ybgB - cydA sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.
Direct repeats bracketing BIMEs are underlined.

ATG AAA GCA GTA TCT CGC GTT CAC ATC ACC CCG CAT ATG CAC TGG GAT CGA

GAG TGG TAT TTC ACC ACC GAA GAG TCA CGT ATT CTG CTG GTC AAT AAT ATG

GAA GAG ATC CTG TGC CGA CTG GAA CAG GAC AAC GAA TAC AAA TAT TAC GTA

CTC GAC GGG CAA ACG GCG ATC CTC GAA GAT TAT TTC GCG GTG AAA CCG GAA

AAC AAA GAC CGT GTG AAG AAA CAG GTA GAA GCC GGC AAG TTG ATT ATC GGC

CCC TGG TAT ACC CAG ACC GAT ACC ACG ATT GTT TCT GCG GAA TCC ATC GTC

CGT AAT CTG ATG TAC GGA ATG CGT GAC TGC CTC GCG TTT GGC GAG CCG ATG

AAA ATA GGT TAT TTA CCA GAT TCC TTT GGC ATG TCC GGG CAA CTG CCG CAT

ATC TAC AAT GGA TTT GGC ATT ACC CGC ACC ATG TTC TGG CGC GGA TGT TCG

GAG CGC CAC GGT ACT GAT AAA ACC GAG TTT TTG TGG CAA AGC AGT GAC GGT

AGC GAA GTG ACG GCG CAG GTG CTG CCG CTG GGC TAC GCC ATC GGT AAG TAC

TTA CCT GCC GAC GAA AAC GGA TTA CGT AAA CGC CTC GAC AGT TAT TTT GAC

GTG CTG GAA AAA GCG TCT GTA ACC AAA GAG ATT TTG CTG CCG AAT GGG CAT

GAC CAG ATG CCA TTG CAG CAA AAT ATC TTC GAA GTG ATG GAT AAG CTA CGT

GAG ATC TAC CCT CAA CGT AAG TTT GTG ATG AGC CGC TTT GAA GAG GTA TTT

GAG AAG ATC GAA GCG CAG CGA GAT AAT CTG GCA ACC CTG AAA GGG GAA TTT

ATT GAT GGC AAA TAT ATG CGC GTG CAT CGC ACC ATC GGT TCT ACG CGT ATG

GAT ATC AAA ATT GCC CAC GCG CGT ATT GAA AAT AAG ATT GTT AAT CTG CTG

GAA CCG CTG GCA ACA CTG GCC TGG ACG TTG GGT TTT GAA TAC CAC CAC GGC

TTG CTG GAG AAA ATG TGG AAA GAG ATC TTA AAA AAT CAT GCC CAC GAC AGT

ATC GGC TGC TGC TGT AGT GAC AAA GTT CAT CGC GAA ATC GTC GCC CGC TTC

GAA CTG GCT GAA GAC ATG GCG GAT AAT CTG ATT CGT TTC TAC ATG CGC AAA

ATT GCC GAC AAC ATG CCG CAG AGC GAC GCC GAC AAA CTC GTC CTG TTT AAC

CTG ATG CCC TGG CCG CGT GAA GAA GTT ATC AAC ACC ACT GTG CGG CTG CGC

GCC AGC CAG TTT AAT TTG CGG GAC GAT CGC GGT CAG CCT GTA CCG TAT TTT

ATT CGC CAT GCC CGT GAG ATC GAT CCA GGC CTA ATC GAT CGG CAA ATA GTT

CAT TAC GGT AAT TAC GAT CCC TTT ATG GAG TTT GAT ATA CAG ATC AAC CAG

ATT GTC CCT TCT ATG GGC TAT CGC ACG CTT TAT ATC GAA GCG AAT CAG CCT

GGC AAC GTA ATT GCG GCA AAA AGT GAC GCT GAA GGG ATA CTG GAA AAT GCT

TTC TGG CAA ATT GCG CTC AAT GAG GAT GGT TCT CTG CAA CTG GTA GAT AAA

GAC AGC GGT GTG CGC TAT GAC CGG GTA TTG CAA ATT GAA GAA AGC TCT GAT

GAT GGT GAT GAA TAT GAC TAT TCA CCC GCA AAA GAA GAG TGG GTA ATT ACC

GCA GCG AAC GCG AAA CCG CAA TGC GAT ATT ATT CAT GAA GCC TGG CAG AGC

AGG GCT GTT ATC CGC TAT GAC ATG GCA GTG CCG CTC AAT TTG TCA GAA CGC

AGC GCC CGG CAA TCC ACT GGC AGA GTA GGG GTG GTG TTG GTT GTC ACT CTT

AGT CAT AAC AGC AGG CGT ATT GAT GTG GAT ATC AAT CTT GAT AAC CAG GCT

GAC GAT CAT CGC CTT CGT GTC CTG GTC CCT ACA CCT TTT AAC ACC GAC AGT

GTT CTG GCA GAT ACG CAG TTT GGT TCG CTA ACG CGC CCC GTG AAC GAC AGT

GCA ATG AAC AAC TGG CAG CAA GAA GGC TGG AAA GAA GCG CCG GTT CCG GTA

TGG AAT ATG CTC AAC TAT GTT GCC TTA CAG GAA GGG CGT AAC GGC ATG GCT

GTC TTT AGC GAA GGG TTA CGT GAA TTT GAA GTC ATC GGT GAA GAG AAG AAA

ACC TTT GCC ATT ACG TTG CTG CGT GGC GTG GGC TTA CTG GGC AAA GAA GAT

CTG CTT TTA AGG CCT GGG CGG CCT TCG GGA ATT AAA ATG CCA GTC CCG GAC

TCA CAA CTA CGT GGT CTG CTT TCT TGT CGC CTA AGT TTA TTG AGT TAT ACC

GGT ACG CCA ACC GCC GCT GGT GTA GCT CAG CAG GCG CGA GCA TGG CTG ACT

CCA GTA CAG TGT TAC AAC AAA ATC CCA TGG GAT GTG ATG AAG CTC AAC AAA

GCC GGA TTC AAC GTG CCG GAA AGT TAT AGT TTG TTG AAA ATG CCC CCA GTG

GGA TGC CTG ATA AGC GCA CTT AAG AAA GCT GAA GAC CGA CAA GAA GTG ATT

TTA CGG CTG TTT AAT CCG GCT GAA TCA GCA ACC TGT GAT GCG ACT GTT GCT

TTC AGT CGC GAG GTG ATT TCT TGC TCA GAA ACG ATG ATG GAT GAA CAC ATT

ACC ACC GAG GAA AAT CAA GGT TCA AAT CTA TCG GGG CCT TTT TTA CCC GGC

CAG TCA CGG ACG TTC AGT TAC CGG CTT GCC TGA

ATAGCAATCAAACCGAAGCCACATATGCGCGGCCAGATTGTTGACAAAGGGCGCTTTGTTC

ATGCCGGATACGGCATGAACGCTTTATTCGGTCTACAAAAGCAGGCAAATTCAATATATTG

CAGAGATGATGTAGACACTGGCAAGCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACT

CTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTA

TAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAG

TAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTG

CTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATA

ACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAGTTACCTTATTGAAACATGATTAACATAA

TTTGTAGGAATTGATATTTATCAATGTATAAGTCTTGGAAATGGGCATCAAAAAGAGATAA

ATTGTTCTCGATCAAATTGGCTGAAAGGCGGTAATTTAGCTATAAATTGATCACCGTCGAA

AAATGCAAATTTGCTTCAACAAAAACCTGTTTATTGTAAGGATTTTGCGGCGTAATATATA

CGTGGGATCAATTTGAGTTTTTATTAACATGTTTGCAACCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTG

TGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACC

CTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTC

ATG ATG TTA GAT ATA GTC GAA CTG TCG CGC TTA CAG TTT GCC TTG ACC GCG

ATG TAC CAC TTC CTT TTT GTG CCA CTG ACG CTC GGT ATG GCG TTC CTG CTG

GCC ATT ATG GAA ACG GTC TAC GTC CTC TCC GGC AAA CAG ATT TAT AAA GAT

ATG ACC AAG TTC TGG GGC AAG TTG TTT GGT ATC AAC TTC GCT CTG GGT GTG

GCT ACC GGT CTG ACC ATG GAG TTC CAG TTC GGG ACT AAC TGG TCT TAC TAT

TCC CAC TAT GTA GGG GAT ATC TTC GGT GCG CCG CTG GCA ATC GAA GGT CTG

ATG GCC TTC TTC CTC GAA TCC ACC TTT GTA GGT CTG TTC TTC TTC GGT TGG

GAT CGT CTG GGT AAA GTT CAG CAT ATG TGT GTC ACC TGG CTG GTG GCG CTC

GGT TCA AAC CTG TCC GCA CTG TGG ATT CTG GTT GCG AAC GGC TGG ATG CAA

AAC CCA ATC GCG TCC GAT TTC AAC TTT GAA ACT ATG CGT ATG GAG ATG GTG

AGC TTC TCC GAG CTG GTG CTT AAC CCG GTT GCT CAG GTG AAA TTC GTT CAC

ACT GTA GCG TCT GGT TAT GTG ACT GGC GCG ATG TTC ATC CTC GGT ATC AGC

GCA TGG TAT ATG CTG AAA GGT CGT GAC TTC GCC TTC GCT AAA CGC TCC TTT

GCT ATC GCT GCC AGC TTC GGT ATG GCT GCT GTT CTG TCT GTT ATT GTT CTG

GGT GAT GAA TCC GGC TAC GAA ATG GGC GAC GTG CAG AAA ACC AAA CTG GCT

GCT ATT GAA GCC GAG TGG GAA ACG CAA CCT GCG CCT GCT GCC TTT ACT CTG

TTC GGC ATT CCT GAT CAG GAA GAG GAG ACG AAC AAA TTT GCG ATT CAG ATC

CCT TAC GCA CTG GGC ATC ATT GCA ACG CGT TCC GTG GAT ACC CCG GTT ATC

GGC CTG AAA GAG CTG ATG GTG CAG CAT GAA GAA CGC ATT CGT AAC GGG ATG

AAG GCG TAC TCT CTG CTC GAA CAA CTG CGT TCT GGT TCT ACC GAC CAG GCG

GTT CGT GAC CAG TTC AAT AGC ATG AAG AAA GAC CTC GGT TAC GGT CTG CTG

CTG AAA CGC TAT ACG CCA AAC GTG GCT GAT GCG ACT GAA GCG CAG ATT CAA

CAG GCA ACC AAA GAC TCC ATC CCG CGT GTA GCG CCG CTG TAC TTT GCG TTC

CGT ATC ATG GTG GCG TGT GGC TTC CTG CTT CTG GCA ATC ATC GCG CTC TCT

TTC TGG AGT GTC ATC CGC AAC CGC ATT GGC GAG AAA AAA TGG CTT CTG CGC

GCC GCG CTG TAC GGT ATT CCG CTG CCG TGG ATT GCT GTA GAA GCG GGC TGG

TTC GTG GCT GAA TAT GGC CGC CAA CCG TGG GCT ATC GGT GAA GTG CTG CCG

ACA GCT GTG GCG AAC TCG TCA CTG ACC GCA GGC GAT CTC ATC TTC TCA ATG

GTG CTG ATT TGC GGC CTG TAT ACC CTG TTC CTG GTG GCA GAA TTG TTC TTA

ATG TTC AAG TTT GCA CGC CTC GGC CCA AGC AGC CTG AAA ACC GGT CGC TAT

CAC TTT GAG CAG TCT TCC ACG ACT ACT CAG CCG GCA CGC TAA

Back to the table of contents

Please send questions and comments to Sophie.Bachellier@pasteur.fr.

ybgB - cydA sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured : BOCEs and boxC, BIMEs and PUs , IRUs, RSAs and 29 bp repeats. Direct repeats bracketing BIMEs are underlined.

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.
Direct repeats bracketing BIMEs are underlined.