGA ATG CCA GAC AAT ATC TTC CCG CGC CAG

ATT CAG CAC TTT TGA GTC CAC CGT CTC TAC CGA AAG CGC CCG CGC CTC AAC

CAT AAA CGG CGC GTT ACG CAG CGC AGA GTC AAA AGA GTC ATA TTT GAC GTT

CAC CAG ACG GCG CAC TTT AGG CAA GCG TGT AAT ATC CAG CCG CGC TTC GGT

AAT AAA GGC CAG CGT CCC TTC TGA ACC CGT CAG AAT GCG CGT CAG GTC GAA

CTC GGT CAT CTC ATC GTT AAA GAC ATG ACG CAG ATC GTA ACC GGT AAG AAA

GCG GTT AAG TTT GGG GAA GTT GTC GAT AAT TAA CTG GCG TTG CTG ACG GCA

ACG TTG ATA AAC CGT GTT ATA AAT TCG CCC GAT TGT GGT ATT GGA TTT ACC

CAG CGT TTC CGC CAA TTC GAC GGG TAA AGG TTG CGT ATC GAG AAT ATC GCC

CCC CAA CAA CAC CGC GCG TAC GCC AAG TAC GTG ATC TGA CGT TTT GCC ATA

GAC CAG CGA TCC CTG ACC GGA TGC ATC GGT ATT GAT CAT CCC ACC GAG CGT

TGC CCG GTT GCT GGT CGA AAG TTC CGG CGC AAA AAA GTA GCC GAA CGG TTT

CAG GTA CTG ATT GAG TTG ATC TTT TAT CAC CCC GGC CTC AAC GCG CAC CCA

GCC CTC TTC AGG GTT AAT TTC GAT GAT GCG GTT CAT ATG GCG GGA CAT ATC

AAC AAT AAT CCC CTG GTT GAG CGC CTG ACC GTT AGT GCC GGT GCC GCC GCC

GCG GGG GGT AAA GAT CAG CGA TGA ATA GCG TTC CTG CGC GGC AAG ACG GGC

GAT CAG CGC CAC ATC TGC GGT TGA ACG CGG AAA TAC CAC CGC ATC GGG GAG

AAG TTG GTA AAT ACT GTT GTC GGT CGA CAT TGT CAG ACG ATC GGC ATA ACT

TGT CGC CGT ATC GCC GGT AAA ACC TTG TTG CTC CAG CTC TTG CAA AAA ATT

AAG CAC CAG TTG AAC GAC GCC GGG TGC CTG GGA AAT CTG TGG AAT CAT

TATATTGACCCTTTCCTGCGGTCTGTGATGTAGGTCGATACACTATTCTTTCAGGCTGCTG

CAATAGCGCACTGAAAGGTGATGTTTGTTTACTCTATGGATTTCGTGTTGCAGGAAGGCGG

CAAGCGAGTGAACTCCAGGAGCTTACAATAGTAAGTGACTGGGGTGAACGAACGTAGCCGC

AGCACATGCAACTTGAAATACGACGAGTAAATCGTTTGCGTGTTGCCTGAGTTGTTGTACC

ACATTTTTTTCTAACACGCCCATCAGAATTAAGGGCAGAATCGGCCTGTTAAAAACCGCTG

AAATTGCTCATCATTATGCAGGTGAGTTTCGCGTGTTCACGTCGCGTCGACGATTTGACGC

ACAAAAAAGGTGAAAAGTAGTT

ATG GTA AAT GTT CGT CAG CCC AGG GAT GTC GCA CAA ATT CTG CTT TCG GTG

CTG TTT TTA GCC ATC ATG ATT GTG GCA TGT CTG TGG ATT GTT CAA CCC TTT

ATT CTC GGC TTT GCA TGG GCC GGT ACG GTG GTT ATC GCC ACC TGG CCG GTA

TTG TTA CGT TTG CAA AAG ATC ATG TTT GGC CGC CGC TCT CTC GCC GTT CTG

GTG ATG ACG CTG TTA TTA GTG ATG GTG TTT ATC ATC CCT ATT GCT TTG CTG

GTT AAC AGT ATC GTC GAC GGC AGC GGC CCG CTA ATT AAA GCC ATT TCC AGC

GGT GAC ATG ACG TTA CCC GAT CTG GCG TGG CTT AAT ACC ATT CCG GTG ATT

GGC GCG AAG CTG TAT GCA GGC TGG CAC AAC TTG CTG GAT ATG GGG GGG ACG

GCG ATC ATG GCG AAA GTC CGC CCT TAT ATT GGC ACC ACC ACC ACC TGG TTC

GTT GGG CAG GCG GCG CAT ATC GGG CGC TTT ATG GTG CAT TGT GCG CTG ATG

CTT CTC TTC AGT GCC CTG CTG TAC TGG CGC GGT GAA CAG GTG GCA CAA GGC

ATT CGC CAT TTT GCA ACC CGT CTG GCA GGC GTT CGC GGA GAT GCC GCC GTG

CTG CTG GCG GCA CAG GCT ATC CGC GCG GTG GCG CTG GGT GTG GTG GTG ACG

GCG TTA GTA CAG GCA GTG CTT GGC GGT ATC GGC CTC GCC GTA TCC GGC GTA

CCT TAT GCA ACG TTG CTA ACG GTG TTA ATG ATC CTC TCC TGC CTT GTC CAG

CTT GGC CCG TTG CCG GTA CTG ATT CCG GCG ATT ATC TGG CTC TAC TGG ACT

GGC GAT ACC ACC TGG GGA ACG GTA TTG TTA GTG TGG AGC GGT GTG GTT GGC

ACG CTG GAT AAC GTC ATC CGC CCA ATG TTA ATT CGC ATG GGT GCC GAT TTA

CCG CTG ATC CTG ATT CTC TCT GGC GTT ATT GGT GGT TTG ATT GCT TTC GGG

ATG ATC GGT CTG TTT ATT GGT CCG GTT CTG TTA GCC GTT TCC TGG CGT CTG

TTT GCC GCG TGG GTG GAA GAA GTC CCG CCG CCG ACG GAC CAA CCG GAA GAA

ATT CTC GAA GAA CTT GGC GAA ATC GAG AAA CCG AAT AAG TAA

Back to the table of contents

Please send questions and comments to Sophie.Bachellier@pasteur.fr.

ydiJ - o370 sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured : BOCEs and boxC, BIMEs and PUs , IRUs, RSAs and 29 bp repeats.

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.